1521年，正德十六年，明武宗暴亡，结束了他荒唐的一生。他在临死前对于明朝的对外关系留下遗命：“进贡夷人，俱给赏，令还国。”武宗无嗣，他的堂弟兴献王朱佑杬的长子朱厚熜即皇帝位，即明世宗嘉靖皇帝。这位15岁即位的少年天子大整朝纲，诛佞臣，除弊政，清明一时。值此之时，又一支葡萄牙船队来到广东沿海要求与天朝贸易，气焰嚣张。礼部和兵部奏称：葡萄牙人假借通使，实则是贩货通市，并且强占广东外海岛屿，图谋不轨。嘉靖帝下令囚禁此前来华的葡萄牙使臣皮列士，并发兵驱逐在广东骄纵的葡萄牙舰队。

广东海道副使汪鋐受命指挥天朝水师驱逐广东屯门岛的葡萄牙人。葡萄牙首领阿尔瓦雷斯率领舰船7艘盘踞于此，并在屯门岛修筑了工事。汪鋐率水师进攻葡萄牙大船，但在葡萄牙炮火之下损失严重，第一次进攻未能成功。汪鋐随后制定火攻计划，在船装满膏油草料，用火船直扑向葡萄牙大船，同时派遣一支潜水部队从水下凿穿葡萄牙船。待葡萄牙人慌乱之际，汪鋐亲率4000余名兵士登敌船与葡萄牙人对战。最终，葡萄牙人败退，趁天黑驾驶剩余三艘船退出屯门岛海域，逃回马六甲。屯门海战是新旧两大帝国之间的第一次正面交锋，也是天朝与西方列强爆发的首次战争，以天朝人的胜利而告终。

次年八月，另一位葡萄牙使臣马丁·阿方索率领300余人分乘五艘军舰抵达广东。他来的目的是与天朝谈判，并奉命在天朝沿海建立据点。然而，此时防守广东的明军已经得令，凡见到悬挂葡萄牙旗帜的船只一律击毁。葡萄牙舰队航行至新会西草湾时与前来阻击的明军水师遭遇，爆发了著名的“西草湾之战”。葡萄牙舰队面对汹涌的明朝军队，很快败退。史料记载，明军“生擒别都卢、疏世利等四十二人，斩首三十五级，获其二舟”。明军将领还缴获葡军火炮，“官军得其炮，即名为佛郎机”，这些火炮后来被明军用于西北战场。另有数十名被明军俘虏的葡萄牙官兵被枭首示众。

经过屯门和西草湾两次交锋，葡萄牙人见识到了这个东方大帝国与他们在非洲、印度和东南亚的对手都不同。论当时的国力，明帝国几乎可以与整个西方抗衡；论军力，仅在这个帝国边陲的广东省就驻有多达13万军队，比整个葡萄牙全国的军队还要多。明帝国军队总数约120万，超过葡萄牙人口总和。两次交战使葡萄牙人认识到用直接的武力扩张对付天朝是行不通的。

无法在天朝建立商业据点的葡萄牙人加入了天朝东南沿海的走私贸易和海盗的行列。嘉靖十九年（1540）前后，葡萄牙人与倭寇及天朝海盗李光头、许栋等人勾结，在宁波的双屿建立据点，时常骚扰沿海的天朝商人和百姓。嘉靖二十七年（1548年），副都御史朱纨调遣都指挥卢镗、副使魏一恭等率兵进攻双屿，终于将他们一网打尽，烧毁营房、杀死俘虏了葡萄牙人大部。部分逃脱的葡萄牙人又转移到福建泉州的浯屿（今金门），联合海盗为祸漳、泉一带。嘉靖二十八年，朱纨和福建巡海道副使柯乔合力进攻浯屿，并在走马溪一带截住葡萄牙船队，予以重创，海盗头目李光头等九十六人被打死。由于葡萄牙人的为非作歹，明廷严令天朝沿海居民不得与葡萄牙人贸易，禁止向他们提供给养。