后金一直视皮岛为心腹大患，从努尔哈赤到皇太极，都日夜筹划，企图拔掉这颗钉子。

崇德二年，皇太极命贝子硕讬与孔有德、耿仲明、尚可喜诸将往攻皮岛。由于硕讬久攻不下，皇太极又命英郡王阿济格接手，鳌拜从征军中。阿济格与众将反复商议后，制定了兵分两路、声东击西的进攻方案，其中一路从海上以巨舰摆出正面进攻的态势，故意吸引守岛明军的注意力另一路则以轻舟精锐，快速推进，直插该岛西北角之要害阵地。后一路是这次进攻的关键所在，鳌拜主动请缨，并与准塔一同向阿济格立下军令状：“我等若不得此岛，必不来见王。誓必克岛而回。”

鳌拜与准塔遂率部渡海发动进攻，不料明军早已严阵以待，一时炮矢齐发，清军进攻受挫，形势紧急。鳌拜奋勇冲杀，冲向明军阵地，冒着炮火与敌人展开近身肉搏。清军遂一举跟进，登上皮岛，举火引导主力来攻。皮岛攻克。

捷报传到盛京，皇太极大喜过望，亲自撰文祭告努尔哈赤，以慰其父在天之灵。皇太极认为皮岛虽是区区一岛，但攻克之意义远在占领重城要地之上，所以下令对诸将士从优奖励。鳌拜以首功晋爵三等男，赐号巴图鲁。

其后，鳌拜又参加松锦之战，再后平定李自成、张献忠等流民贼寇，立下赫赫战功，成为皇太极最信任的武将，号称“满洲第一勇士”。

崇德八年，八月初九，皇太极逝世，满洲亲贵在帝位继承上出现矛盾。皇太极长子肃亲王豪格与皇太极之弟多尔衮争立。皇太极生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。双方争持不下，形势极其严峻。

镶黄旗护军统领鳌拜手握重兵，成为这场皇位之争中的核心人物之一。他与两黄旗的其他大臣索尼、谭泰等八人会集于豪格府邸，共立盟誓，愿死生一处，密谋拥立肃亲王为帝。鉴于当时紧张的局面，鳌拜等严加戒备，密令兵丁守卫门禁，以防不测。

八月十四日，代善于崇政殿召集会议讨论继承人选。鳌拜于当天清晨与两黄旗大臣盟誓于大清门，坚决拥立皇太极之子，并命两旗精锐护军全副武装环卫崇政殿，作好了不惜兵戎相见的准备。

当会议之中争论不休时，鳌拜与效忠于皇太极的一批将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下！”实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不作出让步，提出拥立皇太极第九子、六岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折衷方案最终为双方所接受。福临即位，改明年为顺治元年。

多尔衮摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，也遭到残酷打击。

其中论死三次，终究，鳌拜挺到了多尔衮死，顺治亲政，终于成为议政大臣，位极人臣。

顺治帝去世后，接受遗诏成为顾命辅政大臣，操握权柄、结党营私。

康熙八年，在他即将花甲的时候，康熙帝在索额图、黄锡衮、王弘祚等人支持下，逮捕鳌拜下狱论罪，囚死于牢中。