对倭之战与和，朱翊钧有自己的看法，朝鲜与辽东一衣带水，又能在贸易上牵制东虏，倭侵朝鲜，势必影响辽东安危，而辽东安危关系京师安全，这不得不让他慎重以待。
几日后，太仆寺发马价银二十五万七千两，作为水陆各兵三月的粮饷，及防倭官的犒赏。
不日，户部尚书杨俊民又上疏，辽东所积米豆及朝鲜见报粮数只有二十余万石，恐经用不足，请行山东发公帑三万两，委官买籴运至登莱海口，再令淮船运至旅顺，辽船运至朝鲜，又偕临、德二仓米各二万石运至登莱转运。
朱翊钧批准，另谕旨事关军机不许延误。
即使出高价买粮，好歹初期的粮饷算是有了着落，至五月下旬，刑玠抵达辽东，之前，他已命麻贵率一万七千宣大兵向鸭绿江进发。
就在六月，日本已有上千艘舰船停靠在釜山，刑玠抵达辽东之后，探知倭军在建城堡，贮淡水，为大战做准备。
七月丙辰，刑玠即呈上用兵方略：“臣谓一取釜山，则行长擒，清正走，自是奇着。杨元、吴惟忠甫至王京，拟遣二将分屯全罗之南原、庆尚之大丘，庆州大将军驻王京，居中调度。
已闻南原城圮尽，庆尚一道半为贼据，孤单难入。乃檄杨元趱饷整理南原，吴惟忠姑往忠州。
入夏雨住，麻将军七月初始至碧蹄馆，王京去釜山千四百里，而南原、忠州乘相去数百里，势难趋捣。
且行长营釜山，清正营西生浦，如破釜山，陆路必由梁山，梁山西北有峻岭，南有三浪大江，直通金海、竹岛二处，皆咽喉地，倭并伏劲兵，不可不防……
倭水陆各一只在梁山东西扼险，我后无应援，再益以机张等兵自东来，益不可当。如破清正，陆路自西而东，则由东莱、机张，自北而南，则由庆州、蔚山，此路东南大海，西北山岭稻田，只可用步兵。
水路必自东而西，有长髻、甘浦、开云，而长髻水兵极单弱，故虽有奇着，而势未可乘。臣以为倭所依者税，而水战不利正兵，须东西各水兵一支牵其回顾，陆兵方可冲突，仍一军屯南原捍全罗，一军屯大丘扼庆尚，一军屯全庆，中如晋忠宜宁为中坚，然后分向釜山、机张，两陆路、水兵东西四面齐发，此正着而兵粮不齐难轻动，请持久以老之。”
朱翊钧收到刑玠的奏疏，即刻批复：与经理总兵密图进止，朝廷信任自专，惟求全胜，不论迟速。
此时已是七月仲夏，京城一派夏日炎炎之景，但就在上个月还经常是大雨如注，昼夜不止，尤其十九日那晚，电闪雷鸣，身在启祥宫的朱翊钧再次从梦中惊醒。
醒来那刻，朱翊钧心脏猛的一跳，一种不好的念头无端从心里渐渐冒出。就在刚才，他在梦里还遇见一个哭泣的女人，他不知道她是谁，又为何哭泣？只是惊诧她怎么那么多泪水。
没过多久，宫里似乎已乱成了一片，太监们高亢刺耳的声音响彻大殿：“走水了…走水了……”
乾清宫近侍很快来到朱翊钧身边，一脸惊慌失措：“爷，不好了！皇极殿走水了。”
朱翊钧闻言神色一紧，道：“怎么回事？”
近侍回道：“是天火先引燃了归极门，后来延烧到了皇极殿，然后文武二阁也跟着起火，一时俱烬。”
朱翊钧听了久久没有说话，又想起去年三月的那场大火，他同样是在梦中惊醒，只是那次梦里遇见的人是杨汝常。
“因果报应……难不成真应了是因果报应？”朱翊钧口中喃喃道。
几日后，三殿受灾的消息也登上了邸报，同朝鲜战事并列。用了百十来字，却并未描写受灾的惨状，只是列举了自有明以来，历次宫廷火灾：永乐十九年，三殿灾；正统十四年夏，南京宫殿灾；弘治十一年，乾清、坤宁灾；正德九年，乾清宫灾；嘉靖二十年，九庙灾；三十六年，三殿及午门俱灾；四十年，万寿宫灾……自永乐辛丑，到万历丁酉，俱是已酉丑午，戍丙丁戊年月，宫殿俱灾，国朝以来之所未有之。
这邸报让人看了都觉得晦气，字里行间透着一股王朝末路的颓废。
就在三殿受灾的前几日，即六月十四，杨元亲领三千兵马进入了南原城。
同样是六月，驻守在竹岛的锅岛直茂部将丰茂守得知明军已进入朝鲜，感到十分忧虑，他思前想后，想出一计。不过要先吸引朝方的人过来……没多久，朝鲜兵道使金应瑞便派郑承宪前往竹岛与之会面，想看这丰茂守意欲何为？
丰茂守说的很直白：“关白已令诸将出战，你们朝鲜有把握取胜吗？我军会先击庆尚、全罗两道，之后还兵沿海，欲夺济州岛。此时三国（道）百姓，必定死于刀口之下，我不胜愤懑。你们朝鲜为何不立即讲和，以至开启战端？不过，现在讲和还来得及，尚可免兵戈之祸。”
郑承宪简直惊呆了，这到底是讲和还是恐吓？他不敢相信丰茂守这番不着边际的话，于是故意说道：“二十万天兵已渡鸭绿江，自义州至全罗道，相继出来，连续运粮。观你等反复，当剿杀无疑，还有什么可讲和的？”
丰茂守听了语气渐软，他挥退守下，又朝郑承宪附耳说道：“关白希望打下全罗、庆尚、济州之后，退兵宜宁、庆州等处屯据，招募朝鲜散卒遗民联合我军大作农事，储备兵粮，年复一年，以图蚕食朝鲜。而且他还勒令我等部将以妻子、儿女作为人质，万勿违抗命令，我已不得已交出了我的家人。”
“现在关白又下了新的命令，说朝鲜多山城，攻城之难远非壬辰可比，宜宁、庆州这两处，即便花费一年，也要将其攻克。能击者重赏，不能击者，当重罚。正是这道命令，部将们都胆气倍增，说可以先用厚防牌和载有大銃的炮车遮前而进，就算你们投石头、射箭也可以抵挡一阵，然后再逐渐迫近城池，城外设置木栅，与你们相持，不消数日便可攻破。你们既已知道了这些计划，就应当做好防备。”
“还有啊，你们呢要把老弱先移走，然后领精兵入守，多多聚集粮草、军器，城池呢也要围个四五圈，这样才能保万无一失。即便外郭守不住还有内城，军心有所依仗，城池必定可保全。你要将我说的这些转给你们兵道使，不要错失时机。”
郑承宪依然一脸怀疑，看着他。
丰茂守又叹道：“我这番话看似背叛我国，但我也厌恶此次出兵。只要你们能守住一两个城池不败，我们日本必定撤兵，所以才对你这么说。而且你们兵使曾对我很客气，信义难负。假如……你们军器不备，也不必死守，万一被我军攻破，只会受辱于我军，所以，千万慎重……”
郑承宪心情复杂地回去了，并将这些情报禀告给了金应瑞。
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八月四日，倭军左先锋小西行长入侵庆尚道的泗川、南海岛，而右先锋加藤清正同一天攻下咸安、草溪。
八月五日，朝鲜庆尚道的各地守将闻风而逃，晋州牧使放弃了鼎盖山城，庆尚道右兵使金应瑞逃到了陕川，作为朝鲜最高统帅的都元帅权栗逃到了星州，都体察使李元翼逃到了金乌山城。
六日，倭军的船只逼近了全罗道的求礼，求礼是全罗道门户，地位十分重要，然而求礼县监李元春弃城往南原逃去。
到了八月八日，
此时的南原城内，该逃的人已经逃了，不该逃的人也逃的差不多了，坐镇南原的副总兵杨元开始分配城中兵力：城上布兵力八百，土堞配置兵力一千二，此外一千则作为游击。