说完“两公方”，方能引出与之密切相关的“两上杉”。
前文已说道，天下初定，初代将军足利尊氏便安排自家母族上杉氏担任关东执事（后僭越为关东管领），身兼辅佐和监视关东公方的双重作用。
关东富饶无比，很快上杉氏便繁衍出了一窝子，主要分支成山内、犬悬、宅间、扇谷四支。其中山内是嫡流，犬悬、宅间是位格最高的支脉，三系祖先都是足利尊氏的亲舅舅上杉宪房之子。但由于宅间上杉早早就断嗣，剩下的山内、犬悬两系便商定交替担任关东执事，称为“两上杉”，而扇谷一脉则因血缘最远、势力最弱，只能稳坐末位、看着别人玩。
然而，人心毕竟总是自私的，这种老大轮流坐的模式终究玩不长。
到了四代关东公方足利持氏，便是那与足利义教争夺六代将军失败、掀起永享之乱的搅屎棍。在其接任的次年，关东管领也同步发生了更替，出身山内系的上杉宪定辞任、出身犬悬系的上杉氏宪接任。
顺顺利利地交接后，双双履新的公方大人、管领大人组成的领导班子很快便出事了。由于两人性格不合、加上利益之争，足利持氏和上杉氏宪始终尿不到不一壶，身为老大的足利持氏便始终想找个由头把上杉氏宪开掉。
左思右盼了五年，机会不经意间来临。常陆国人越幡六郎因作奸犯科，被足利持氏处分罚没领地。这越幡六郎却是上杉氏宪门下走狗，为了回护手下、维持家中团结，上杉氏宪不得不向足利持氏低头，恳请其稍稍宽宥越幡六郎。
足利持氏抓住上杉氏宪别把柄令其低头，不由心中大快，但却越发咬定不放，一定要将越幡六郎从严法办、扫地出门，绝不给上杉氏宪一丝一毫的缓颊。
这一来二去，上杉氏宪既丢了面子、又失了里子，心中无名火起。一怒之下上表足利持氏，请求辞任关东管领，同时出家更名上杉禅秀。
上杉禅秀此举，本是以退为进，以辞职为要挟，逼迫足利持氏收回成命。自己好歹是堂堂二把手、关东宰相，现在告老还乡。你这老大不说三辞三让，起码也该代表组织和本人谈个话，听听本人的诉求、挽留一下吧。
结果那足利持氏也是个愣头青，完全不按常理出牌。其顺坡就驴，在上杉禅秀递交的辞职报告上签字盖章一气呵成，生怕给其留下反悔的机会。随后，又火速任命前任管领上杉宪定之子、同样出身山内系的上杉宪基代之。
上杉禅秀懵了，继而勃然大怒：“持氏小儿，不讲规矩！我这种德高望众的老同志在职场受了委屈、打算回家卖红薯了，你这个昏君不下个罪己诏好好反思一下自己的错误，居然连装都懒得装一下！我敢裸辞，你就真敢批准！？”
“退一万步讲，吾儿教朝、宪秋、持房个个出众，哪个接班不好，哪里轮得到山内上杉家的小儿上位？”
足利持氏此举莽撞至极、不留情面，彻底撕下了上杉禅秀最后一块遮羞布，令其再无分毫体面可言。而任命山内上杉系接替关东管领，在其看来是正常轮转，却大大得罪了犬悬上杉一系。
正当上杉禅秀坐在家中生闷气时，一伙为其“打抱不平”的大人物找上门来了。为首之人，正是当代幕府将军足利义持之弟足利义嗣、前代关东公方之弟足利满隆，这些当年争位失败、又不甘寂寞的弟弟们，就称之为“弟党”吧。
在“弟党”撺掇下，上杉禅秀最终下定了决心，带领他们展开对尊贵兄长的叛逆。应永二十二年（即1415年），上杉禅秀自镰仓城退隐领地上总，置备甲胄、聚集粮秣，四方兵马或应犬悬上杉所召，或为足利满隆所请，或为足利义嗣所遣，纷纷麋集，其中更有上杉禅秀岳父、甲斐守护武田信满、“京都御扶持众”山入、小栗、宇都宫三家等实权派，一时声势浩大、风起云从。
次年秋收后，兵多粮足的上杉禅秀与足利满隆正式起兵，全军突袭镰仓公方足利持氏、现任管领上杉宪基府宅。双方交战数日，忠于镰仓方面的留守军不敌、守将木户满范死难，但命大福大的足利持氏与上杉宪基还是在破城前成功脱逃。其中足利持氏走避骏河，投奔负责监视关东的骏河守护今川范政。上杉宪基则逃往自家山内上杉的领国越后。
足利持氏与上杉宪基双双脱逃，让上杉禅秀奇袭镰仓的战略意图全盘落空。其本意是雷霆一击拿下镰仓公方，扶植足利满隆上位、以关东公方之名统领关东武家，再推动京都的足利义嗣上台，前前后后的小算盘打得飞起。
结果这头一步就没踩准，持氏与宪基两人一个都没拿住，顿时就麻爪了。上杉禅秀攻击镰仓公方的行径那是正儿八经的以下犯上，关东诸国支持幕府与公方的武家势力回过神来，凶狠反扑，与上杉禅秀及“弟党”的兵马各处鏖战，互有胜负。
话说今川范政迎到足利持氏后，仔细一问便大惊失色，自己负有监视关东的职责，结果关东一二把手都差点被做掉了，哪里还得了，于是急忙向京都报告。
四代将军足利义持虽然和父辈祖辈一样亲近上杉氏、厌恶关东公方，但当上杉氏企图勾连弟弟、掀翻自己宝座的时候，自然还是拎得清轻重好歹的，立即发兵讨伐上杉禅秀及其支持的“弟党”。令今川范政与足利持氏兵出骏河，越过足柄山攻击小田原城；命越后守护上杉房方以及上杉宪基联合信浓守护小笠原政康南进武藏，布阵久米川。
上杉禅秀毫不示弱、分兵拒之。派遣岳父武田信满率甲斐强军北上抵抗信浓、越后军团。武田信满和自己未来的后辈信虎、信玄一般武德充沛，当面击溃上杉房方、小笠原政康两大守护。然而，另一边，负责守家的上杉禅秀却拉挎了。
骏河大军席卷而来，支持上杉禅秀的野合势力分崩离析，众叛亲离。应永二十四年（即1417年）正月，上杉禅秀和“弟党”的大本营镰仓城陷落，上杉禅秀与足利满隆一起在鹤冈八幡宫宝性院切腹自尽。
就这样，轰轰烈烈的上杉禅秀之乱告一段落。此后，和山内系一度平起平坐、共享关东管领一职的犬悬系一蹶不振，只能跑到伊豆陪着崛越公方玩耍了（上杉禅秀子嗣得到赦免，后来世袭崛越公方的关东执事），万年吊车尾扇谷系反而抓出机会势力大振，此后即由山内、扇谷并称“两上杉”，其中山内上杉控制着越后、西相模、上野等地，扇谷上杉领有东相模、武藏等地，都相当于百万石的大大名。
然而，扇谷系尽管地位上升，却从法理上没有继承关东管领的先决条件（不是上杉宪房的子孙）。因此，关东管领也就成了山内系的禁脔，令扇谷系眼热不已。
宅间绝嗣、犬悬出局，由四减二后，偌大的关东依然容纳不下山内、扇谷两系的野心。两家此起彼伏、勾心斗角，不放过任何机会打压对方，最终在缠斗中越来越弱，给了外族崛起的机会。
除了内斗，两家还一个赛一个的自毁长城。
山内上杉氏拔得头筹，出手撩拨家宰长尾氏。家宰之于上杉氏，恰如关东管领之于关东公方，是辅佐其治国理政的家臣之首、具有举足轻重的地位。
文明五年（即1473年），长尾氏当主长尾景信过世，时任山内上杉氏当主的上杉显定突然介入长尾氏家督继承，直接任命长尾景信次子长尾忠景继位，逼反了原定继承人、长尾景信长子长尾景春。在深恨上杉氏的古河公方足利成氏撺掇支持下，长尾景春迅速集结军队南下，将山内、扇谷一股脑赶出了居城、逃亡上野那波庄避难。
这时，扇谷上杉氏的家宰、关东名将太田道灌，站出来拯救自己的主公了。
即便那个群英荟萃的年代，太田道灌也绝对是其中最为璀璨的将星。其自幼便智慧过人、多才多艺，不仅熟谙兵法，是“足轻战法”的创始者，在上杉禅秀之乱、享德之乱等动荡时刻都力挽狂澜、保全并壮大了扇谷上杉氏实力；更是举世闻名的筑城专家，修筑了河越、岩槻里、江户城等名城，为扇谷上杉氏的发展奠定了基础。
不同于山内上杉氏的家宰、一言不合就痛击主公，太田道灌之于扇谷上杉氏、全然忠心耿耿，真是货比货得扔。听闻长尾景春作乱驱逐了自家主公上杉定正，征战在外的太田道灌很快领兵赶回江户，朝着长尾景春的叛军杀去。