董卓想要杀掉袁绍，但李儒阻止了他，说：“事情还未定，不可轻率杀人。”袁绍手提宝剑，向百官辞别后离开，将节度使的印信悬挂在东门外，奔向了冀州。董卓对太傅袁隗说：“你的侄子无礼，但我看在你的面子上，暂且饶恕他。废立皇帝的事情，你觉得如何？”袁隗回答说：“太尉的见解是正确的。”董卓又说：“如果有谁敢阻挠这项大计，就用军法处置！”群臣们听后都震惊害怕，纷纷表示：“一切听从您的命令。”
宴会结束后，董卓问侍中周毖和校尉伍琼：“袁绍此去会有什么后果？”周毖回答说：“袁绍愤怒地离去，如果追捕得太急，他势必会反叛。而且袁氏家族四代广施恩惠，门生故吏遍布天下，如果他收拢豪杰，聚集徒众，各地的英雄豪杰可能会趁机起事，那么崤山以东的地区就不属于您所有了。不如赦免他，拜他为一郡的太守，这样袁绍就会因为免罪而高兴，必定不会造成后患了。”伍琼也说：“袁绍好谋无断，不足为虑。确实不如封他为一郡太守，以收买民心。”董卓听从了他们的建议，当天就派人拜袁绍为渤海太守。
九月初一，董卓请皇帝登上嘉德殿，大会文武百官。董卓拔剑在手，对众人说：“天子昏庸无能，不足以君临天下。现在有一份策文，应该宣读一下。”于是命令李儒宣读策文，大致内容是：孝灵皇帝早逝，抛弃了臣民；现在的皇帝继承大位，但天资轻佻，威仪不整，居丧期间怠慢懒惰，品德败坏已经彰显无遗，有辱皇位。皇太后没有母仪之德，统政荒乱。永乐太后突然崩逝，众说纷纭。三纲之道是天地之纪纲，现在难道要有所缺失吗？陈留王刘协品德高尚、才华横溢、恪守规矩、居丧期间哀戚不已、言行端正无邪、美名远扬天下所闻。因此应该由他继承皇位以慰万民之望。
李儒宣读完策文后，董卓命令左右侍卫扶皇帝下殿解下玺绶北面长跪称臣听命。又命令太后脱去太后服饰等候命令。皇帝和太后都号哭不止群臣们也都感到悲惨不已。这时阶下有一位大臣愤怒地大喊道：“贼臣董卓竟敢行此欺天之事！我应当用我的颈血溅到他身上！”说完挥动手中的象简直击董卓。董卓大怒命令武士将他拿下原来是尚书丁管。董卓命令将他牵出去斩首丁管骂不绝口至死都神色不变。后人有诗赞叹他说：“董贼潜怀废立图汉家宗社委丘墟。满朝臣宰皆囊括惟有丁公是丈夫。”
董卓请陈留王登上殿堂接受群臣朝贺。之后董卓命令将何太后、弘农王以及皇帝的妃子唐氏安置在永安宫中居住封锁宫门禁止群臣擅自进入。可怜的少帝在四月登基到九月就被废黜了。董卓所立的陈留王刘协是灵帝的中子即后来的献帝当时只有九岁改年号为初平。董卓自任为相国享有各种特权如赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿等威福无比。
李儒劝董卓提拔任用名流以收买人心于是推荐了蔡邕的才华。董卓命令征召他但蔡邕不肯前来。董卓大怒派人告诉蔡邕说：“如果你不来我就灭掉你的家族。”蔡邕害怕只得应命前来。董卓见到蔡邕非常高兴一个月内三次提升他的官职拜为侍中对他非常亲近和厚待。
然而少帝和何太后、唐妃被困在永安宫中衣服和食物渐渐匮乏少帝的泪水从未干过。有一天他偶然看到双燕在庭院中飞翔于是吟诗一首表达心中的怨恨。董卓时常派人探听消息这一天得到了这首诗呈给董卓看。董卓说：“他怨恨作诗这就是杀他的好借口了。”于是命令李儒带领十名武士进入宫中弑杀少帝。当时少帝与何太后、唐妃正在楼上宫女报告说李儒来了少帝大惊失色。李儒献上毒酒给少帝少帝问其原因李儒回答说：“春日融和董相国特地送来寿酒。”何太后说：“既然是寿酒你可以先喝。”李儒愤怒地说：“你不喝吗？”随即呼叫左右侍卫持刀和白练上前说：“寿酒不喝就领受这两样东西吧！”
唐妃跪下来说：“我愿意代替皇帝喝下这杯酒，只求您能饶过皇帝和太后的性命。”李儒呵斥道：“你是什么人，能代替皇帝死吗？”说完举起酒杯对何太后说：“你可以先喝！”何太后大骂何进没有谋略，引狼入室，才招致今天的灾祸。李儒催促逼迫皇帝，皇帝说：“让我和太后告别一下。”于是皇帝悲痛地作了一首歌，歌词是：天地颠倒日月翻转，放弃皇位退守边疆。被臣子逼迫命不久矣，大势已去空留泪痕！唐妃也作了一首歌：皇天将崩后土颓，身为帝姬命运不随。生死异路从此别离，孤独迅速心中悲痛！唱完歌后，皇帝和唐妃相拥而泣。
李儒大声呵斥道：“相国在等着回报，你们拖延时间，指望谁来救你们呢？”何太后大骂：“董卓逼迫我们母子，皇天不会保佑你！你们助纣为虐，必定会被灭族！”李儒大怒，双手扯住何太后，直接将她摔下楼去，又命令武士绞死唐妃，用毒酒灌杀少帝，然后回去向董卓报告。董卓命令将他们的尸体葬在城外。从此以后，董卓每夜都入宫奸淫宫女，夜宿龙床。
有一次，董卓带领军队出城，行到阳城地方时，正值二月，村民们在举行祭祀赛会，男女都聚集在一起。董卓命令军士围住他们，全部杀死，掠夺妇女和财物，装载到车上。车下悬挂着一千多颗人头，连着车子一起返回都城。他们扬言是杀贼大胜而回，在城门外焚烧人头，将妇女和财物分发给众军。
越骑校尉伍孚，字德瑜，见到董卓如此残暴，愤恨不平。他常常在朝服内披着小铠甲，藏着短刀，想要伺机刺杀董卓。有一天，董卓入朝时，伍孚迎上前去，拔刀直刺董卓。董卓力气大，两手抠住伍孚的手腕，吕布便冲进来揪倒伍孚。董卓问道：“谁指使你反叛的？”伍孚瞪大眼睛大喝道：“你不是我的君主，我也不是你的臣子，何谈反叛？你罪恶滔天，人人都想杀你！我恨不得将你车裂以谢天下！”董卓大怒，命令将伍孚牵出去剖腹剐死。伍孚临死前仍大骂不止。后人有诗赞美他说：汉末忠臣说伍孚冲天豪气世间无。朝堂杀贼名犹在万古堪称大丈夫！
董卓从此以后出入常带甲士护卫。当时袁绍在渤海听到董卓弄权的消息便派人送来密信给王允。信中说道：卓贼欺天废主人们无法忍受而你却放纵他跋扈好像不知道一样难道你是报国效忠的臣子吗？我现在集结兵马想要扫清王室但不敢轻举妄动。如果你有心就应该趁机图谋他。如果需要我帮忙我就会听从你的命令。王允收到信后思索无计可施。
有一天王允在侍班阁子里看到旧臣们都在就对他们说：“今天是我生日晚上请大家到我家里来小酌几杯。”众官都说：“一定会来祝寿。”当晚王允在后堂设宴公卿们都到了。酒过数巡后王允突然掩面大哭起来。众官惊问原因王允说：“今天并不是我的生日而是因为想和大家一叙衷肠但又怕董卓怀疑所以才托词说是生日。董卓欺主弄权社稷危在旦夕。想当年高皇帝诛灭秦楚统一天下谁想到今天却丧于董卓之手这是我痛哭的原因啊。”于是众官都跟着哭起来。