数年后，经过多番征战，全国局势基本平息，摄政王多尔衮渐渐骄奢，不免暗中树敌。顺治七年秋，多尔衮携两名高丽小妾到今承德以北的丰宁围场行猎，不想突发咳血症，日渐沉重，竟于11月一命呜呼，享年39岁。有道是人去势亡，有那朝中大臣罗列编织若干罪状上表弹劾，众人更是墙倒齐推，惹动君上雷霆，赫然下喻，内中有云：“……多尔衮逆谋果真，神人共愤，谨告天地太庙社稷，将伊母子并妻，所得封典，悉行追夺……”顺治八年正月，帝亲政。三月大举朝会，商议蒙藏相关事宜。根据廷议，遣使持礼敦请达赖喇嘛来京。
五世达赖召集索南第巴、益西总管及三大寺活佛、堪布等在甘丹颇章宫开会，首先宣读了顺治皇帝的亲笔信。
“大皇帝信中再邀入京，诸位说说该如何答复。”五世达赖问。
在座者互相看看，一时无人答话。原来这几年每次使臣入藏都会捎来皇帝敦请入京的信件和口信，大家觉得满清未入关时尚万里迢迢前去通好，如今已领有全国，更该应邀前往，取得朝廷支持，有利于甘丹颇章政权的稳固。但五世达赖每次都以藏区初定，难以拨冗为由，回谢了邀请，故这次谁也没有发表意见。
最后，索南说了一句：“事关重大，请佛爷决断。”众人纷纷表示赞同。
“那好，现下时已入秋，准备明年春入京朝见。”这一决断大出众人意料，又令在座者互相看看，一时无人答话。
散会了，可在座者谁也未起身，五世达赖笑道：“想必诸位对我刚才所言心存疑虑？”
哲蚌寺根敦活佛说：“这次决断不同以往，我等智浅，敢请佛爷开示。”
“也好。那就先从‘止贡林洛’说起吧。根敦，咱们在寺里学经时，老师经常提到这一事件，有印象吧？三百多年前，卫区才多少人口？一次就屠杀一万多人，把当地人快杀光了。多年来，我没有停止过思考，想从中找出原因。元朝初年，西藏出现了一段混乱时期，止贡事件是其中最严重的一次。”
益西递上茶，大家都在聚精会神地听着。
“那时，蒙古多家王子各有兵马，到底谁主中原，局势尚不明朗。而我卫藏各教派迫不及待各寻施主，萨迦归顺窝阔台，帕竹和雅桑投旭烈兀，止贡和藏古莫靠向忽必烈，达珑则投阿里不哥，且各派左右摇摆，变换不定。止贡事件表面是止贡和萨迦两教派之争，幕后是止贡施主旭烈兀挑战萨迦后台大皇帝忽必烈，结果可想而知。靠山一倒，这个教派也跟着衰弱，有的甚至消亡了。”
顿了一下，又说：“大清建国后本应尽快前往朝拜，可皇帝幼小，权在摄政，总怕万一朝局有变，前功尽弃呀。果然，去年摄政王壮年突亡，被当今皇帝以谋反罪抄家夺爵，与其交好的大臣被杀被罢一大批。而这次来的使臣是皇帝亲派的，信中又有‘亲践帝祚’四字，足见其虽年少却很有心机，我们不需再观望等待了。”
众人听了皆赞佩不已。这次会见势所必然，因为双方都需要将已有的关系明确化、正式化、体制化。五世达赖当日即书写了亲笔信，请使者代呈，信中并说，如大皇帝不方便可另定时间。
16岁的顺治帝接到信后，反复展阅，遥望西南，心潮起伏，他很感谢这位未曾谋面且有几多神秘色彩的黄教领袖对自己的信任与支持，同时也对他的料事前瞻、善把时机、决策果断由衷敬佩。后来，朝中商议应以何等规格迎接时，满汉大臣众说纷纭，一时难决，顺治帝起身，边踱边说：“不要认为一当了皇上就高高在上，什么事都是相互的，我们请他是给他面子，人家肯来也是给我们面子，从前太宗和摄政王都多次相邀而未至，及朕亲政后，召之，达赖喇嘛即启行前来，若请而不迎，恐于理未当。”最终，顺治帝力排众议，决定亲到南苑相迎，创下大清260年皇帝亲出郊迎的唯一一例。
而此刻，他真想尽快见到这位喇嘛，于是提笔回信，同意达赖喇嘛来年开春启程，同时立即动工在城东建寺，外观为汉式，内部设置一如藏庙，以备客人下榻，京人称其为“东黄寺”。
甘丹颇章宫张灯结彩，喜气洋洋，快过年了，明春要进京朝见，准备工作千头万绪，一片忙碌。五世达赖深知此行意义重大，针对黄教部分人的疑虑，于腊月初一特请哲蚌属寺乃琼庙大神预言，代言巫师用金刚杵在铺着白粉的木板上划出一串圆圈，传达的神喻是——一路莲花，此行大吉，黄教兴旺。
黄教内部达成共识后，五世达赖进入宫中地下密殿闭修三日，出来后召集索南、益西、丹增商议。三人到齐后，五世达赖说：“此行往返恐需二三年，政权初立，百废待兴，藏中之事有劳汗王、大公子、第巴多费心了。”
“来时父王表示，各项事务会与第巴大人共商处理，遇有重大问题留待佛爷回来。”
“索南第巴需协助汗王治理，益西随我出行，担任领队。”略顿，又道，“此行路线已确定，北出安多，途经蒙古。代表团150人，三大寺各出20人，前藏、康区黄庙出20人，扎寺等后藏黄庙出20人，汗王方面出20人，宫中侍从30人。前藏、康区的分配名额，由益西列个表通知下去。索南呀，明春即启程，正月的传召法会和其他活动从简吧。另外，所有寺庙的僧人、属民、庄园牧场数量的统计工作要抓紧，不得瞒报。”
索南、益西点点头。
拉萨这座高原城市，除了春季风较大、气候多变外，其他季节都很舒服宜人。拉萨河谷风景如画、物产丰饶，历来被誉为“金色盆地”、“金色河谷”，如今这金色河谷正是一片朦胧的浅绿，春意盎然。
出发日期是大昭寺喇嘛卜算的——3月21日，送行地点在大昭寺广场，数万僧俗早早到来等候。待那边甘丹颇章的宫门一启，广场上法号、腿骨号、螺号齐鸣，诵经声大作。一片彩云飘过来，停在大昭寺上空，洒下一阵绵密的吉祥细雨。
五世达赖在广场下了马，进大昭寺向佛祖十二岁等身像磕头。他今天穿一身崭新的绛色袈裟，外套一件银灰坎肩，精神昂然。数万人叩头祈祷佛爷一路平安，献上的哈达堆成了小山包，五世达赖合十向众生还礼。还礼毕，出发。
一行人于第二天傍晚到达羊八井寺，与先期到达的四世班禅会面。这次相会是事先安排的，进京面见大皇帝这么重要的事，应该听听师父的意见。晤谈进行了七天，内容不得而知，但从后来整个事情过程来观察，仍可看出些许端倪。第八天，固始汗父子、三大寺代表和一些多年作为黄教施主的大庄园主、部落首领等人赶来送行，固始汗说已通知安多诸公子，由二公子察汗丹津率20人作为自己方面的代表随行。
1652年（顺治九年）3月底，37岁的五世达赖正式踏上了进京之旅。他对外部世界充满好奇，对那个据说繁华得象天堂一样的京城，更是感到神秘与向往。可是他没料到，代表团从进入安多起就走走停停，行程缓慢，直到腊月才到达目的地。
达赖活佛进京的消息传遍了甘青内外蒙古，途经之处，跪着许多远近而来的农牧民、僧侣信众。他们虔诚地顶礼叩拜，奉献出自己最好的物品，其中不乏倾家布施者。他们最大的愿望就是能得到达赖佛爷的摩顶赐福，即使能碰触一下佛爷使用的物品，也会得到极大的满足。可是人太多，五世达赖远远无法满足所有人的愿望。对这些人来说，一生也难遇一次这样的机会，他们不甘心，尾随在后面，手摇转经筒，口念六字真言。有的人不时发出恳切的呼喊，这是一支由各色人等组成的奇异队伍，还有人拖家带口赶着羊群，队伍越拉越长，越走越慢。
“佛爷，得想个办法，再下去就走不动了。”这一天宿营后，益西进帐禀道。
“我也在想这件事情，听说不仅喀尔喀，连西蒙也有人向这里赶来，益西呀，你是不是有办法啦？”
益西想出一个办法，五世达赖连声说好。第二天一早，只见佛爷座轿两侧各拴绑一条长长的哈达，两名骑马僧人分别站在道旁信众外侧，各拉着哈达的另一端，起轿后，二僧同步前行，哈达从信众头上擦过，以示摩顶。事先益西当众宣布，哈达已经佛爷诵经加持，法力等同，故信众皆大欢喜，队伍行进速度加快了。
队伍进入内蒙古阿拉善旗后，眼前景色回异以往，但见黄沙漠漠、只闻驼铃声声，远处的贺兰山形似墙，色如铁，五世达赖一边赏景一边赞叹，指一山坳处说：“此地乃全山精华汇聚，若建寺，当大吉。”后来，真有当地高僧在此建阿拉善首寺——广宗寺。
道路上的迎拜者越来越多，队伍又长了，加进了数不清的勒勒车和牛羊。两条哈达显然不够了，增加到十数条，而且大大加长，形成两个巨大的扇面，人们争先恐后伸手触摸，或是把自己准备的哈达抛上去搭在上面，不大功夫，扇面上堆满了五颜六色的哈达，还不断有人往上抛。人群中，一个女孩儿举着心爱的小羊羔，静静地等候哈达经过，引得大家纷纷注目，随后都显出淳朴的欢笑。
逢寺遇庙，代表团要进香拜佛，五世达赖向寺僧讲经开示、摩顶赐福。夏天的鄂尔多斯风吹草低，天高云淡，五世达赖感到从未有过的酣畅，破例在野外举行了一次说法诵经大会，后来鄂旗王公在五世达赖讲经的法台处修造一庙，因这一带草木丰茂，故名树林召（蒙语中“召”即“庙”）。
“佛爷，喀尔喀和内蒙古各路王公已齐聚归化城恭候多日。”益西禀报。五世达赖点点头，他正在思考同王公们的会面。他早已意识到这次进京之旅，前一段只是铺垫，归化城才是真正的起点。
从羊八井出发时正是春暖花开，此时已是秋风瑟瑟了。一路上不断遇到王公们派出的恭迎使，由益西代为接受他们献上的哈达并表示谢意。当代表团一行登上归化城西乌苏图山时，连五世达赖也目瞪口呆了，这是何等的壮观啊，不由脱口一句：“仿佛是天上的云彩都落在这片草原！”
益西接一句：“就像是叩首参拜的万朵白莲。”
察汗丹津附一句：“还有如林的经幡彩旗招展。”
草原中间一座特制大帐，蓝条勾边，金丝精绣吉祥八宝，是为达赖活佛准备的。
在接下来的多日里，各旗王公轮番迎请五世达赖讲经说法，以美食歌舞供养。这期间，五世达赖朝拜了归化城各寺庙，特别参拜了前世修行的席力图召，还在西山举办了一次大规模的祈愿法会。法会仪式隆重，许多王公还是首次目睹。先是伴着法号众僧诵经，八人带着面具跳起金刚舞，然后数十位王公和当地活佛依次敬献哈达，五世达赖逐一回赐哈达并摩顶护持，接着登台亲诵吉祥经，祈祷总怙主观世音菩萨保佑牛羊肥壮、众生利乐。在最后的开示中，五世达赖说：“当今皇帝系雪域佛国三怙主之一大智文殊菩萨化身，秉持佛祖旨意降下世间拯救苦难，吾等黄教三宝弟子俱应拥戴，保境平安，勿生滋扰。”
启程时，五世达赖住过的帐篷城被装载到勒勒车或大马车上缓缓移动，宿营时，又冒出数百上千的帐篷，真可叹为奇观。后来，在这次举办大法会的地方建起一庙，名乌苏图召，现为呼和浩特郊外一处着名风景区。
一行三千余人向东南斜插，走了几日，只见不远处烟水浩淼，原来是一个湖，当地人叫它达赖海子[1]，汉语称岱海。一来周围风景优美，二来水名与自己称号相吻是个吉兆，于是五世达赖决定停下休整。此时已近腊月了，他亲笔给顺治帝写了一信，说明因随行人众入京不便，请求双方在岱海相会，等候回音。
比起元明两朝，有清一代，中央政权与西藏地方的关系达到空前密切的程度。双方不是征服与被征服的关系，也不是一般地沿续前朝的既有关系。可以想象，当雅库坎呼图克图前往盛京拜见皇太极时，对正在艰苦奋斗中的满清该是多么巨大的支持与鼓舞啊。可是，五世达赖的书信在早朝时引起争议。
顺治帝对诸大臣说：“朕欲亲往边外迎之，若令喇嘛入内地，今年岁收甚歉，喇嘛从者又众，恐于我无益。倘不往迎，喇嘛以我既召之来，又不往迎，必致中途而返，恐喀尔喀亦不来归顺。”随即对上述想法请大臣们“各抒所见以奏”。
满臣的意见是，皇上不妨在边外与喇嘛会见，如想来内地可少带随从，这对于喀尔喀前来归顺“大有裨益”。汉臣大多认为，皇上贵为天子，不应亲往迎接，但三千多人进入京城，吃住生活不好安排，可从诸王大臣中派一人代表皇上与喇嘛在边外相会。
争议相持数日，顺治帝权衡再三，决定“边外相见为便”，地点就定在岱海。
第二日，大学士洪承畴以天象不祥上奏：“昨太白与日争光，流星入紫微宫。窃思日者人君之象，太白敢于争明；紫微宫者，人君之位，流星敢于突入，在天垂象，诚宜儆惕……天道深远，固非臣等所能测度。但乘舆将驾，而星变适彰，此诚上苍仁爱陛下之意，不可不深思而省戒也。”
又过二日，顺治帝下旨：“此奏甚是，朕行即停止。”
翌日，索额图等亲近满臣在养心殿请安时，询问皇上何以改变主意。半晌，顺治帝徐徐说道：“范老先生曾为朕讲过春秋时期中原诸侯会盟争霸的故事。洪承畴是以天象提醒朕，双方君臣名分已定，但边外相会这种形式却多少带有点儿‘会盟’色彩，对树立朝廷权威和争取喀尔喀归顺，恐产生微妙影响。”
诸臣听了不断点头。索额图说：“皇上圣明。只是奴才不解，洪承畴何以不明言其意，却借星象之玄上奏。”
“这正是汉臣的精明或也可说是圆滑吧。”年轻的皇帝显出少有的成熟，接着又说，“当然，喇嘛是朕特请，且身份不同寻常，是要破格礼遇的。”于是，特命和硕承泽亲王硕塞为迎请大使，率乾清门带刀侍卫八名前往岱海，解释皇上因“国家重务，难以轻置，是以不能亲往”，请客人体谅，赏喇嘛乘坐金顶黄轿入都，旗伞仪仗俱全，随行人员减至200人，内有西藏各方100人，蒙古王公100人。
行至南苑，顺治帝亲往郊迎，在德寿寺便宴洗尘。
相见时，一个下马，一个出轿，双手相握，四目凝视，一个觉得上世今生似曾见过，一个欣喜少年天子气度不凡，携手入筵，并排上坐。顺治皇帝特别给予五世达赖免拜并坐的最高礼遇，只是座位略低于他。
“上师一路辛苦。”
“承蒙大皇帝沿途关照。”
“朕渴慕上师已久，今欣慰之至。”
“小僧得睹天容，实为三生有幸。”
宴毕，五世达赖诸人由礼部尚书觉罗和理藩院侍郎席达礼送至东黄寺下榻。但见红墙黄瓦，金碧辉煌，院落宽阔环境幽雅，一行人众尽皆感动欢喜。