为了制止全国性范围的大抓捕余党之风，李世民在高士廉的建议下，颁布太子令：

“六月四日以前受太子、齐王牵连的；六月十七日以前受李瑗牵连的，一并不得相互告发，违犯者以诬告罪治罪。”

李世民专门任命魏征兼任河北道宣慰使，听以便宜行事。

魏征宣慰到磁州，磁州官府正好抓到前太子千牛李志安、齐王千牛李师行，准备押送到长安。

魏征说：“本官受命山东道宣慰使，朝廷大赦天下，前太子、齐王余党都已赦免，现在又抓李志安、李师行等人，则谁还相信朝廷大赦令？本官不可以因避嫌而不为国家考虑。并且本官既然蒙国士之遇，敢不以国士报答呢？”

于是魏征将李志安、李师行赦免释放后，全国性的逮捕太子、齐王余党之风才刹下来。魏征完成使命后回京禀报太子李世民，太子李世民非常高兴。

在朝廷大赦令的感召下，太子余党冯立自动从躲藏地出来投案自首。

李世民见到冯立，恨得直咬牙：

“你在东宫时，经常间离我和李建成之间的兄弟关系，这是第一项罪；玄武门之变，你率兵杀了不少我们不少人，这是第二项罪。你犯下这两项大罪，为何逃跑？”

冯立对答：“为主人尽忠，是做臣子的本份！当日是忠于所事，无所顾忌。”说完，就伏地痛哭。

李世民慰勉道：“你是忠义之士。”于是任命冯立为左领军将军。

冯立感动地痛哭流涕：“逢殿下天大的恩情，幸而获赦免死罪，终当以死报答！”

齐王余党薛万彻逃亡到终南山隐藏起来，李世民赏识他是一位难得的猛将，多次派人晓谕他，他自感攻打秦王府杀了不少秦王府卫士，罪劣深重，躲起来不肯见面。李世民只好请薛万彻的老上司──兵部尚书李靖亲自去一趟终南山找他，他才出来自首。李世民当即赦免薛万彻的罪，还任命他为右领军将军。

后来，李世民还把自己的亲妹妹，唐高祖李渊的第十五女丹阳公主嫁给薛万彻，婚后他们夫妻还闹了一个大笑话。

八月初八，圣上在一系列痛失权力、爱子及爱孙的打击下，万念俱灰，颁布诏命自请退位，将皇位传位给李世民。李世民作秀般再三推辞，圣上没有许可。

八月初九，李世民即皇帝位，立长孙无垢为皇后，立李承乾为皇太子。尊李渊为太上皇。

李世民即皇帝位后，立即连下三道诏命：

“一是大赦天下。二是免除关中六州二年赋税徭役，其他各地免除一年赋税徭役。三是大幅削减皇宫中宫女数量，放这些宫女出宫嫁人。”

诏命一下，全国都称李世民皇上圣明。