孔有德开始派人前往辽南诸岛联络他的东江同僚跟随他造反，很快孔有德老上司的儿子毛承禄和昔日的同僚陈有时等东江将领纷纷群起响应，东江军因为孤悬海外导致被朝廷漠视，他们对这种区别对待已经非常不满，在这种情况下他们自然支持老兄弟孔有德，重伤的东江总兵黄龙在这种情况下赶紧派出了参将尚可喜率领舰队镇压，很快造反的东江军就被皮岛总兵黄龙派出的猛将尚可喜击败，毛承禄和陈有时带着军队逃到登州。虽然这些东江叛军人数不多，但是这些士兵都是常年跟后金作战的老兵，哪怕他们的战绩可能有水分，但是跟关内的卫所兵比高到不知哪里去了，所以他们受到了孔有德的热烈欢迎，有了这些战斗力强的东江军队加入，再加上穆里尼招揽的欧洲佣兵，叛军的战斗力提高了不少，于是孔有德和李九成自称都元帅，穆里尼奥，耿仲明，陈有时，毛承禄称总兵，他们组建了个潦草的军政府。
之后孔有德集结军队进军莱州，很快他们就遭遇了朝廷派出的军队，通州总兵杨御蕃，天津总兵王洪和保定总兵刘国柱率领五千明军来拦截，这些部队都是在皇太极入关的时候跟后金军打过仗的，不论他们的战绩如何，这已经是明朝在华北能集结起来的主力军队了，不过明军认为他们可以轻松击败这些由散兵游勇组成的叛军。于是很快双方就开始交战，杨御蕃和王洪抢先率领明军跟孔有德交战，杨御蕃计划在正面打造工事跟孔有德交锋，然后让王洪在侧翼发动突袭，然而他的计划被久经沙场的孔有德识破了，于是孔有德让东拼西凑的步兵部队在正面牵制杨御蕃，他本人率领上千久经沙场的辽人骑兵突袭王洪。
穆里尼奥主动请缨率领步兵在正面对抗杨御蕃，他知道自己这个葡萄牙人在军中缺乏威望，所以他要用战绩让那些东江军出身的将领对自己心服口服，此战穆里尼奥把红衣大炮全都放在登州，在这种情况下穆里尼奥麾下的上千士兵是由欧洲佣兵和他新练的本地士兵构成，穆里尼奥命令麾下的山东士兵搭建工事，然后让长矛兵在前面进行列阵，火枪兵在后面用火绳枪射击，而欧洲佣兵则作为预备队准备支援。然而杨御蕃根本没有主动发动进攻，他是打算等王洪袭击叛军侧翼后再趁机突袭，于是正面的明军就和叛军展开无聊的对射，在这种情况下不要说受到严格训练的穆里尼奥所部步兵，就是其他被视为炮灰的本地民兵都不会害怕，毕竟明军这边的火器质量不行没有杀伤力，而穆里尼奥则不想白白消耗火药，他们都在等待侧翼的行动。
结果很快天津总兵王洪被孔有德率领的辽人骑兵毫无悬念的击溃，孔有德趁机率领骑兵猛攻通州总兵杨御蕃的侧翼，结果很快杨御蕃部署在侧翼的山东部队就纷纷崩溃，这些临时集结的卫所兵只能打顺风仗，面对久经沙场的东江骑兵毫无抵抗力，正面的穆里尼奥见状立刻率领步兵进攻，他统帅的本地士兵举着长矛发动冲锋，而欧洲佣兵则拿着五花八门的武器进攻，跟在他们后边的则是准备捡漏的民兵。然而此时杨御蕃所部已经彻底丧失了斗志，很快杨御蕃就被打得大败而逃，杨御蕃清点人数后发现身边仅剩三百多名家丁，杨御蕃见状赶紧把辎重车围起来作为临时阵地，孔有德见状命令骑兵不要贸然冲锋，穆里尼奥见状立刻建议用红衣大炮，孔有德见状也同意了穆里尼奥的计划，他命令留守登州的李九成尽快把红衣火炮运到前线，除此之外他还让军队就地扎营围困杨御蕃。
半夜的时候穆里尼奥决定来波夜袭，虽然欧洲人并没有夜袭的传统，但是他在投奔孙元化后努力学习中国兵法他对三国演义里的战术非常感兴趣。于是他集结了麾下的欧洲佣兵和本地士兵上千人，趁着夜色带着轻型火炮偷偷靠近杨御蕃，他打算派人用炸药炸开车营然后发动进攻，结果他就迎面撞上了杨御蕃的军队，原来杨御蕃认为不能原地等死要跑到莱州，所以他想集结军队连夜突围，结果他就撞上了想要劫营的穆里尼奥。双方在漆黑的森林里突然遭遇了，发现对面人多势众的穆里尼奥立刻命令山东兵列阵，然后用火绳枪和轻型火炮朝对面的方向展开齐射，结果很快就把杨御蕃的明军给打得七零八落，然后穆里尼奥立刻命令欧洲佣兵和他抽调精锐组建的轻步兵出击，杨御蕃身边的不愧是精锐的家丁，在被穆里尼奥用火力迅速展开集结，他们跟欧洲佣兵和山东轻步兵展开了激战，而穆里尼奥则率领刚刚训练的长矛兵和火枪兵在险要处驻扎封锁明军的出口避免他们逃跑。
就这样欧洲佣兵跟杨御蕃的明军家丁在森林中展开混战，然而明军家丁虽然都是明军的精锐，但是这些欧洲佣兵都是转战亚洲的亡命徒，他们大多都有在东南亚的森林探险，然后跟土著人交战的经验，所以很快他们就逐渐的压制了缺乏战斗准备的明军家丁，杨御蕃见状集结了上百家丁企图突袭穆里尼奥率领的山东新兵，但是很快就被穆里尼奥麾下严阵以待的山东步兵用火绳枪击退。而很快孔有德带着各路叛军前来支援，他亲自率领骑兵突袭杨御蕃的侧翼，在这种情况下很快杨御蕃所部彻底崩溃，杨御蕃本人直接战死沙场，而跟随他的三百家丁基本全军覆没，至此这一战孔有德是大获全胜，而穆里尼奥率领上千新兵拦截杨御蕃的家丁的表现也加强了自己在军中的威望。
孔有德一战就击杀通州总兵杨御蕃，这个战绩顿时震动了整个山东，毕竟杨御蕃的父亲就是明军名将杨肇基的儿子，杨肇基可是凭借战功当上太师的狠人，杨御蕃跟随他的父亲征战多年也算能征惯战，而且他还接收了他父亲留下的家丁，结果现在却被孔有德轻松击杀，这自然震动了煽动各地。与此同时红衣大炮也被运到了前线，随之而来的还有陈有时率领的东江叛军前来增援，在这种情况下穆里尼奥立刻劝说孔有德趁机再接再厉攻打莱州，趁明军刚刚失败的时候去拓展地盘，孔有德立刻同意了穆里尼奥的建议，他亲自率领各路叛军杀向莱州。此时莱州城内已经是人心惶惶了，天津总兵王洪战败后直接跑到了昌邑，保定总兵刘国柱之前遭遇孔有德也被击败，他也直接流窜到昌邑和王洪会和，结果这导致莱州城内连个指挥官都没有，穆里尼奥出动红衣大炮轰炸城墙，孔有德和陈有时率领步兵发动冲击，很快叛军就攻占了毫无抵抗力的莱州。
在这种情况下孔有德顿时声势大振，他所到之处大肆劫掠大户和官吏获得粮食补给，并且还把部分抢到的土地分给当地百姓，这极大的提高了他们的民望，这让他们征召当地居民加入军队的难度降低了，除此之外孔有德还允许传教士在境内大肆建造教堂，他还让传教士给罗马教皇传话，就说孔有德打算带着数百万远东军民皈依天主教，他建议让罗马教皇册封他为鲁国国王，这样孔有德就有统治山东的合法性了。在轻松拿下莱州后信心大增的孔有德打算继续推进，他让老上司的毛承禄去守莱州，同样身为都元帅的李九成守登州，精明强干的耿仲明集结军队做后备，然后他带着陈有时和穆里尼奥向西进军，孔有德把矛头对准了昌邑，此时天津总兵王洪和保定总兵刘国柱率领明军屯驻昌邑，除此之外还有大批山东明军云集如此，然而这些本地明军基本上毫无战斗力，真打起来只能看王洪和刘国柱的华北明军主力。
很快孔有德率领叛军主力浩浩荡荡的杀向了昌邑，王洪和刘国柱率领明军勉强出城应战，这次他们直接搭建了阵地然后出动大量火炮轰炸，这次他们在昌邑集结了大量轻型火炮，希望利用火力打退兵强马壮的叛军，然而穆里尼奥见状直接出动了红衣大炮，叛军大多认为红衣大炮只能来攻城，但是穆里尼奥却提议用这个打野战。结果面对红衣大炮的火力，明军那些临时集结的轻型火炮很快就被压制，明军的阵地也被炸的七零八落，穆里尼奥见状趁机命令长矛兵和火绳枪兵集结成阵型压上，与此同时孔有德也趁机出动骑兵突袭明军侧翼，结果明军几乎瞬间崩溃，王洪和刘国柱见状立刻带着家丁逃进了昌邑，他们把大批临时集结的山东明军扔在战场上，最终这些残兵败将不得不投降。