明鲁战争的结果同样也影响到了后金，这直接提现在的辽南的局势上，此前皇太极派镶黄旗将领富查富林阿突袭了旅顺，这不但让后金彻底控制了辽东半岛，而且黄龙的战死还引发了极大的影响，最终导致黄龙旧部尚可喜因为孤立无援带着舰队和军队投靠了鲁王孔有德，这导致东江镇的实力遭到了极大的打击，除此之外尚可喜控制了长山岛等地也成为了孔有德的辖区。崇祯皇帝在京师兵变之前任命了沈世魁为东江总兵管辖辽南诸岛，并且还让他赶紧发兵登陆山东牵制鲁军，然后自鸣得意的沈世魁很快发现自己接手了烂摊子，此时旅顺已经被后金占领，长山等地则被鲁军占领，在明鲁战争结束后孔有德成为了朝廷册封的鲁国公，结果大量的东江兵将都纷纷前去投奔老同事孔有德，毕竟天天在皮岛走私可不如跟着老战友在山东享福，而鲁军也非常欢迎这些有经验有交情的同僚，而朝廷则被长期看东江镇不顺眼的关宁军掌握，关宁军掌权后立刻要求东江镇接受他们的直接管辖，不然他们就直接切断给东江镇提供的粮食。
在这种情况下沈世魁的东江镇几乎陷入了断水断粮的绝境，更加雪上加霜的是由于孔有德实施的对外开放的政策，大量欧洲船只开始往来于鲁国进行商业贸易，这极大的压缩的东江镇的贸易空间，而且这些欧洲商船全都是全副武装的武装商船，此外他们后面还有各自的国家支持，鲁军也对这些人非常重视，所以沈世魁想出海抢劫甚至都做不到。而奉命驻守旅顺的富查富林阿很快就观察到了这个情况，于是他立刻上书皇太极建议希望招降沈世魁，皇太极见状立刻召开了会议，宁完我和范文程等汉官都纷纷表示支持富查的建议，他们提出沈世魁麾下现在有强大的舰队，如果能够招降他会直接就获得很好的水师，而且明军在辽南的威胁将会不复存在，皇太极见状也欣然批准了这个招降的计划，皇太极除此之外还希望吸收汉人力量制衡那些手握重兵的八旗贵族。
就这样很快富查就派出使者跟沈世魁取得联络，沈世魁的东江镇其实是跟后金有着深仇大恨的，但是在东江镇待久了导致他们都因为残酷的环境和上级的风格变得越来越滑头，仇恨在利益面前显得越来越不重要，更何况此时的东江镇已经是四面楚歌，大明朝廷在排挤他们，鲁国诸将想吃掉他们，而富查又代表后金带来了足够的诚意，所以最终沈世魁决定带着部众投奔皇太极。对于沈世魁的投奔皇太极非常高兴，他亲自带着文武百官出城迎接沈世魁，他以此来显示自己对他的尊重，并且他还对沈世魁嘘寒问暖放足了姿态，他任命沈世魁担任忠顺王并继续统领旧部，对于皇太极的条件沈世魁可以说是感恩戴德，这么优厚的条件极大的超乎他的想象，他至今为止做梦都没想过自己还能被封王，所以他立刻发誓要对皇太极忠诚，而皇太极也希望以沈世魁为例子吸引更多的汉人投靠后金。
在京师兵变之后南京的大明官员纷纷反对这场兵变，并且他们选择不承认关宁军政权，这些官员控制了漕运并且以此威胁控制京师的关宁军，他们认为可以靠封锁让关宁军土崩瓦解，但是关宁军先是大肆抄家稳住财政，然后靠对外贸易和北美作物确保钱粮能自给自足，在这种情况下来自南京方面的威胁基本破产。不过这些南京的官僚对此也没有多大的反应，反正他们已经掌握了江南富裕地区，位于中原和西北农民军离他们非常的遥远，而关宁军各部更是远在华北，所以这些敌对势力基本上都无法威胁到他们，而且现在他们还可以理直气壮的不用上交税负，于是这些官僚就在江南就继续过上的醉生梦死的生活，他们拥立的监国福王朱常洵更是跟这些官僚沆瀣一气寻欢作乐。
福王朱常洵在万历四十二年就藩洛阳，之后他就天天在洛阳掠夺土地横征暴敛，但是崇祯即位后西北和中原的农民军因为天灾人祸愈演愈烈，朱常洵所在的洛阳更是位于河南中部，所以朱常洵其实也有出逃避难的想法，然而在崇祯掌权的时候这种违背祖制的行为是被严厉禁止的，宗室朱聿键曾经因为募兵抵抗农民军就被关到凤阳。然而现在情况可不一样了，关宁军兵变并且控制朝廷后他们因为威望不足导致对地方的管控失效了，于是朱常洵见状立刻就逃出了洛阳，他离开洛阳后选择去江宁，毕竟江宁不但是大明的故都，而且当地富庶还没有战乱，实在是太适合他过去逃难了，结果他刚进了江宁就被当地的官员拥戴担任监国，对于这些江南官员来说既然要跟关宁军对抗那就需要找个大旗，朱常洵身份显赫而且还是崇祯的长辈，让他牵头没有任何问题。
然而等到朱常洵当上监国后他继续过着醉生梦死的糜烂生活，大部分江宁的官员也都对这种情况是见怪不怪了，不过南京朝廷中还是有有雄心的官员想要北伐解救崇祯，这其实以凤阳总督马士英和南京兵部尚书史可法为首，其他的总督钱谦益等人对此基本上都没兴趣。马士英曾经在大同任职所以跟后金军队有过交手，也跟关宁军的部队有过接触，他对敌人的了解比其他那些文官都要高出很多，而史可法曾经跟随明军在中原同农民就作战，所以他也多少有些军事经验，然而他毕竟没有跟关宁军有过任何接触，加上他本人为人和气谦虚，所以北伐计划基本上被马士英主导，当然他们想要北伐的难度其实非常大，中原和湖广的明军都在对抗农民军，基本上都无力分兵前去北伐关宁军，更何况他们就算北伐可能也打不过关宁军。