在这种情况下很快顺军的局势就变得雪上加霜，大量的明朝官吏和四川土司开始起兵反对顺军，这其中有些是朱聿键在暗中进行策划的，有些是主动起兵想相应明军或者浑水摸鱼的，这其中甚至有部分明军游击队开始在成都周围活动了，他们甚至还偷偷的跑进成都城里并且图谋直接刺杀李自成，虽然他们的行动很快就被近卫军所发现，但是李自成对此感到又惊又怕。

在李自成得知石柱府也发生了反对顺军的暴乱后，李自成开始怀疑兼任提督的石柱总兵秦良玉，毕竟秦良玉是在四川各地都有着极高声望的明军名将，而且她的家族一直以来都是坚定的大明忠臣，所以李自成开始认为四川各地之所以到处都出现叛乱，很有可能是秦良玉这个大明忠臣在暗中捣鬼，于是李自成立刻就派军队封锁了秦良玉在成都的住宅。

本来李自成还想要直接把秦良玉下狱问罪，但是担任四川巡抚的宋献策坚决反对，他认为绝不能以莫须有的罪名直接处置秦良玉，不然这只会导致李自成的声望进一步下滑，此外担任顺王大学士的牛金星则表示如果处置了秦良玉，那么恐怕没有任何土司会继续支持顺军了，在他们的苦劝下李自成才决定暂时软禁秦良玉并且派人去寻找证据。

驻军川南的李竟志得知此事后赶紧给李自成写信，毕竟他旗下就有很多从各地土司招来的士兵，如果秦良玉就这么直接被李自成处置，那么他的军队很有可能直接发生兵变，李竟志在信中坚定表示秦良玉为人光明磊落一言九鼎，她这种忠臣既然决定要归顺李自成，那就绝对没有背叛顺军的想法，他表示如果李自成可以善待秦良玉，那么肯定会让四川军民归心。

李自成在得到李竟志的来信就开始进行思考，宋献策和牛金星得知此事后就力挺李竟志的建议，其实换成明军的系统李竟志这种干涉内政的行为很危险，但是顺军上下已经草莽管了没有这种讲究，所以李自成对李竟志的建议也没有多想，他在反复调查发现秦良玉没有反意后选择主动释放秦良玉，就这样这个风波就这么悄然无息的过去了。

秦良玉在事后很快就得知了这个事情的起因经过，于是经过考量后她就决定让李竟志去继承自己家族训练的白杆兵，为此她让李竟志去迎娶自己的孙女加入她的家族，她现在已经明白事已至此自己的家族需要攀附顺军的高级将领，李竟志对四川各地的土司都非常友好，而且他相貌英俊骁勇善战，自己的孙女嫁给他也并不会吃亏，而李竟志对这个提议非常高兴，虽然现在白杆兵的主力所剩无几，但是剩下这些人的战斗力也不差，于是就这样李竟志迎娶了秦良玉的孙女。