两人开始了十年来第一次决斗，还是艾吉奥更胜一筹，可罗德里戈见到自己落与下风，直接呼叫卫兵支援。

没想到一大伙人杀了出来，自己大伯马里奥，佛罗伦萨的盗贼老大沃尔佩，威尼斯盗贼老大安多尼奥甚至葆拉和泰奥多拉修女两人也都来了，除了一个人艾吉奥不认识。

他叫做马基雅维利，代表作《君主论》。

一群人干掉了卫兵，可还是让罗德里戈逃跑了，艾吉奥准备追了上去，修女揽住了艾吉奥。

原来这帮人是来见证先知的降临，艾吉奥一路上遇到的人全都是刺客组织的成员，而他们的使命是保护人类文明的进程。

这些年他们训练，引导艾吉奥的成长，为的就是这一天的到来。

而艾吉奥，才是预言中的先知。

大家在塔楼之上手拉着手一起宣誓。

【在其他人盲目追随真实的时候，你要记住。】

【万物皆虚。】

【在其他人被道德或者法律束缚的时候，你要记住。】

【万事皆允。】

【我们为服侍光明而躬耕于黑暗，我们是刺客。】

【万物皆虚，万事皆允。】

曾经所有刺客都会切掉无名指，除了因为挡住袖剑弹出的路径，也代表了他们的意志。

现在刺客不需要切掉无名指，但也会在无名指处烙下烙印。

随着一个个从高楼跃下，完成最后的步骤，信仰之跃。

从今夜开始，艾吉奥正式成为了刺客组织的一员。

在达芬奇的帮助下，艾吉奥等人解开了伊甸苹果的奥秘，他会侵蚀意志不坚定之人的心灵。

而在伊甸苹果闪耀之时，在场众人全都脑袋眩晕，除了艾吉奥以及……达芬奇。

达芬奇甚至在闪耀的金光之中看到了一大顿图纸。

他们知道伊甸苹果绝对不能落到罗德里戈手中，所以将苹果暂时保存在弗利。

也就是那一年被艾吉奥说救过的米兰公爵之女卡特琳娜的所在地。

现在卡特琳娜已经杀死了自己的圣殿骑士老公，自己出任了弗利的女伯爵。

而就在卡特琳娜出城迎接的时候，罗德里戈的佣兵团趁机攻占了弗利。

卡特琳娜在城下疯狂辱骂以引起敌人注意力，艾吉奥则通过水下暗道打开了城门，但杀入城堡后，卡特琳娜发现自己的孩子被抢走了，面对要挟，卡特琳娜则如同一个毛子，表示随便你们杀，老娘随时都能继续生。

不过话虽然这么说，卡特琳娜在回来后依旧满脸痛苦。

艾吉奥偷摸出城，想救下孩子，可因为太过于大意，被佣兵趁机捅了一刀，只能眼睁睁看着一个缺少了小拇指的黑袍修士拿走了伊甸苹果。

被卡特琳娜救醒后，艾吉奥和卡特琳娜又进行了一番口语交流，随后立刻赶去修道院，可惜一无所获。

时间又过去了四年，来到了1492年。

罗德里戈就任了第215任教皇，史称亚历山大六世。

直到1497年，艾吉奥才听说有人拿着伊甸苹果，给佛罗伦萨各个行业工会会长洗脑，把繁华的翡冷翠硬是变成了混乱之地。

艾吉奥只能在城市中一个个暗杀过去，而玩家在这一段中也是游戏性最足的一段。

之前或暗杀，或无双，在这一段中，玩家必须开动脑筋，从重重卫兵保护中以各种方式隐匿行踪，用袖剑和袖枪，充分利用各种战斗方式，地形，技能来完成任务。

而清醒过来的市民们也开始围攻修士，而修士再次掏出苹果准备控制大家，被马基雅维利一飞刀射中手腕。

艾吉奥找回伊甸苹果后，佛罗伦萨也爆发了史无前例的大暴乱，史称【虚荣的篝火】。

在熊熊大火中，市民们将修士捆绑在火刑柱上，准备烧死修士。

而艾吉奥却不赞同这种行为，他认为任何人都不应该承受如此苦难。

艾吉奥飞跃人群，在半空中弹出袖剑，一刀捅死了修士。

面对着一脸蒙的市民，艾吉奥表示，即便烧死了修士又如何？因为在你需要别告诉你，你得做什么的那一刻起，下一个修士便注定会出现。

回到老家的庄园，艾吉奥将大家所有的手稿拼接起来，居然是一幅世界地图。

而宝库的位置是罗马，准确的说是——梵蒂冈。

手稿中提到，进入宝库需要两枚钥匙，一枚是伊甸苹果，另一枚是伊甸权杖。

也就是教廷圣物，教皇权杖，而现在的教皇是……罗德里戈。

事不宜迟，艾吉奥等人立刻前往梵蒂冈，换上了阿泰尔的黑色传奇套装，艾吉奥轻松潜入教廷，从教堂中一跃而下，本以为是一击毙命，直接杀死罗德里戈。

但拥有权杖的罗德里戈并没有死，艾吉奥用伊甸苹果制造了无数分身，而罗德里戈的权杖却发出冲击波，直接震飞了艾吉奥以及其他分身。

罗德里戈拿起伊甸苹果，用权杖将艾吉奥悬浮于空中，一刀刺入艾吉奥身体中，随后转身就进入密道。

罗德里戈走后，艾吉奥掉落了下来，踉踉跄跄的追了过去，而这次是罗德里戈失算了，本以为两把钥匙在手就能打开宝库，可惜宝库的大门只为先知打开，也就是只有艾吉奥能打开宝库。

因为神器已经放到宝库上，艾吉奥和罗德里戈开始了第二次，也就是最后一次战斗。

艾吉奥拖着受伤的身子打开了宝库的大门，一个奇怪女人的影像出现了，她似乎早就预料到了艾吉奥的到来。

她叫密涅瓦，是地球第一文明【伊述人】的圣谕者。

他们曾经是地球上高度发达的远古种族，根据自己的样貌创造了人类，并给人类DNA植入了神经传导器，让她们通过打造的伊甸碎片控制人类。

但人神双方却爆发了战争，公元前75010年，人类和伊述人的混血儿亚当和夏娃出现了。

作为混血儿的他们并未植入神经传导器，因此他们不仅免疫伊甸碎片的心灵控制，同时也能使用伊甸碎片。

亚当和夏娃两人偷走了伊甸苹果试图逃跑，不过半路被某种不明势力阻止。

伊述人在所谓诸神黄昏的日冕物资抛射中几乎灭绝，而幸存者离开了地球，之留下了密涅瓦。

而人类却凭借着强大的繁衍能力衍续了下来，并一直被亚当和夏娃的后代，也就是刺客们保护着。

这就是十六号用血书留下的人类真相，同时，在十六号漫长的人类历史漫游中，他发现，从伊丽莎白一世到圣雄甘地，从一战到越战，从爱迪生和特斯拉的对抗到阿波罗登月计划，人类历史上的每一个伟大人物，每次一历史转折事件，每次一的科学突破，都与伊甸碎片息息相关。

而密涅瓦口中的这些答案也不是说给艾吉奥听的，作为先知，艾吉奥的使命就是传递真相，而传递的人，便是六百年后的……戴斯蒙德。

戴斯蒙德脱离机器，外面警笛响起，一个博士带着阿布斯泰戈公司的人来了。

戴斯蒙德获得了艾吉奥的战斗技巧，一番激战，博士独自逃走，但戴斯蒙德和露茜知道

现在，战斗才刚刚开。

游戏结束。

黑屏亮起，无数制作人的名字逐一出现，在跳过了这一段后，一段影片出现。

一个带着兜帽的男人在冰雪之中被推到山崖上的绞首架上。

后面的男人一把拉下兜帽，露出了……阿泰尔的面容。

又是一段黑屏过后，另一段影片出现。

身穿白袍的刺客行走与人群之中，屋顶的火枪手正瞄准着刺客，随后刀光声音出现，视角切换到了白袍刺客身上。

守护骑士阻止刺客前进的道路，却突然倒地，另一个守护骑士挥刀砍来，却被一箭射中。

在无数红色大檐帽的教士中，身穿白衣的刺客分开人群，走到了教堂前，面对这坐在轿子上的男人，哪怕被无数长枪包围也无动于衷，只是看着轿子上的男人。

随着白袍刺客一点头，手持长枪的护卫全部倒地，五个刺客立与男人面前。

伴随着激昂的音乐，为首的刺客跃起，而兜帽下的人……是艾吉奥。