正月十六日，没等到要去福州接旨的蔡大人出门，台北公布了新的组织架构。台湾镇守府更名《台湾大都督府》，王浩为大都督，文官正二品；许三多为都督同知，文官从二品。这是将来台湾文职官员的上限。新建台湾大理院，专司邢狱审理，首任正印官为大理院卿毛龙达，文官从三品。为了能匹配官员资历和功勋，大都督府还仿照唐制建了一套‘勋官制度，’从二品的光禄大夫以下，分别为金紫光禄大夫、银靑光禄大夫、正议大夫、通议大夫、太中大夫、中散大夫、朝议大夫、朝请大夫到朝散大夫（正七品）止。勋官只是加衔并没有职责和薪水，所以毛大人的正式官名是‘金紫光禄大夫（正三品衔）大理院卿（从三品职）’，乃是许三多以下文官最高阶。
大都督府下设参议若干名，此职务可以对都督府内任何民政事务提建议，如果有授权也可以对司官直接管理，分别任命了左参议方毅之（勋官从三品银靑光禄大夫）和右参议程泰祚（勋官同）。都督府下共设15司：民政、财政、通商、建设、教育、外交、工商、警务、番务、科技、监察、情报、参军、军法和军备，其中前11个司计入文官。司设司官（正四品）一人和司官同知（正五品）一到两人，另设参事（正六品）和佥事（从七品）若干人为辅佐。司以下分设处、科两级，处的主官为主事（从六品）、科的主官为主簿（从七品），处以下分设主办（正七品）、头等经历（正八品）、二等经历（从八品）三级官。科以下设主管和吏目两级（正从九品）。
为了和司官职匹配，县令调整为从六品，独立的镇比如首里镇，并不属于哪个县管理则升级为厅，厅的长官为厅令（正七品）。这样司直官员和县乡官员品级错位，后面乡长正常不能再升级厅令或县令，而是要先去各司做职能官，避免民政官员只在一条体系里升级，不通其他政务。县级体系对应大都督府各司，取消户籍科，户籍登记转入警务科，增设综合科，对口科技、监察、番务三个不设县科的司。直辖民政官级别调整，为了提高海外都护府地位，都护府也提升一级，都护改为正六品，同时由民政司派出长史（正七品）一人，农、商主办（从七品）各一人，协助都护处理民政事宜。
民政官员提高这么多，军民两边的位阶就显得不平衡，为了不让众多军官失衡，三天后大都督府公布了新的军衔阶级。授王浩提督台湾等地总兵官，中将军衔，授将军美号镇南将军；授许三多提督台湾等地水军总兵官，海军中将军衔，授将军美号伏波将军。军营之中以军衔区别高低，官兵分授陆军军衔和海军军衔，王浩军衔前不加陆海两字，代表他是军队总指挥官。同时公布了中校以上的军衔分别为上校、副将（准将）、少将和中将。
军衔没有十八级这么长序列，所以即日起军衔对应品级调整，准尉军衔原对应从九品（第18级），现对应从八品，以此类推。按军衔对照，上尉调整到武官正七品，上校调整到从五品。这个品级是武官一大关，按都督府解释，武官升级到上校官阶，必须进行深造或者到参军、军法或军备三司交叉任职，任职期间军衔不提升，如果有功劳可以升级勋官提升资历。跳过上校是副将（准将），对应的军事单位还没有组建，将来会建旅（旅，顶级战术单位。同时也是次等方向战略单位），副将对应品级跳到从四品。从四品到正四品也是只升勋官不提军衔，再上一级对应的军事单位是镇（师，战略单位），对应军衔少将，品级从三品，从少将起称封号将军，大都督府授予美号。再往上军事单位没有公布，对应的军衔是中将，品级对应从二品和正二品。
按照新军令，从九品和正九品军职授予两类人员，正九品授予上士（棚正）和军士长，从九品授予中士（棚副）和军士。目前军中只有上士和中士品阶，按照军令解释，军士长和军士并不是军官，而是授予士兵中战技高超，能够熟练使用军中武器，能够协助军官对普通士兵进行战技训练，在战场上能够做军人表率的老兵。实际上，这两级军衔主要授予骑、炮兵和水兵这类技术兵种，用更高荣誉和薪酬挽留这些超期服役老兵。
按照军令的补充说明，军士和军士长可以随着服役年限、战功逐年加薪，最高的军士长军饷可以拿到上尉军官薪酬。
又过一天，大都督府发布训令，军法司司官陈侃、参军司司官何英、金兰团团长朱标升陆军上校军衔，这三位首批校官登顶。军备司司官同知钱穆乡晋陆军中校军衔，这个从没上过战场的文职军人在23岁获得中校阶。当天开始台湾进行了疯狂的扩军，陆战营加桃源守备队一拆二，正式组建海兵陆战队1营、2营，这两个营头归属海军编制，小规模的登陆战由这两个营头唱主角。第1营营官由基隆营代营官陈新调任，改职海军少校，第2营营官海军少校陈利平升任。
桃源营、基隆营一哨、炮兵营一部扩编桃源团，原营官金岁晋升中校团长，下辖陆军第1第2两个营头和野战炮（四斤半炮）一哨，辎重哨一哨；基隆营两个哨、义勇营一哨另加基隆守备队，炮营一部扩编台北团，动员司同知于国实转任中校团长，下辖陆军第3第4两个营头和野炮、辎重各一哨。义勇营两哨和台北守备队合编汶莱团，下辖陆军第5营（满编）第6营（军官架子营）和野炮、辎重各一哨，原海军少校周正忠转晋陆军中校任团长。原陆战营营官林大成调任动员司司官同知，晋陆军中校。原金兰团义勇二营改名陆军第7营，原富国哨改编陆军第8营（非满编），陆战营三哨哨官赵松林晋八营少校营官，金兰营成为三个营头的大团。
另成立陆军补充1营，原泰雅哨哨官金致远晋上尉代营官。四个陆战团再加补充营，共九个陆战营每棚人数将降到十人，哨内取消肉搏兵排，大规模作战主要靠炮火加刺刀，每个营头满编为440人，携两斤炮4门，每个团满编人数为1216人，携两斤炮8门和四斤半野炮6门，这是目前在远东野战炮火最密集的部队。两个海军陆战营保留肉搏部队，携带炮数一样，人员编制较大。
除了9个野战营头和两个陆战队营头，大都督府另设一个满编的金兰堡守备营（550人），两个不满编的台湾堡守备营（350人）、社寮岛守备营（350人）。除此外，独立炮兵营几乎被抽调一空，所以在台北重建四斤半炮独立炮兵营，这个营头拥有四个炮哨（3个四斤半炮哨，一个攻城臼炮）和一个辎重哨，营官葡萄牙人桑托斯。考虑炮又发生缺额，而且炮兵需要较长时间训练，这个营头至少要到半年后才会有战力。
除了炮营，大都督府另一只技术部队骑兵，这轮扩编也很猛。前几年台湾养马走了弯路，虽然先后从波斯进口了五十匹阿拉伯公马和百多匹母马，也从琉球，朝鲜，江宁等地买了两三千匹蒙古马和琉球土马，但是全台没一个人懂得如何选种配马，当时就把百多匹阿拉伯马、数百匹琉球马和蒙古马圈在马岛上任其自由繁衍，结果这几年陆续繁衍了好几百匹。等到英国人的顾问团来台，他们看到台湾这种育马方式简直嗤之以鼻。真正的繁育良种是要挑选最好的公马和最好的母马，一代代只让最好的基因流传下去，哪有任马匹自由交配的。
于是几个夷人接手马场，他们首先做的就是挑选种马，琉球土马毫无意外被踢出局，这马身高不过三尺三寸（1.1米），夷人们认为这就是驴。蒙古马他们也想踢出局，不过王浩坚持蒙古马要配种，因为他记得以前看过资料说蒙古马适应性很强，什么寒、热、粗饲料都能对付，虽然短途爆发力弱可是持久能力远超欧洲马种。不信邪的夷人真的搞了一个五百里拉力赛，发现这结论还真是对的。用急行军速度跑完五百里的蒙古马只死亡一成半，而做对照的阿拉伯马不是死亡就是跑废了。
即使是这样，夷人们也坚决不认为蒙古马是好的军马，蒙古马的身高（1.3米左右）、体重和短途冲刺能力存在明显短板，他们坚持认定，即使阿拉伯马也只能算还将就用的轻骑兵马（身高1.44-1.55米，体重400-500KG），如果组建重骑兵队，他们觉得还要引进安达卢西亚马或诺曼马。