兵部侍郎陈子龙又言“史尚书通敌实非良策，自强乃是根本，臣子恳请殿下使臣整备军务，以赏罚严明治于军，君臣上下一心并力北伐，则光复京师指日可待。若假借虏兵，如宋朝借金灭辽，借元以灭金，则必亡于虏人之手”

史可法听言发觉有理，又担心自己说的如果自己承认错误那不是打脸，自己在太子殿下可能会失势，又犹豫了起来，不妨听听这位年轻太子的想法“殿下，臣子愿听殿下安排”

朱慈烺心中怒气顿时散了出去，不禁大喜，此时还需要史可法等大臣辅佐，也不好得罪过分，便婉言道“爱卿皆是我大明忠臣，虽想法各异，然都是思我大明社稷，无需争吵，我高兴之极。我观史尚书之言侧重于我军势小贫弱，不能以一力平贼寇，陈侍郎和沈御史皆看重虏之亡我大明之心不死，三位爱卿核心要义皆是北伐中原，匡扶明室，如此我便是定下国策以‘北伐’为第一要义，卿等可赞同”

史可法见自己的意见也没有被殿下全盘否定也是满意，与其他大臣一同道“臣等无异议，愿奉殿下旨意”

朱慈烺见大臣都听自己安排，便顺势推出自己定下的政策：先是设科广纳人才由刘宗周负责；再由史可法进行筹措军粮招兵买马，最后派遣陈子龙从军队上开始改革，在杭州府设立京营，陈子龙担任前军总兵，练精兵六万，由浙江巡抚儿子方元科担当中军总兵，前军为主力三万人由陈子龙直接指挥，编制为五千骑兵、五千弓箭手，其余为步卒。中军由孙守法指挥以杭州府五千军队为基础充实成两万人以配置为三千骑兵、五千弓箭手，其余为步兵。后军由太子朱慈烺亲自指挥设立御林军，配置为三千御林军骑兵、一千御林军火铳手和两千御林军弓弩手、两千御林军大刀队、两千御林军长枪手，再加一百炮将军营；重设锦衣卫由张元科担任锦衣卫都统指挥，听命于朱慈烺，暂定任务为军情打探。