在接下来的几个星期里，参森按照日程表的安排，对绫波进行了各种不同的辅导，包括智能测验、功课补习、理科知识、文化艺术、道德修养、跟心理治疗等……此外参森还不忘记定期带绫波回NERV的医院复查伤势，以及到赤木律子那里检查身体。在辅导的过程中参森发现，绫波有着很好的艺术天份，尤其是在音乐方面，参森觉的可以多向这方面培养绫波。
这天午，参森独自一人来到NERV本部的地下基地中，他是受了葛城美里之邀来见她的。
NERV本部内的通道错综复杂，参森在这里七拐八绕，最终被一扇高大厚实的金属闸门拦住了去路。
“这里是……”参森疑惑的看着这扇门，一股莫名其妙的神秘感涌了他的心头，他转过头看了一眼安装在门旁的读卡器，于是毫不犹豫的取出自己的ID卡刷了一下。
“吱～”读卡器显示屏显示出无法识别的字样，闸门仍旧紧锁。
“搞什么明堂？”参森有点不明白，自己先前刷了好几个通道的闸门，都能畅通无阻，谁知就只有这扇门不让通过。于是参森又刷了几回自己的卡，仍旧显示不能通过。
忽然，一阵高跟鞋的“哒、哒…”声传来，参森急忙转身朝声音的方向看去，只见赤木律子双手插在兜里，正庄重的朝自己走来。
“赤木博士…”参森急忙问候。
“你在这里做什么？”赤木律子一脸严肃的问参森。
“我在找葛城一尉，但不知道怎么回事，这么大个NERV本部就只有这扇门不让通过！”参森有点激动的对赤木律子说。
“你没读过成员手册吗？那里是禁区！”赤木律子说。
“这样啊！”参森这才明白过来，不过赤木律子并没有责怪他，只是慢慢来到闸门前，取出自己的卡刷了一下，闸门立刻开启了。律子走进了这个神秘的区域，同时提醒参森做事多用点心，然后便头也不回的朝内部走去。
看着闸门缓慢的关闭，参森不禁开始怀疑起来，“看样子，这NERV的地底下果然藏着一些见不得人的东西！”参森自言自语的说。
于是，参森按照成员手册的地图，好不容易才找到了葛城美里约他见面的食堂，他走进食堂一看，发现葛城美里正坐在一张餐桌前跟加持良治在谈话。
“呦，你来啦！”加持看到了参森，美里也跟着转过头来。
“你们认识？”参森说着来到二人身旁的一张椅子坐下。
“你说呢？”加持风趣的对参森说，美里则不高兴的把脸转向了一旁。
“我猜你们两个一定交往过，对不对？”参森问。
“呵呵～”加持笑了笑，没有回答。这时葛城美里站起身来，一把拉住参森往外走，“好了，不要再跟这家伙浪费口舌了，我们走吧，正事要紧！”美里有些急躁的对参森说。参森一声不吭，只是听天由命的起身跟着美里一起走，二人又一次穿过NERV总部内那些四通八达的通道，来到了位于NERV地下基地正中心的中央作战司令部。
刚一走进司令部，参森便被这里的规模给震憾到了，只见在一间巨大的黑色空间内，一幅立体的作战地图正用全息投影技术投映在正中央，面将第三新东京市以及周边的地形显示的一清二楚，地图的正对面，一座高大的三层指挥台的正中间一层，并排安装着三台似乎是电脑主机似的机器，指挥台人来人往，许多身着NERV制服的工作人员正在主机前忙碌着，指挥台正对面的墙壁有一面巨形显示屏，可以将战场的详细状况转播出来。
“好大的气场！”参森对着中央作战司令部的规模感叹道。
“这里就是负责迎击使徒的作战指挥中心。”葛城美里温柔的对参森说，“现在来认识一下其他队员。”
说着，二人登指挥台的第二层，来到了三台电脑主机的其中一台旁边。
“那个戴眼镜的，叫日向诚，军阶为二尉，是总部的联络员。”葛城美里指着一个戴着宽边眼镜的黑发小哥说。
说着，日向诚转过身来，主动朝二人打招呼：“哦，您好！”
“幸会。”参森也温柔的回答着。
然后，葛城美里又指着旁边的一个长发男子说：“这位是青叶茂，是MAGI的副操作员，军阶为中尉。”
只见青叶茂一直在埋头工作，对周围发生的一切没有丝毫察觉。
“青叶的任务主要有通信以及情报分述等，负责联络工作和MAGI系统的部分操作。”葛城美里说。
“MAGI系统？”参森感到疑惑。
“本部的超级计算机系统，全称‘三贤人超级计算机系统’，用于管理整座城市的政务，监视使徒的动向，以及保管实验资料等，由律子负责主要维护。”美里向参森介绍道。
“是吗？怪不得这么大个第三新东京市连个市政厅都见不着。”参森回答说。
“呵呵。”葛城美里笑了笑，然后指着一个留着黑色短发的小妹说：“她是伊吹摩耶二尉，怎么样，很清纯吧！”美里故意开了个玩笑。
“噢，您好！请…请多指教。”这时，伊吹摩耶才注意到二人，连忙转过身来，神情紧张的问候了一下二人。
“请多指教。”参森礼尚往来，然后他将目光转向位于指挥台最端的司令席，发现碇源渡仍旧和初次见面时那样双手手指交叉放在脸前坐在座位，只是在他的身旁多了一位头发灰白，身材高瘦的老者。
“那里是碇司令和冬月副司令的位置。”美里提醒参森，“好了，我们该走了。”
“嗯。”参森看了碇源渡一眼，转身跟葛城美里一同离开了。
数十分钟后，在NERV本部的地下通道内
“原来如此，这就是本部的成员分布。”一路，参森仔细的回忆着美里向他介绍的NERV本部的组织架构。
“另外还有…”美里提醒参森，“以后再见到大家，记得要称呼前辈喔！”
“哦？”参森有点听不明白。
“这是因为大家都是第二东京大学毕业的，而且都是你的学长！”葛城美里解释说。
“是这样…”参森这回明白了。
于是，参森跟着美里离开了中央作战司令部，准备前往下一个目的地，赤木律子的实验室。
“葛城前辈，有件事我很在意…”参森突然问葛城美里，“请问NERV为什么要把本部建在箱根这片地方？”
“为了迎击使徒啊！”美里毫不在乎的回答。
“关键是，你们是怎么知道使徒一定会入侵这里的？”参森追问道。
听了参森的问题，葛城美里的脸色忽然变得沉重起来。“这个…我想你可以试着问问律子。”美里回答。
正说着，二人来到了赤木律子的实验室门口，这时参森注意到，赤木律子此时正站在办公桌前跟一个年龄和自己相仿，戴着宽边眼镜的白人男子说话，参森走前去，准备和律子打招呼，那人转过头来，二人四目相对……