当第一个波次的拦截行动结束时，第二个波次的拦截弹此时距离地面高度已经接近2500公里，但是这一次“豫州舰”和“上京舰”并没有选择像第一波次的拦截一样，等到拦截弹进入距离地面1500公里的距离才进行引导，而是在第一个波次拦截结束的第一时间便开始了第二个波次的攻击引导。此时战斗已经开始，已经没有隐藏攻击意图的必要了，更早地雷达引导可以更好地修正拦截弹的攻击弹道，从而提高拦截弹的拦截成功率。
此时昂撒国的弹道导弹指挥中心，指挥人员陷入了艰难的抉择之中，因为此时根本没有任何信息渠道供他们判断对方拦截行动的具体情况，这使得他们很难决择何时控制导弹进行针对性的变轨。导弹此时早已抛弃巨大的助推燃料罐，只剩一个不大的“乘波体”弹头，弹头内携带的燃料根本无法支撑导弹进行持续的变轨，指挥中心必须选择在最合适的时间进行变轨，才能尽可能地提高导弹的突防成功率。
虽然地面的航天测控站的测控雷达因为受到东极国空天战舰雷达的压制无法监测战场情况，但是导弹和指挥中心的通讯并不是那么容易受干扰的。指挥中心根据导弹的失联状态判断出对方第一个波次的拦截行动已经结束，于是立即下令关闭所有导弹的变轨发动机以节省燃料，让它们借助大气层进行自主滑翔。这些导弹经过第一次的变轨和刚刚的紧急变轨，此时燃料已经消耗大半，剩下的燃料只够点火一分多钟的时间，只允许导弹再进行一次变轨，而此时导弹距离目的地还有三分之二的路程。
东极国的两艘空天战舰通过雷达探测到的导弹运动轨迹的变化，很轻易地便判断出导弹关闭了发动机，此时正处于滑翔状态，这种状态下导弹的弹道相对固定，拦截难度要低上不少。“豫州舰”和“上京舰”果断改变了拦截的策略，不再是选择理论命中率最高的拦截弹道进行拦截，反而是改变拦截弹的攻击目标，使得拦截弹击中导弹的时间尽量一致，尽可能地压缩对方的变轨反应时间，使得对方在没有点火发动机进行变轨之前就尽可能多地拦截目标，毕竟滑翔状态的目标要比变轨中的目标更容易拦截得多。
最终，第二波次的拦截取得了高达48%的成功率，76枚导弹在这一次的拦截中被成功摧毁。从第一枚拦截弹命中目标到最后一枚拦截弹命中目标，时间相差不过20秒，不过昂撒国的弹道导弹指挥中心反应时间也是极为迅速，在第一枚拦截弹命中导弹差不多5秒后，所有导弹的发动机便全部点火进行变轨。不然的话，这一波次的拦截战果必然更加斐然。
值得一提的是，在第三个波次的拦截中，东极国的两艘空天战舰采用了和第二次拦截一样的策略，依然希望通过控制拦截时间的一致性，来压缩对方的反应时间。然而经验从来都不是决定战争走向的关键因素，双方都在战争中学习和成长，在复杂多变的战场上过于依赖于以往的经验必然遭遇挫折。昂撒国的弹道导弹指挥中心根据前两次攻击间隔，大胆地预测东极国的空天战舰处于一个很高的轨道发射拦截弹药。如果是这样对方的话，拦截弹每次攻击的时间间隔相差不会很大，根据前两次拦截的时间便可以大致推算出第三次拦截的时间。于是“豫州舰”和“上京舰”信心十足地引导拦截弹飞向正在滑翔的导弹，当还有30秒就要命中目标时，原本处于滑翔状态的导弹突然点火变轨，并且是以最大推力运行，顿时大量拦截弹来不及重新修正攻击弹道而错过攻击目标。最终这一次的拦截在拦截弹的数量和第一波次拦截一样，而拦截目标数量远低于第一波次的情况下，只取得了和第一波次差不多的拦截成功率，仅有30%的成功率，24枚导弹被成功拦截。
最终200枚导弹在“豫州舰”和“上京舰”发射1800枚拦截弹进行三次饱和拦截的情况下，被成功拦截了142枚。剩下的58枚导弹依旧继续飞向空天军基地，整个拦截行动的成功率为71%。而“豫州舰”和“上京舰”两艘空天战舰已经失去了拦截的窗口，无法再次进行拦截。
这一次四艘昂撒国核潜艇发射弹道导弹对东极国空天军基地进行饱和攻击，以及随后“豫州舰”和“上京舰”发射电磁炮弹对这些弹道导弹进行饱和拦截。这两个事件都将在人类战争史上留下浓墨重彩的一笔，这是第一次弹道导弹饱和攻击，也是第一次空天战舰实战。然而相对于这一次行动的象征意义，这一次通过空天战舰对于弹道导弹进行中段拦截的实际效果对于未来世界的走向，反而有着更为重大和深远的影响......
剩下的58枚导弹进入最后500公里的末端俯冲攻击阶段，经过前面四次的变轨，此时导弹弹体所携带的变轨燃料已经所剩无几了。导弹以一个近似抛物线的弹道俯冲而下，随着高度的降低，导弹的速度不断地提升，然而却没有采用进行变轨动作，很显然他们是想把所剩不多的燃料用在最后修正攻击目标上。负责守卫空天军基地的东极国反导部队早已做好拦截的准备，导弹刚进入射程，数个远程反导阵地便开始立即开火，一枚枚远程反导导弹拖着长长的尾焰升空而去。
从地面拦截来自超高空的物体有着天然的劣势，来袭的导弹在地球引力的作用下即使自身无动力速度也会越来越快，而从地面发射的反导导弹则需要耗费大量的燃料来克服的地球引力的作用，并且加速时间短，最后接触时的速度也要低于来袭的导弹，这也导致从地面拦截弹道导弹的效率要低不少。幸运的是，此时来袭导弹的弹道相对固定，这使得拦截的难度要低上不少。
空天军基地周边的四座末端反导阵地在一分钟的时间内发射出近百枚远程反导导弹，却只成功拦截了20枚来袭导弹，拦截效率只有20%。一枚远程反导导弹的价格也不比一枚弹道导弹便宜多少，这场短暂而效率低下的拦截行动，成本已经接近敌方整个行动攻击成本的三分之一了。然而这样的拦截却是必须进行，虽然拦截的成本和攻击的成本不对等，但是导弹击中目标造成的损失却要远远大于拦截的成本。在短短的一分钟内，四座远程反导阵地便将可发射的上百枚远程反导导弹全部射光，这也就是因为空天军基地是东极国最重要的战略基地才会配置如此多昂贵的远程反导导弹，其他任何一个地方都没有这样的待遇。即便如此，这些导弹对于敌方针对性的饱和攻击也是杯水车薪。
进入最后200公里的38枚弹道导弹弹体与空气剧烈摩擦，浑身被火焰所包裹，朝着空天军基地直扑而来，如同天罚。此时天空还是一片黑暗，38枚弹头照亮整个夜空，正印了辛弃疾的那句“更吹落，星如雨”，既绚烂又给人一种未知的压迫感。
此时整个空天军基地早已严阵以待，占地上万平方千米的基地中所有重要目标都被发烟车吹出的浓密热烟雾所笼罩，烟雾笼罩上百米的高度，只有少数几个高度极高的建筑物在烟雾中若隐若现。如果光靠烟雾的遮蔽，基地必然会在这一轮攻击损失惨重，热烟雾虽然可以有效地干扰来袭导弹上光电引导头对于目标的识别，但是导弹自身的惯性导航和雷达引导头依然能够引导导弹攻击到预定目标。