随后，人巫两族主张以何为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤，逃进了洪荒星空。在洪荒星空中，九凤恢复了伤势，更炼化了三颗太古星辰：七杀、破军和贪狼，随后打算回到洪荒人间杀死转世的颛顼，以报被辱之仇。

自此，巫族、妖族两族彻底是销声匿迹，不复存在。

女娲娘娘见妖族一脉人丁稀少，仿麒麟之躯，神龙之首，凤凰之翼，造出了五首黑龙，本意是让五首黑龙代替他守护苍生。

只是，黑龙天性贪婪，不服教诲，女娲不喜，将之流放于寒海，黑龙为了发泄对这位创世神的怨恨，搅起狂涛恶浪，祸害苍生。

女娲震怒，命自己的本命三尸到下界镇压，将黑龙封印在寒海之底，又将寒海之水吸干，化成五座山峰，永远镇守在此。

可谁知那冰魄老妖，盗取龙峭观镇山之宝”玄冥离火珠“。破除了黑龙的封印，黑龙欲报此仇，联合帝俊的老婆日神和月神想复活东皇太一。

当年，东皇太一只是法身有灭，元神尚在沉睡之中，女娲害怕太一再次苏醒，将其封印于东海扶桑之国。

而能够破解封印的四件法器，被分别抛入东、南、西、北四大海域。

北海乃妖魔聚集之地，已由伏羲设下魔界之门，隔绝于天地之外。

黑龙以太虚禁术《六龙噬天》之力，摧毁了封印，打开魔界之门。

魔族欺压百年的怨念，就此爆发，随着北冥之主修罗王一声令下，百万妖魔从北海幽都攻入了人间，天下大乱。

北冥之主修罗王，借道家《五道轮回》之法，打通神、人、魔三世之力，继而征蓬莱，灭昆仑。

人族烧符焚香，请得祖师广成子、云华夫人，黄龙真人、九天玄女、赤松子临凡扶桑国。

昆仑诸仙和九大上神做了最后拼死一搏，但还是没能挡住太一的苏醒。

太一归来，昊天被镇，乾坤大变，曾经被大羿射落的九乌也因东皇太一的苏醒得以重生。

殇古之内，九乌经过修养恢复了神力，他们按东皇太一的意愿，升向九天。

十日之光，燎原天下，灭世浩劫，再次爆发。

临危之际，昊天上帝的元神在天外天终于找到了被东皇太一封印的《九天登神大典》，将之传回了三界。

女娲以晶石之力，召唤出被封印三万六千年的盘古一族，迎战东皇太一手下修罗王的魔族，最终万灵之长神龙、飞禽之长凤凰、走兽之长麒麟再度现世，摆下了《困天阙》大阵，将东皇太一困阵中，三兽献祭于阵法之中，昊天吸收了三神兽之力，以女娲石为媒，引真元自爆，和东皇太一玉石俱焚。

这昊天没了，才有的玉皇大帝。