624年7月，曾担任过太子李建成宿卫的庆州都督杨文干带兵攻陷宁州，驱赶当地官吏，将百姓劫掠出城，占据百家堡。秦王李世民的军队来到宁州以后，双方随即展开拼杀，杨文干很快在短时间内溃散。7月25日，杨文干被自己的部下杀死，他的首级被传送到京城京城长安，李世民将伙同杨文干谋反的宇文颖抓获，并将他杀掉。
有一次，唐高祖李渊在长安城南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉一起随同前往，李渊命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负，李建成有一匹进贡来的胡马，这匹马膘肥体壮、骁勇无比，但是喜欢撂蹶子，李建成顿时心生一计，将这匹胡马交给李世民，对他说：“二弟，这匹马天生骁勇，跑得很快，能够越过几丈宽的小河，秦王你善于骑马，我把这匹马让给你，你骑上它试试吧。”李世民骑着这匹胡马在猎场上飞奔，追逐一只野鹿，但追着追着胡马忽然撂起后蹶，李世民只得跃身而起，跳到数步以外站稳，胡马站起来后，李世民再次骑到马上，就这样上上下下连续好多次，始终不能制服这匹马，李世民回过头来对宇文士及说：“太子打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有天命决定，就凭他们能够伤害到我吗?”很快，李世民所说的这些话就传到了太子李建成的耳中，他便乘机教唆李渊的嫔妃在李渊耳边吹耳边风、进谗言，诬陷李世民说：“秦王自称是上天授命于他，要让他做天下的主宰，有了上天保佑，他不会白白死去呢！”李渊听了以后果然大怒，先将李建成、李元吉二人召来，然后又把李世民召来，责备李世民说道：“谁是天子，上天自然会授命于他，可不是像你说的那样，可以通过运用一些手段所能够谋求的，你像当皇帝我可以理解，但为什么要这般急切呢！”李世民见李渊发怒，吓得赶忙摘去王冠，跪在地上接连磕头为自己辩解，请求将自己交付执法部门证实自己的清白，但李渊怒气仍然不消，对秦王李世民的猜忌更加严重了。
秦王李世民在和太子李建成、齐王李元吉结下梁子以后，觉得他们之间的矛盾已难以消除，认为洛阳地势优越便利，如果有一天会发生变故，就离开京城长安退守到洛阳。于是，就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派秦王府车骑将军张亮率领自己的亲信王保等一千多人提前赶赴洛阳，暗中结交当地的豪杰，发展势力，静待事态的变化。另一方面，他还拿出大量的金银钱财供他们使用。李元吉发现这件事后，告发张亮暗中培植势力准备图谋不轨，张亮被交付法官考察验证，但张亮从始至终一言不发，朝廷没办法，只得释放了他，让他返回洛阳。
一天夜里，太子李建成派人请来秦王李世民，假借兄弟之间联络感情的由头和他一起喝酒，二人推杯换盏之中，李建成暗中命人在李世民的酒中下毒，李世民没有防备，喝下毒酒之后突然心痛吐血，看到李世民痛苦难捱，一同陪着他来的淮安王李神通只得搀扶着李世民返回西宫。李世民回到宫中后不久，恰好李渊来到西宫，看到李世民卧床不起，李渊便主动询问起李世民的病情，知道了其中的缘由后，李渊敕令太子李建成说：“你知道秦王向来不善于饮酒，你这样一门心思给他苦心劝酒究竟是意欲何为？李建成听到后吓得头冒冷汗，李渊接着说：“从今以后，你不能再和秦王一起在夜间饮酒。”李渊又转头对李世民说道：“提出反隋的谋略，消灭大敌，平定海内，数你的功劳巨大，这是不争的事实，我也本来打算立你为太子，但你坚决推辞，不愿意担当众人，你们兄弟之中，又数建成的年纪最大，按照惯例他理所应当的成为了太子，已经很长时间了，现在我也不忍心夺去他的太子之位啊！但到了现在这一步，我看你们兄弟之间似乎难以相容，你们一起长期住在京城里，肯定要发生纷争，我准备派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你管辖，你看这样这样吗！。李世民听了李渊的话后嚎啕大哭，称自己连年在外征战、孤苦无依，不愿意远离父皇，到洛阳去任职。李渊对他说：“天下都是我们李家的天下，东都洛阳和西都长安两地，相距不远，只要我想念你，马上就可以动身前往，你不用为此烦恼悲伤啊。”李世民无奈，只得接受了李渊的安排。
但在李世民准备向洛阳出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“试想，如果秦王李世民到了洛阳，重新拥有了自己的土地和军队，雄踞一方，到时候我们再想控制他就难了啊，不如现在将他留在长安，这样一来，他始终只能在我们眼皮子底下活动，就只是一个匹夫而已，掀不起什么风浪，想要捉住他的话也就容易了。”于是，李建成和李元吉暗中安排亲近的大臣，写下密封的奏章上奏李渊，说：“陛下，秦王身边的人得知秦王即将要前往洛阳，一个个都欢欣雀跃，似乎蕴藏着什么不可告人的秘密，看秦王的意向，恐怕他早就准备在洛阳率军起事了，一旦放任他离开，再让他回来可就难了。”他们还指使李渊宠信的官员以秦王李世民去留洛阳的得失利弊来劝说李渊，在他们的里应外合之下，李渊又改变了主意，秦王李世民前往洛阳的事情又被搁置了。
李建成、李元吉二人为了达到打倒李世民的目的，接二连三的与后宫的嫔妃在李渊那里告状诬陷李世民，长此以往，李渊信以为真，准备惩治李世民。大臣陈叔达进谏说道：“陛下，秦王为打天下立下了汗马功劳，眼下他并没有犯下什么大的过错，是不能被轻易废黜的，秦王性情刚烈，倘若对他加以折辱贬斥，恐怕他会经受不住，一旦染上风寒疾病，到时候陛下后悔都来不及了呀！”李渊听了后觉得有道理，没有处罚李世民。李元吉则在暗中请求杀掉李世民，李渊说：“他立下了平定天下的功劳，而现在他犯罪的事实和证据又尚且不充分，怎么能轻易下杀手呢?”李元吉说：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，还私下里散发钱财笼络人心，想要在洛阳建立自己的势力，又违背陛下的命令，这难道还不是谋反吗？只要想杀掉他害怕没有理由吗？”李渊还是没有答应。到了这个时候李世明和李建成以及李元吉之间的矛盾已经到了不可消除的地步，他们双方都将对方当做自己的最大政敌，似乎已经到了你死我活的地步！
事情发展到这时候，秦王李世民府上的幕僚属官们人人忧虑、个个恐惧、不知所措。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在秦王和太子双方的仇怨已经结成，一旦矛盾爆发，不仅是秦王府不可收拾，实际上连江山社稷的存亡都都会遭遇危险啊，到时候我们这些人也自然没有容身之处，不如我们劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔一样的行动，尽早出手，安定局面吧。长孙无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口，现在你说的这一席话，正好符合我的心愿，请让我代您禀告秦王。”于是，长孙无忌到秦王李世民的住处，将这件事告诉了李世民，李世民把房玄龄召来共同商议此事，房玄龄说：“大家都知道，秦王您功盖天地，应当继承皇帝的大业，现在正是上天在帮助您啊，希望你不要疑惑不定了，尽快下决心吧。”房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民下决心诛杀李建成、李元吉二人。
秦王府有许多骁勇的将领，太子李建成打算把他们挖过来为自己所用，于是，便在暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他，说：“将军，希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”尉迟恭推辞说：“我是一个市井小民，遇到隋朝末年战乱，长期流亡，还一度经常对抗朝廷，实属罪大恶极，死有余辜，幸好秦王赐给我再生的恩典，如今我又在秦王府当差，只当以死报答秦王。我没有为殿下立过功，不敢凭空接受殿下如此丰厚的赏赐，倘若我私自与殿下交往，就是对秦王怀有二心，就是见利忘义的小人，殿下要这种人又有什么用呢！”李建成看到书信后大怒，便与尉迟恭断绝了往来。尉迟恭将这件事告诉了李世民，李世民说：“明公对我的忠心就像大山那样坚实牢靠，即使他赠送给您的金子堆积到了北斗星，我知道明公的忠心还是不会动摇的。他赠给您什么，您就接受什么，这又有什么值得猜疑的呢！况且，这样做能够了解他的阴谋，难道不是一个上好的计策吗！否则，祸事就将降临到我们的头上了啊。”不久后，李元吉指使刺客，准备在夜间刺杀尉迟恭，尉迟恭得知这一消息以后，将层层门户敞开，自己躺着不动，刺客屡次来到他的院子，终究没敢进屋。眼看行刺不成，李元吉又转而向李渊诬陷尉迟恭，把他关进奉诏命特设的监狱里审问处治，准备将他杀掉，因为于李世民再三求情，尉迟恭才保全了性命，得以幸免于难。这以后，李世民的心腹长孙无忌与雍州治中高士廉、右候车骑将军侯君集以及尉迟恭等人，夜以继日地劝说李世民下决心诛杀李建成和李元吉二人，李世民到了此时还是犹豫不决。