排在凌烟阁功臣之中第二位的是李孝恭，李孝恭是隋朝领军大将军李安的儿子，唐高祖李渊在晋阳起兵攻克长安后，便下诏拜李孝恭为左光禄大夫、山南道招慰大使，让他招揽各地有才能的人，出巡四川，李孝恭终不负所望，通过他的努力，得使巴蜀三十多个州尽数归降李唐。随后，李孝恭又率军进攻从湖北进入四川地区的朱粲（），并很快打败了朱粲的大军，眼看胜利在望，李孝恭麾下的诸位将领们都说：“朱粲是个十恶不赦之徒，相传平日里经常杀掉活人来吃，他的部下也都是些凶恶之徒，请将军下令把他们全部坑杀吧。”李孝恭听了后略加思索的说道：“我们不能这样做，从这里一路向东，还有很多人没有归降我们，人的本性都是怕死的，如果这些人听说朱粲和他的的部下被我李孝恭全部坑杀了，那么以后还有谁愿意归降我们呢？”于是，李孝恭便下令将朱粲的部下全都释放。这个消息传出去后，一路上，李孝恭所到之处兵锋正盛，各方势力也都相继归附于他。
唐武德三年（620年），李孝恭又向李渊献计，准备进攻萧铣，李渊同意采纳李孝恭的计策，并拜李孝恭为夔（kuí）州总管，接到命令的李孝恭一边加紧造船、一边训练水兵，开始了进攻萧铣的准备。一年后，李靖同样向李渊呈上了自己拟定的十条进攻萧铣的建议，李渊同样悉数采纳，任命李靖为行军总管，李渊考虑到李孝恭没有指挥过大规模的战役，让李靖兼任李孝恭行军长史的职务，把重任一并托付给了李靖，这一年的八月，李靖将麾下大军聚集在了夔州。萧铣认为当时正值秋季汛期，长江里的江水水位猛涨，加上三峡道路险峻，因此他断定李靖不可能选择在这个时候继续进兵，于是命令自己的军队原地修整，没有采取任何防备措施。九月，李靖率领军向江陵进发，大军一路顺流而下，快到三峡时，李靖麾下将领都建议等江水退去后再进军，而李靖却说：“所谓兵贵神速，机不可失、失不再来，现在，我们的军队刚刚集结完成，萧铣还不知道，如果我们乘江水猛涨之际发兵，大军顺流东下，突然出现在江陵城下，到时候就算萧铣探知了我们进军的消息，仓促调集军队，他也来不及应战了，按照这个方略用兵的话，我们定能一举成功。”李孝恭听了后采纳了李靖的意见，唐军开始向夷陵进发。
这时，萧铣的部将文士弘率领数万精兵驻守在附近的清江，李孝恭想直接发起进攻，李靖劝告他说：“文士弘是萧铣麾下的猛将，且萧铣的士兵作战一向骁勇，现在荆门刚刚失守，他们便把精锐兵力全都派出来迎战，士气一定很盛，我们暂且把战船停泊在长江南岸，暂时避免与敌人正面交锋，等到他们士兵的士气衰落，再出击决战，一定能攻破敌军。”但这一次，李孝恭没有听从李靖的意见，还命令李靖留守军营，自己率兵出战。结果，果然不出李靖所料，双方一交战，李孝恭便战败，仓促向南岸逃奔。文士弘获胜以后，放纵手下的士兵四处抢掠，士兵们拿着抢来的财物准备撤退，李靖见敌军拿着抢来的物资慌忙撤退，队伍混乱，当即决定攻打文士弘，文士弘被打了个措手不及，部下被杀及溺水的将近一万人，李靖缴获敌军的战船四百多艘。
李孝恭命令士兵们把缴获来的敌军战船推进滚滚长江水中，将领们都说：“将军，我们不是应该把好不容易缴获来的战船利用起来吗？如果把这些船扔掉，说不定反而会让这些船再次落入敌人手中，这样做得不偿失啊？”李孝恭说：“萧铣统辖的地区，南边直到岭表，东边到洞庭湖，地势险要，现在，萧铣手下沿江镇守的士兵数量众多，如果我们发起进攻后，城池没有攻下来，而对方的援兵到达的话，我军就会陷入内外交困的局面，到了那个时候，我们虽然船多，但又有什么用呢？现在萧铣已经战败，他为了稳妥起见，一定不会仓促进兵，我们一定要等等待机会，趁机一举攻下江陵。”不久后，萧铣的军队到达巴陵，见到李孝恭居然轻易抛弃了缴获来的数百艘战船，果然心生疑虑，不敢盲目进攻。武德四年十月（621年11月10日），萧铣因内外交困，不得已下只好向唐军投降。李渊闻讯后大喜，任命李孝恭为荆州大总管，还下诏让宫中的画工绘出唐军击破萧铣时的场景。萧铣战败投降后，李孝恭在荆州大力开垦农田，冶炼金属，发展当地经济。
武德六年（623年），李孝恭出任襄州道行台、尚书左仆射，当时，荆襄地区虽然已经平定，但岭南一带的大部分地区还不在李唐掌握之中，李孝恭派遣使者专程前往岭南，对当地的官员进行招揽，在李孝恭的劝说下，岭南四十九州纷纷也都归附了李唐。
武德六年（623年），辅公祏攻占寿阳后反唐，朝廷下诏任命李孝恭为行军元帅，率兵前往九江讨伐，李靖、李勣等人全都受李孝恭指挥，出发前，李孝恭为大家壮行，看到他杯中的酒忽然变成了血色，在座的人都大惊失色，但李孝恭却举止自如，从容不迫地开导他们说：“要知道祸福从来不能乞求上天，而是要靠自己的努力去争取的，我没做过什么违心的事，各位不必为我担心，眼下辅公祏恶贯满盈，我依仗朝廷的威势向他问罪，我这杯中的血，就是他们即将失败的征兆啊！”众人听了后当即信心大增。
辅公祏派麾下的部将冯惠亮、陈当世率领三万水军驻扎在博望山，陈正通、徐绍宗率领三万步兵、骑兵驻扎在青林山，并在梁山地区用锁链切断了江中的航道，修筑了却月城，延绵十多里，他们还在长江以西构筑堡垒用来抵抗唐军。李孝恭和李靖率领的水军驻扎在舒州，李勣率领一万步兵抢先渡过淮河，攻占了寿阳，驻扎在硖（xiá）石。冯慧亮等人坚守壁垒不肯出战，李孝恭派奇兵从后方切断了冯慧亮等人的粮草运输线路，因为缺少军粮，敌军急于结束战斗，选择在半夜派兵逼近李孝恭的军营，但此时，李孝恭却反而坚持避不出战，他召集诸位将领商议，将领们都说：“冯慧亮兵力强大，占据水陆两方面的险要地点，我军很难快速攻下来，不如直接逼进丹阳，趁其不备，出其不意的直接攻击辅公祏的老巢，如果丹阳能够攻破，冯慧亮等人自然不战而降！”李孝恭听了后觉得有道理，准备采纳将领们的意见，但李靖却持不同意见，他说：“辅公祏的水陆两支精锐部队在这里，他自己亲自统率的军队肯定也不少，如今博望的各个敌营我们尚且不能攻克，而辅公祏凭借石头城的险要地势自保，想要攻克他想必也一定很难！如果我们进军攻打丹阳时，十天半个月久攻不下，冯慧亮等人就会从后面包抄上来，到时候我军腹背受敌，就会陷入危险的境地。冯慧亮、陈正通等人都是身经百战的老将，我想现在并不是他们不想出战，而是因为辅公祏定下的计策，让他们按兵不动，想以此拖垮我军而已，如果我们现在主动攻城，或许有机会破敌！听了李靖的一通分析，李孝恭深以为然，于是，他决定用老弱残兵先进攻冯慧亮等人的营垒，自己统领着精兵严阵以待，随时攻打冯慧亮军中营垒的先头部队。双方随即开战，冯慧亮出兵追击，追出几里地后遇到了唐军，双方展开交战，结果唐军大败冯慧亮，冯慧亮溃败之后退守梁山。很快，李孝恭攻又攻破了梁山别镇。
冯惠亮、陈正通等人战败逃走后，李孝恭、李靖乘胜追击，前后转战一百多里，辅公祏在博望山、青林山的两处部队也都一一溃败，冯慧亮、陈正通等人的部下遭受唐军重创，被长江水淹死的有一万多人，最后仅剩五百名骑兵逃回丹阳。而李靖的部队则抢先到达了丹阳，辅公祏大为惊慌，带着几万士兵放弃丹阳后又向城东逃跑，打算到会稽投靠左游仙。李勣继续追击辅公祏，辅公祏到句容后，随从的军队仅剩下了五百多人。当天夜里，辅公祏在毗陵宿营，手下的将领吴骚、孙安等人暗地里谋划，准备把他抓起来献给唐军，精明的辅公祏觉察到吴骚等人的意图，迅速丢下妻子儿女，独自一人带领几十名心腹，冲破关卡逃跑，结果他在逃到武康时，被当地的农民活捉，押送到了丹阳，李孝恭下令将辅公祏处斩，把首级送回了长安。
武德九年（626年），扬州城中有人诬告李孝恭谋反，李渊将李孝恭召回了京师，让武士彟（yuē）做了扬州都督府长史，李孝恭则受到了有关部门的追究审问，结果并没有发现他谋反的证据，李孝恭被赦免。贞观初年（627年），李孝恭升任礼部尚书，改封为河间郡王，除观州刺史。李孝恭性情豪爽，威名镇慑四方，但他待人却谦卑宽容，因此李世民和他十分亲近。李孝恭曾对左右的侍从们说：“我住的大宅子真是太大了，应该把它卖掉，再买座小院子，能让我住下就可以。我死之后，我的儿子们如果有才能，能守住这个宅子便很好了，如果这些儿子们没有能力，也免得这么好的大宅子便宜了别人。”可见，李孝恭在留下遗产这方面看的很开，思想观念算是很前卫了。贞观十四年（640年），李孝恭在饮酒时突然发病去世，时年五十岁，李世民身穿素服亲自为李孝恭发丧，哭的十分伤心。