当度假区的欢乐余韵渐渐散去，众人带着满载的回忆和轻松的心情回到了各自的家中。宝可梦们也仿佛感受到了这份愉悦，一个个精神抖擞，活力四射。在这份幸福的氛围中，每个人都回到了自己的小窝，准备享受一个宁静的夜晚。
然而，这份宁静并没有持续太久。小智在早晨突然从梦中惊醒，他的心跳加速，额头上布满了汗珠。希特隆立刻察觉到了小智的不安，他从地上坐起，戴上眼镜，关切地询问小智的情况。希特隆：“小智，你怎么了？”小智的眼中还残留着梦境的惊恐，他喘着粗气回答：“我在梦中又梦到索尔迦雷欧和露奈雅拉了，它们似乎正在跟一只从未见过的宝可梦对战。”希特隆轻声安慰道：“小智，你不是刚从度假村回来吗？压力怎么又这么大了。放轻松，在休息一会吧。”
但小智的心中充满了不安，他没有选择继续休息，而是来到了楼下。在那里，他发现库库伊博士和芭内特的状态也显得有些异常。小智连忙上前询问，尽管他们尽力掩饰，但小智还是感觉到了他们的不对劲。吃完早饭后，小智和希特隆急匆匆地来到了学校。他们与同学们交流后发现，不仅是库库伊博士和芭内特，几乎所有人的家长都出现了这种提不起劲的状态。
小智也分享了库库伊博士和芭内特的情况。希特隆沉思了一会儿，然后说道：“原本我以为小智你在说梦话，但是结合这种情况来看，是不是因为小智你那个梦中的三只宝可梦的缘故。”众人的目光都集中在小智身上，小智便将自己的梦境详细描述了一遍。卡奇听完后，若有所思地说：“很有可能，我们得调查一下这种情况的原因。”于是，他们开始了行动。在调查的过程中，他们听说了玛纳罗祭典，这是一个重要的节日，岛屿之王和岛屿女王都会来到自己守护的遗迹，向阿罗拉创造神话中提到的传说中的宝可梦进行感恩祭典仪式，也就是光辉大神。
小智：“所以，会不会是因为光辉大神的缘故。”卡奇有些怀疑：“但是那只是传说中的宝可梦吧。”莉莉艾则分享了她母亲告诉她的故事：“我母亲跟我说过，光辉大神是在这片土地上献身的。它用它的光芒照亮了整个世界，然后阿罗拉就此诞生了，但是它耗尽了自身所有的光芒，却化作了一片黑暗，陷入了漫长的沉睡。后来太阳和月亮的化身，也就是索尔迦雷欧和露奈雅拉出现，将自己的光辉分给了它，光辉大神再次散发出光芒，飞向了天空的尽头。”小智思考着莉莉艾的话：“这和我梦中的场景有些出入呢，那么这么说来，我梦中的另外一只就是失去光芒的光辉大神吗？”
此时，毒贝比突然慌张起来，它在地上画出了一个图案，似乎在示意众人能够理解它的意思。小智好奇地问：“这是什么？”众人就毒贝比的这个图案进行了分析，试图解读其中的奥秘。
与此同时，阿罗拉的大海上，一架印着R的飞机正在向着阿罗拉前进。机长正在有序指挥着众人，此时有人打来了通讯。机长：“坂木大人！”坂木的声音从通讯器中传来：“情况怎么样了”机长回答：“就目前的观测结果来看，我们的目标出现的可能性非常大。”坂木显得有些兴奋：“很好，继续观测，我真想好好看看我们的目标啊。”同一时间，在一处小岛上，格拉吉欧也在奋力阻止不安的银伴战兽。格拉吉欧安抚着银伴战兽：“冷静一点银伴战兽，怎么回事。难道你在害怕吗？”银伴战兽不安的点了点头。格拉吉欧看向天空，心中充满了疑惑：“这到底是怎么回事”
在宝可梦学校的教室中，希特隆突然喊道：“你们快看外面，天空正在慢慢变暗。”小智也注意到了这一异常现象：“这到底是怎么回事呢，毒贝比的这个图案又代表了什么？”莉莉艾仔细观察着毒贝比的图案：“这是不是索尔迦雷欧和露奈雅拉的符号啊。”只见毒贝比疯狂点头，似乎在确认莉莉艾的猜测。小智意识到了事情的严重性：“好厉害啊，莉莉艾，但是这么看来它们应该出事了，我们得出发了。”
在紧张的气氛中，通讯器突然响起，小智迅速接通，屏幕上出现了露莎米奈疲惫的面容。她的声音带着一丝急迫，却又难掩疲惫。露莎米奈：“阿罗拉的各位，紧急情况，请大家火速前往波尼岛的日轮祭坛，那里似乎发生了一些不寻常的事情。哎，终于说完了，真是麻烦，再见了各位。”
小智紧锁眉头，意识到情况的严重性：“看来问题就出在那边，我们得去看看。”他们迅速行动，不久便抵达了波尼岛的日轮祭坛。在那里，格拉吉欧已经等候多时，他的脸上写满了严肃。格拉吉欧：“小智，你们终于来了。”小智急切地问：“格拉吉欧，这里到底发生了什么事？”格拉吉欧摇了摇头：“具体情况我也不清楚，银伴战兽突然变得异常恐惧，我便过来调查一下。”小智追问：“那你有发现什么线索吗？”格拉吉欧示意他们跟随：“你们跟我来。”他们跟随格拉吉欧穿过日轮祭坛的地下通道，最终来到了一个隐蔽的密室。墙上的壁画引起了众人的注意。小智惊讶地指着壁画：“这是光辉大神？”卡奇仔细观察后说：“这壁画上的图案和毒贝比画的一模一样。”小智恍然大悟：“看来毒贝比是在引导我们来到这里。”
就在这时，外面的宝可梦们发出了警惕的叫声。小智和众人立刻冲出去，只见一个究极之洞正在不断扩大。从洞中，索尔迦雷欧和露奈雅拉飞了出来，它们看起来异常疲惫。小智疑惑：“是它们两个，但是它们不应该在这里。”
紧随其后，一只全身漆黑的宝可梦出现了，它散发出的压迫感让在场的每个人都感到不安。小智：“这是什么宝可梦，感觉它在追赶索尔迦雷欧和露奈雅拉。”格拉吉欧看着自己躁动不安的银伴战兽，沉声说：“看来这只漆黑的宝可梦就是这一切的罪魁祸首。”玛奥观察着这只宝可梦：“它的样子像是正在吸收索尔迦雷欧和露奈雅拉的能量。”小智坚定地说：“我们得帮助它们，各位，我们上。”他们迅速乘上直升机，跟随索尔迦雷欧和露奈雅拉来到了美乐美乐岛。在这里，黑色的宝可梦开始攻击露奈雅拉，但被卡噗鸣鸣及时挡下。小智：“是卡噗鸣鸣，它也来帮助索尔迦雷欧和露奈雅拉了。”随后，露奈雅拉和索尔迦雷欧也开始反击，与黑色宝可梦展开了激战。小智：“各位我们也上。”小智他们随即也派出宝可梦加入战斗，但黑色宝可梦的反击异常猛烈。直升机紧急迫降，小智他们迅速跑下直升机，继续指挥作战。
希特隆突然喊道：“各位看它那个背上，图案就是壁画上的图案啊。”小智疑惑：“难道，这只宝可梦是光辉大神？但是它为什么要攻击索尔迦雷欧和露奈雅拉啊？”正当众人讨论时，露奈雅拉被这只黑色的宝可梦抓住，并且持续被吸收能量。小智焦急地指挥：“我们得阻止它，继续攻击。”攻击再次如雨点般落在黑色宝可梦的身上，但是效果甚微。
然而，出人意料的情况发生了，黑色宝可梦吸收完能量之后，突然解体，然后附着在露奈雅拉的身上，形成了一只全新的宝可梦。正当众人惊讶于露奈雅拉被附身时，一发电磁网出现，抓住了这只宝可梦。小智：“这又是从哪里来的？”他注意到了标志，“这个标志，是火箭队。”此时飞船开始移动，带着被附身的露奈雅拉逐渐离开。小智坚定地说：“不能让他们就这么跑掉。”他的眼神中闪烁着决心，准备采取行动。