曹操遂率领着本部兵马，浩浩荡荡地朝着青州进发。一路上，他骑在高头大马上，目光炯炯地注视着前方，心中不断思索着应对之策。他深知知己知彼，百战不殆的道理，所以不断派出细作，深入青州各地，打探黄巾残部的详细情况。
几日过后，细作来报，曹操得知这些青州的黄巾残部虽人数众多，粗略估计竟达数十万之众，但大多是些走投无路的穷苦百姓被裹挟其中，缺乏严格的军事训练，更无统一的指挥调度，只是仗着人多势众，在地方上烧杀抢掠，以求得一时温饱。而且他们的装备极为简陋，多是些农具稍加改造而成的武器，军心也颇为涣散，许多人早已厌倦了这颠沛流离、打家劫舍的生活，只是迫于生计，才继续留在军中。
曹操心中有了计较，暗自谋划着作战方略。他深知若要强行进攻，即便能取胜，己方也必然会损失惨重，于是决定采用恩威并施的策略，先从分化瓦解对方入手。
待大军抵达青州境内，曹操先是谨慎地选择了一处地势险要、易守难攻之地扎下营寨，命士兵们加紧修筑防御工事，同时每日操练不息，提升士气和战斗力。他一面让士兵们展示出朝廷军队的威武严明，给黄巾残部以威慑，一面派出多支小队，深入周边村庄，安抚百姓，张贴告示，宣传朝廷招安之意，表明只要黄巾士卒愿意放下武器，投降朝廷，朝廷定会既往不咎，还会分给他们土地，让他们过上安稳的日子。
此外，曹操还亲自修书数封，派使者送往黄巾残部中一些颇具影响力的头目手中，言辞恳切地劝他们审时度势，顺应朝廷，莫要继续与朝廷为敌，否则只有死路一条。这些书信有的石沉大海，有的则引起了部分头目的动摇，他们看着身边疲惫不堪、士气低落的士卒，又听闻朝廷军队的强大与招安的诚意，心中不禁泛起了嘀咕。
而在与青州当地的豪强大族联络方面，曹操也没闲着。他深知若能得到这些地头蛇的支持，收剿行动便能事半功倍。于是，他亲自带着厚礼，拜访了当地几家有影响力的豪强大族，与他们促膝长谈，晓之以理，动之以情，向他们分析利弊，劝说他们共同对抗黄巾残部。曹操言辞恳切地说道：“如今黄巾肆虐，诸位的家业也深受其害，若我等能携手将其剿灭，朝廷定会嘉奖诸位，保障诸位的利益，青州也能恢复往日的繁荣，还望诸位能与我等齐心协力啊。”
在曹操的诚恳劝说下，不少豪强大族权衡利弊后，纷纷响应，为曹操的军队提供了诸多便利。有的帮忙提供周边地形和黄巾残部分布的详细情报，有的协助安置伤病员，还有的组织起自家的私兵，配合曹操的军队作战，一时间，曹操在青州的根基逐渐稳固，收剿行动也得以顺利开展。
经过一番精心准备，曹操终于决定对黄巾残部发起进攻。首战，他挑选了一支精锐部队，皆由身经百战的老兵组成，趁着夜色，悄悄地摸到黄巾残部的一处营地。此时，那营地中的黄巾士卒大多已进入梦乡，只有几个守夜的士卒无精打采地打着哈欠，丝毫没有察觉到危险的降临。
曹操一声令下，精锐部队如鬼魅般迅速出击，瞬间解决了守夜士卒，而后冲入营地，一时间喊杀声震天。黄巾残部顿时大乱，许多士卒从睡梦中惊醒，慌乱中四处逃窜，甚至连武器都来不及拿。曹操则率领大军乘胜追击，却并未大开杀戒，而是边追边喊：“朝廷招安，放下武器者免死！”那些逃窜的黄巾士卒听闻，不少人纷纷扔掉武器，跪地投降。此役，曹操斩杀俘获众多敌军，缴获了不少物资，首战告捷，极大地鼓舞了士气，也让更多的黄巾士卒看到了朝廷的诚意和曹操军队的厉害。
此后，曹操又接连与黄巾残部交战数次，每次作战，他都会根据不同的情况灵活调整战术。有时采用佯攻一处，实则突袭另一处的计策，打得黄巾残部晕头转向；有时又利用地形优势，设下埋伏，将追击的黄巾士卒一网打尽。而颍川士族源源不断送来的物资支持，也让曹操的军队无后顾之忧，得以持续作战。
在曹操这一系列的打击下，那些黄巾残部眼见大势已去，内部人心惶惶，纷纷开始商讨投降之事。一些头目带着手下士卒，主动来到曹操营中，请求投降。曹操看着眼前这些衣衫褴褛、面露疲惫与惶恐之色的黄巾士卒，心中不禁泛起一丝怜悯，同时也看到了他们身上潜在的力量，若能将他们收编，加以训练，日后必能成为一支可用之军。
于是，曹操召集众将商议此事，有的将领担忧道：“将军，这些黄巾士卒本就是乱民出身，野性难驯，若是收编，恐日后生变啊。”曹操却摆了摆手，目光深邃地说道：“诸位莫忧，这些人大多是穷苦百姓，不过是被黄巾裹挟，为求一口吃食罢了。如今若能给他们一条生路，加以严格训练，让他们为朝廷效力，他们定会感恩戴德，忠心不二。况且我等收编他们，既可解决他们的安置问题，避免再生事端，又能扩充我军兵力，此乃一举多得之事啊。”
众将听了，觉得曹操所言有理，便不再反对。曹操遂向朝廷上表，奏明此事，详细阐述了收编这些投降黄巾士卒的好处，请求将他们编为青州军，开垦军屯，一来可以解决这些人的生计问题，让他们通过开垦荒地，自给自足，为朝廷增加粮食产量，二来也能让他们在劳作之余接受军事训练，增强当地的军事防御力量，可谓是利国利民。
刘辩接到曹操的上表后，极为重视，立刻召集朝中大臣商议。大臣们各抒己见，有的觉得此举风险太大，担心这些收编的士卒难以管束；有的则认为这是个好办法，值得一试。经过一番激烈讨论，刘辩权衡利弊后，觉得此计甚妙，便准了曹操的奏请。
自此，青州军正式成立，曹操亲自负责训练这支新生的军队。他深知这些士卒大多毫无军纪可言，便从最基础的军纪开始抓起，制定了严格的军规，赏罚分明。