被誉为“平成年代的福尔摩斯”的工藤新一意外遇难被喂药变小，却在一个陌生的密闭空间醒来，并发现自己觉醒了部分对时空的驱动能力。在这神秘的空间内，他发现了一个跨国性犯罪的黑衣组织，势力太过庞大。且他们貌似比他还要优先发现对这个时空的秘密，在万般无奈的情况下，工藤新一迫不得已动用了自身的能力。创造了一个与现实世界共通的副本世界，拉已故的人员入局，共同调查黑衣组织。不过还好，被变成小孩子的倒霉蛋不止他一