王充还根据“子性类父”的自然常识指出，如果刘邦真的是龙的儿子，那么传说中的“龙能乘云”，刘邦也应当能乘云，然而事实上这是不可能的，因此这纯属“虚妄言也”。刘邦是汉朝统治者的祖先，正处于他们统治之下的王充敢于对他们祖先出身的神话作这样尖锐的批判，表现了唯物主义的战斗精神，具有重大的政治意义。
王充还运用广泛的自然科学知识和历史知识，充分揭露了所谓“天谴”、“善恶报应”的虚妄和欺骗性。天人感应论者说：“人君喜则温，怒则寒”，王充指出：“寒温，天地节气，非人所为。”
战国秦汉之际，诸侯攻伐，天下并未常寒，唐虞之时，天下太平，人君常喜，天下也并未常温。“寒温之至”是自然规律，“殆非政治所致”，与人君喜怒无关。他还尖锐指出，如果真的有恶善报应的话，那么“尧舜宜获千岁，桀纣宜殇子”，但事实并不如此，说天是没有意志的，既不能扬善，也不能惩恶。什么“天谴”、“天罚”都是虚妄和欺骗。
王充汲取和发扬了新论以烛火喻形神的观点，对精神与形体的关系进行了唯物主义的论证，批判了灵魂不灭，人死为鬼的迷信思想。他把形体和精神看成是由不同的气构成的，“阴气生为骨肉，阳气生为精神”，但是阳气本身并没有独立的精神感知作用，只有与形体结合而形成人，才有精神感知作用。他把精神存在于形体比作粟米在囊橐之中，离开形体，精神便随之散亡。形体决定精神，精神依附形体。人的形体五脏健康，精神就饱满形体五脏出了毛病，精神就会“荒忽”，如果形体死亡了，五脏腐朽，精神也就随之消失。
他提出：“天下无独燃之火，世间安得有无体独知之精”的著名命题，否定了认为形体死灭，精神仍独立存在的灵魂不死的观点。根据这一观点，王充坚持“人死不为鬼，无知，不能害人”的无鬼论。他说：“人之所以生者，精气也，死而精气灭”，“人死血脉竭。竭而精气灭，灭而形体朽，朽而成灰土，何用为鬼？”
他又说：“人未生在元气之中，既死，复归元气。”“人未生，无所知，其死，归无知之本，何能有知乎？”他认为人是由无意识的物质的元气生成的，死后复归为无意识的元气，既不能有知，更不会为鬼。所谓鬼只不过是人们在疾病或恐惧时，造成的主观幻觉而已。
王充的这种无神论观点是对弥漫一时的神学迷信的有力驳斥，在我国哲学史上具有重要意义。当然，他的无神论在论证上还存有一定缺陷，留待后来的无神论者，特别是南朝范缜时才解决。
王充批判了圣人生而知之的唯心主义先验论，指出了注重效验的唯物主义认识论。王充认为，人们认识的本源，首先是由人的感觉器官与外界事物接触。“如无闻见，则无所状”，耳闻目见是认识的根本条件，没有感觉经验，是不可能得到认识的。即使圣人也不能隔墙知道人的相貌、姓名、高矮。“离娄之明，不能察帷薄之内师旷之聪，不能闻百里之外”。他强调：“从农论田，则农胜，从商讲贾，贾人贤”。因为他们有实践经验。
王充还认为人们的认识不能停留在耳闻目见的经验水平上，还需要上升到理性认识，“不徒耳目，必开心意”。要在耳闻目见的基础上，用心思考，“揆端推类，原始见终”也就是要究其因果，分析比较，弄清其原由，预见其未来，从而得出正确的认识。
针对汉代流行的圣人“生而知之”，“前知千岁，后知万世”，“不学自知，不问自晓”的唯心主义先验论，王充提出“知物由学”的观点。
他说：“人才有高下，知物由学，学之乃知，不问不识。”他承认人的才智有高低差别，但无论才智高下，都必须经过后天学习才能获得知识。据此，他反对神化古人的做法，大胆地“问孔”、“刺孟”，对圣人的言论坚持分析、质问的态度。
他特别注重效验，反对“好信师而是古”，以圣人之言为是非的风气，主张“事莫明于有效，论奠定于有证”。这就是说，认识必须符合客观事实，必须通过实际效果来验证，不经验证的不足为信。他这种以实际效果来检验认识正确与否的观点，在认识史上是一大贡献。
在历史观方面，王充坚持进步发展的历史观，反对崇古非今的复古主义。他认为历史是进步的，不断发展的。他指出：古代人饮血茹毛，后世人则饮井食粟，古代人岩居穴处，后世人有宫室居住，所谓“上世质朴，下世文薄”的说法，实质上是推崇古代的落后状态，而菲薄后世的精神文明。因此，历史的发展是一个从落后到文明的进步过程，不是汉不如周，而是汉胜于周。看来，从达尔文的生物进化论推导出来的“世道必进，后胜于今”的观点，早在东汉就有了。
至于社会的治乱、王朝的更替就象春夏秋冬四季一样，是一个不以人的意志的转移的客观过程，不是人力所能左右的。王充看到了历史昌衰兴废的交替现象，并认识到治乱兴衰与人民经济生活有一定联系，指出：“夫饥寒并至，而能无为非者寡然则温饱并至，而能不为善者希”，他批判孔孟只讲仁义不讲利是虚假的。
王充反对复古主义，认识到历史是不断进步的客观过程，不以人的意志为转移，而且注意到历史的治乱与人民物质生活联系着，这对于崇古非今的历史倒退论和天人感应的神学目的论都是有力的驳斥，具有明显的进步意义。但是他用自然现象解释历史发展，陷入了命定论泥潭，他的“昌衰兴废”观也没有摆脱形而上学的历史循环论的圈子。
王充用元气自然的观点解释人事，提出了三等人性说和命定论思想。他认为人生之初所禀受的“元气”有厚薄多少之分，因此人性也就有喜恶贤愚不同。上等人生来就善，下等人生来就恶，中人则无善无恶，或是善恶混的人。王充认为人有天生不同之性，这是唯心主义的，但是他又承认并强调后天学习、环境对人性的影响，特别是对中人的作用。他认为“夫中人之性，在所习焉。习善而为善，习恶而为恶。”好比染丝，染之蓝则青，染之丹则赤，好比矿石锻炼为铁，能铸成龙泉、太阿等宝剑。人性虽恶，总比木石易化。王充肯定教育对改造人性作用，是有一定积极意义的。
王充认为人的贵贱贫富、生死寿夭等不同命运也是由元气厚薄决定的。他说：“人生性命当富贵者，初禀自然之气，养育长大，富贵之命效矣。”他否定天人感应的天命论，代之以“自然之气”决定论，认为“人禀气而生，含气而长，得贵则贵，得贱则贱。”不存在什么天意和鬼神的主使。但是这种“禀气受命”的命定论仍然是将人的富贵寿夭等现象说成是与生俱来的。这实际是背离了天道自然无为的主张，其结果仍然陷入了唯心主义。
王充看到了了“时”、“遇”、“幸”、“偶”等偶然因素，机遇对人的地位、升降、财产多寡的决定作用，指出同为贤人，伊尹遇成汤而为宰相，箕子遇商纣则为奴隶同为贤人，太公受封，而伯夷则饿死。这些都是不同机遇造成的。这种认识是客观的，但是王充根据命定论的观点认为这种偶然遭遇也是命中注定的。因此，他主张“信命者则幽居俟时。不须劳神苦形求索之也”，这实际上是要人们听天由命，坐等机遇，放弃主观努力。在这一点上命定论与天命论的作用是没有什么不同的。
王充的命定论毕竟不同于天命论。他否认富贵贫贱与道德品行的联系。他认为“才高行洁，不可保以必尊贵能薄操浊，不可保以必卑贱”。他看到有些卑鄙小人靠投机钻营而发迹，而很多正直的好人怀才不遇而处于贫贱地位，因此富贵者不一定是好人，贫贱者未必是坏人，他评击那些“富商之家，必夺贫室之财”，那些不学无术的官僚“一旦在位，鲜冠利剑，一岁典职，田宅并兼”。
王充的这些观点，揭露了封建统治的腐朽，具有反对豪强地主官僚贵族的政治意义。但是他根据命定论的解释，要人们听从命运安排，有其消极的一面。
王充是东汉时期最大的唯物主义无神论者，他对谶纬神学、天人感应及各种迷信思想的系统批判，他提出和论述的元气自然论和唯物主义思想体系，标志着中国古代朴素唯物主义发展到一个新的阶段，对后世唯物主义无神论哲学产生了重大的影响。
王充关于教育的作用和培养目标的主张，是以他的社会政治观和人性论作为基础的。他认为人性有善有恶，但是可以变化的，善可以变恶，恶亦可以变善，“久居单处，性必变易”。重要的是在于教育和环境，他说“在化不在性”，“在于教，不独在性”，“善则养育劝率，无令近恶，近恶则辅保禁防，令渐于善”。也就是说，只要得到适当的教育，天下无不可教之性，无不可教之人，关键的是“教导”、“锻炼”和“渐渍”。因此他非常重视教育和环境的作用，他说：“十五之子，其犹丝也。其有所渐，化为善恶，犹蓝丹之染练丝，使之为青赤也。……人之性，善可变为恶，恶可变为善，犹此类也。蓬生麻间，不扶自直白纱入缁，不练自黑。……夫人之性犹蓬纱也，在所渐染而善恶变矣。”他的这种思想，是对荀子的“蓬生麻中，不扶而直，白纱在涅，与之俱黑”思想的继承，强调教育的环境对人性善恶的影响作用。
王充强调教育环境的作用，不只是“反性治性”，还要求达到“尽材成德”，就是通过教育培养出“多闻博识”、“深知道术”的人。这种人“能知大圣之事”，又能“晓细民之情”。他批评当时文吏教育“无篇章之诵，不间仁义之语长大成吏，舞文巧法，徇私而已，勉赴权利”，看不起什么学问也没有的文吏，说他们“空胸无仁义之学，居位食禄，终无以效，所谓尸位素餐者也”。
王充将人才分为四种，“能说一经者为儒生博览古今者为通人采掇传书，以上奏记者为文人能精思著文，连结篇章者为鸿儒”。第一类是“鸿儒”，能著书立说第二类是文人，掌握知识者第三类是通人第四类是儒生。儒生做教师，却只能“旦夕讲授章句，滑习义理”，而不能应用，于社会是毫无用处的。王充认为理想的培养目标是“鸿儒”，因为“儒生过俗人，通人胜儒生，文人踰通人，鸿儒超文人”。看来，在王充看来，“鸿儒”才是封建社会的合格建设者和接班人。
王充提出这种培养目标，也是他对于当时教育不满的一种表现，他反对当时只守一经讲授章句的教育，因为这种教育只能培养出“章句之生”，于社会是无益的。王充提出的培养“深知道术”、“多闻博识”的能“知大圣”、“晓民性”的鸿儒，反映了其教育思想的进步性。
为了培养“尽材成德”的鸿儒等人才，王充非常重视知识的力量，他说“人有知学，则有力矣”，强调“如无闻见，则无所状”，“不目见口问，不能尽知”，可见，他认为知识来源于感官见闻，来源于经验。但是王充并不主张只凭耳目的感性认识，认为要获得真知，必须借助心意，“铨订于内”，“以心意议”，即要分析、研究、思考，这样才能获得真知。如果只凭耳目，人们常会得到虚假的知识。他说，“夫以耳目论，则以虚象为言，虚象效，则以实事为非是。故是非者，不徒耳目，必开心意”。王充认为：天地之间，含血之类，无性知者。他反对知识的先验主义，反对“生而知之”的观点，强调必须学习。他说：“不学自知，不问自晓，古今行事，未之有也，……故知能之士，不学不成，不问不知。……人才有高下，知物由学，学之乃知，不问不识。”王充强调的学习内容，主要仍是礼、乐，他认为“性情者，人之本也，礼乐所由生也，……性有卑谦辞让，故制礼以适其宜情有好、恶、喜、怒、哀、乐，故作乐以通其敬，礼所以制，乐所以作者，情与性也。”可见，王充将礼、乐作为陶冶性情的手段。
然而，他认为“礼乐”必须以基本的物质生活需要得到满足为前提，“让生于有余，争起于不足，谷足食多，礼义之心生，礼丰义重，平安之基立矣。……礼义之行，在谷足也”，“故礼义在身，身未必肥，而礼义去身，身未必瘠而化衰。以谓有益，礼义不如饮食”。也就是说，礼义与饮食相比，礼乐是次要的，在人们饮食解决不了的情况下，就根本谈不上礼和乐的教育，即使进行教育，也很难达到效果。
他认为学习必须专一，“称干将之利，刺则不能击，击则不能刺，非刃不利，不能一且二也。方圆画不俱成，左右视不并见，人材有两为，不能成一。”
在专一的基础上，还必须注重精益求精和切磋琢磨的精神，他说：“骨曰切，象曰磋，玉曰琢，石曰磨。切磋琢磨，乃成宝器，人之学问，知能成就，犹骨象玉石之切磋琢磨也。”
另外，王充也重视练习和实践。要“日是之，日为之”，才能“狎习”，即达到熟练的程度。要是学到的知识不能应用，虽博览群书，也只是“匿生书主人”，对社会是毫无用处的。
王充的学习论，强调“见问”、“开心意”、“有效”、“有证”，对后世影响很大。他的思想充满了战斗的精神，对“正宗”的神学化儒学思想作了批判。虽然他屈居乡曲，但他的批判精神及他在教育上贡献，在汉代教育史上留下了光辉的一页。
整个东汉二百年间，称得上思想家的，仅有三位：王充、王符、仲长统。王符公元85162年，字节信，著有潜夫论，对东汉前期各种社会病端进了抨击，其议论恺切明理，温柔敦厚仲长统公元180年220年，字公理，著有昌言，对东汉后期的社会百病进行了剖析，其见解危言峻发，振聋发聩。王充的论衡一书，则对当时社会的许多学术问题，特别是社会的颓风陋俗进行了针砭，许多观点鞭辟入里，石破天惊。论衡也可以说是我国古代的一部“百科全书”。就物理学来说，王充对运动、力、热、静电、磁、雷电、声等现象都有观察，书中记载了他的观点。他还解释了人与自然的关系。王充把人的发声，比喻为鱼引起水的波动把声的传播，比喻为水波的传播。他的看法与我们今天声学的结论是一致的：声是物体振动产生的，声要靠一定的物质来传播。欧洲人波义耳认识到空气是传播声音的媒介，是17世纪的事，比王充晚1600年。
范晔后汉书将三人立为合传，后世学者更誉之为汉世三杰。三家中，王充的年辈最长，著作最早，在许多观点上，王充对后二家的影响是十分明显的，王充是三家中最杰出，也最有影响的思想家。
后汉书王充传载，王充“以为俗儒守文，多失其真，乃闭门潜思，绝庆吊之礼，户牖墙壁各置刀笔。著论衡八十五篇，二十余万言，释物类同异，正时俗嫌疑。”三十年一部书，“不唯上、不唯书、只唯实”，奇哉！