继续旅行的小智一行人，在海上认识了开船的小美，并且收到小美的邀请来到船上朝下一个小岛前进。
“今天天气真好啊，大家都出来吧”上船后，小霞把神奇宝贝们放出来，大家都到水里去玩了，当然旱鸭子可达鸭还是只能在船上呆着。
不过好景不长，突然前方出现了大片黑云，而皮卡丘谨慎的看着那些黑云，两个脸颊也开始出现电火花。
“皮卡丘感觉到了吗”小智摸了摸皮卡丘，皮卡丘对着小智点了点头。
“不用担心一切都有我”小智抱起皮卡丘，而小霞也收回她的神奇宝贝。
海上开始出现风浪，船因此剧烈的摇晃，小霞也抱紧波克比，大家只能抱着栏杆，不知道船会飘往何处。不过小智心里大概知道是怎么回事了，洛奇亚的剧情要来临了。而同时，世界各地也出现了各种不同寻常的天气，也引起各类人士的关注。
等稳住船后，他们已经来到了目的地，小美在船的上方，看着远方说道“亚细亚岛橘子群岛海域的尽头”
“不知道洛奇亚知不知道项链的来历，毕竟海里突然出现那么巨大的快龙，它应该不会不知道的”听到小美的话，小智心里想到，手放在项链位置上。然后在水流的带领下，大家上了亚细亚岛。
“终于得救了，也许是我们运气好吧”从船上下来后，小霞稍微平复了心情的说。
“真的得救了吗”不过这时小建发现了他们远方出现了许多的带着奇怪面具的人，吓了一跳。
“这不是小美吗”这时其中一个人一边说着一边把面具摘了下来，是一个女人而且认识小美。
“是小优啊”而小美也认识那个女人，原来叫小优“从曼陀林分校分别后，算起来有五年没见了呢，不过那种打扮是什么啊”随后小美又问小优说。
“祭典啦，今天岛上会有祭典举行”小优回答说。
“小优，你还是当上祭典吹笛子的女巫吗”小美一听小优的话，就知道了还是以前的祭典，而且小优是充当吹笛子的女巫。
“我现在也不是小孩子了，祭典女巫由我妹妹担任了”不过小优则是说她不再是祭典女巫了。
“什么妹妹，谁是祭典女巫了，我当姐姐的妹妹真是不幸”然后看到远方出现了一个女孩子，不过穿着很现代，而且还带着一幅墨镜，和四周的人群看起来有超时代的画面。
“那是什么打扮，祭典用的衣服呢”而小优也看着妹妹的衣服不太认同，看来这姐妹俩有点分歧。
“我才不要穿那么老土的衣服呢，而且祭典是从傍晚才开始的”妹妹吐了吐舌头，然后回答说。
“真是没办法，小美这是我的妹妹芙萝拉，这样也能当巫女，时代真是变了”小优向大家解释了妹妹后，又吐槽了一下“这几位是”随后小优看到了小智三人，于是问道。
“他们是神奇宝贝训练家”小美介绍说。
“神奇宝贝训练家，太好了”听了小美的话，大家都激动的欢呼起来，弄的小霞几人一头雾水，而小智是知道原因的，看来又要拯救世界了。
“传说中随着世界毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒，指挥者也就是训练家，你就是那个训练家”而后从人群中走出来一位老爷爷，最后指着小智说他是那个训练家，也就是指挥者。
“你是神奇宝贝训练家”这时，芙萝拉也走了过来打量着小智。
“你好，我叫做小智”小智自我介绍说。
“哎呀，皮卡丘看起来很不错，不管了按照惯例亲一个，这是欢迎之吻”而芙萝拉听了小智的话后就要亲过来。
而小智看着马上要亲过来的芙萝拉，立刻就慌了起来，虽然瑟蕾娜不在这里，但小霞在这里啊，不知道她会不会吃醋的，不过还是被芙萝拉在脸上轻轻点一下。
“等等，这是什么惯例啊”小霞这时才反应过来了，迅速上前去，挡在小智面前，对芙萝拉说道。
“祭典开始了”老爷爷这时宣布祭典活动开始了，而小智他们也随着人群加入了祭典当中。
“这边的祭典真的不错啊”跟着祭典活动了一会儿后，小智坐在一旁大吃特吃，而在它一旁的神奇宝贝也加入战局，小智对它们说等一下会有很麻烦的战斗，现在它们都在养精蓄锐。
“是啊”小霞也慢慢融入庆典了。
“是那个女孩，我看出来了”突然传出一阵悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一位女孩，头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子，很是梦幻，而小建则是说道。
“真的很漂亮”小智赞美了一句，不过下一句却是“真的是同一个人吗”
“天地愤怒世界毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神的愤怒，小智如果你真是那个优秀的指挥者的话，就请给我们看证据吧，到附近三个岛拿到三个宝物，然后放到岛上的祭坛上，然后由我来向众神吹奏奉献之笛，这样就结束了”芙萝拉跳完舞后就走到小智他们面前并且对小智说。
“那宝物在哪里”小智故意问道。
“在各个岛的神社中”芙萝拉一边吃着一边回答说“而且到岛上有船，到神社还有楼梯，很简单的”芙萝拉又解释了一番，看来历年来的祭典都很简单，不过小智想说今年可是不一样的。
“那我们现在就出发吧”小智想到这件事情越早处理越好，于是现在就出发。
“不用着急，祭典要持续到明天，明天早上再去也来的及”而芙萝拉则是觉得事情很简单，不需急着去。
“还是现在去，早点结束比较好，今天的事今天完成。小霞你们就待在这里等我的好消息吧”而小智则是坚持自己的想法，收起神奇宝贝，带着皮卡丘就出去了。
“小智等等”小霞还没说完，小智便离开了他们的视线。
“船我来开吧，我送小智先去火之岛”小美这时也跑了出去，说要载小智过去。
可惜，船刚到一半，海上就起了风浪，这让小智有点进退两难。
而就在此同时，大木博士研究所“橘子群岛是小智他们现在旅行的地方？如果发生危险，小智一定又会独自去面对”听了新闻说是橘子群岛的海底洋流发生了变化后，小智妈妈担心的说。而后大木博士也接到了内木博士的电话，说橘子群岛的神奇宝贝们也发生了异动。
“终于到岸了”经过了一路的颠簸后，终于平安的抵达火之岛，不过把眼睛里的蚊香去掉就真的平安到达。
“船长在这里等我吧”小智说了一声后，然后带着皮卡丘就朝神社跑去。
“这个应该就是宝物了，时间紧迫，我还是快点离开好了”到神社的路上可以说比较安全，没有发生什么事情，而后就看到前面一个建筑物里有一个红色发光的珠子，小智看着它自言自语的说到。
当小智走上前去，把珠子拿了下来，而后就看到红色珠子里好像有一股火焰在燃烧，拿起来感觉很温暖，小智也没管那么多，收起来就要去下一个岛拿其他的宝物。
不过离开的时候又遇到拦路虎
“火箭队经典台词”
“火箭队，我今天很忙，没时间和你们耗”小智知道今天拖越久就会越麻烦，所以没有时间浪费在火箭队身上。
“你忙关我们什么事，把皮卡丘交出来就放你过去”武藏则还是想要抓皮丘。
“你们的对手是我们，小智你快去别的岛，这里我们帮你挡住”这时小霞他们跑了过来，挡在了火箭队面前。
“小霞你们怎么来了”小智问道。
小霞还没有解释，又出现意外了。
就在这时突然有大量的闪电袭来，闪电到处肆虐。
“那是”对于出现冒着闪电的黄色大鸟，小建非常的好奇。
“闪电鸟，电和飞行系的神奇宝贝，同样也是传说中的神奇宝贝”小智严肃的看着闪电鸟，他现在没有时间和闪电鸟打。而与此同时，闪电鸟也停在了神社上，身体四周发出大量的电流，而本来的火山口也被电流而改变了。
“怎么回事”小霞感到自己好像有点飘起来的感觉很是担忧。
“是电气场地，它在改变这里的场地属性”小智说到。
“原来如此啊喵”喵喵在旁边也随后说道。
皮卡丘放出电流和闪电鸟交流。
“这种攻击根本就无效”武藏看到后则是很不解。
“不是在攻击，是尝试交流啊喵，这是电系神奇宝贝的交流方式，它说这里明明是火焰鸟的岛，为什么要到这里来喵”喵喵翻译说。
皮卡丘看到没有反应于是加大了电流输出，终于使电流缠绕上了闪电鸟，闪电鸟开始变得不耐烦了，也随后给了回应。
“它说这个岛的主人已经不见了，既然不在了，就由我来支配这个岛喵”喵喵为大家翻译，闪电鸟也随后放出更多的电流，好像是要彻底的改变这个地方，来适应自己，不过突然所有的电流都开始向上传去，仿佛受到了什么吸引一般。
“那个是什么”而后就在大家的眼前出现了一个庞大的飞行物，小次郎吃惊的喊道。
两个方形金属物突然把小智一行人和火箭队圈了起来，而后另外两个金属物也把闪电鸟给关了起来，随后带着大家向飞行物飞去。
“是火焰鸟”进了飞行物后，小智就看到了旁边被关着的火焰鸟。
“原来火焰鸟被抓来了”芙萝拉听了小智的话后有点吃惊。
“你们是没收到邀请来到这里的人，觉得如何火之神火焰鸟、雷之神闪电鸟，我的新收藏品”这时从上方出来一个人，并对小智他们说道。
“等一下大叔，收服神奇宝贝为什么不放在神奇宝贝球里，这样不就是侮辱他们吗”小霞听了大叔的话很生气，对着大叔喊道。
“我不是神奇宝贝训练家，是收藏家，能用我的眼睛看到的东西，才是收藏品”大叔说完后，就把小智他们从关的地方放了出来。
“急冻鸟，开始行动了”这时大叔前面出现了一段影像，是急冻鸟“要出来了，冰之神”随后大叔就上去了，完全没管小智他们，看来认为小智他们翻不出什么大浪。
而此时，全世界的神奇宝贝们都开始向亚细亚岛前进，大木博士和小智的妈妈也乘上了前往橘子群岛的飞行船。
“这里好像写着什么”芙萝拉看着旁边的石板。
“火之神、雷之神和冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”芙萝拉为大家翻译石碑上的文字。
“怎么会这么严重”小霞惊呼到，这确实难以让人相信。