当然，他的工作不是替魏朝准备的，而是牵扯到朝廷的一项战略举措。通过推行以工代赈让当地的百姓得到实处，进而实施一条鞭法和改土归流，让广阔的驰道承载更多的文化交流，彻底改变西南落后的状况，真正实现中华民族大一统的局面。

历史上但凡中原王朝出现动乱更替，西南就会出现自立为王的情况。改土归流必然会引起土司的抵触和反抗，便利的交通条件将方便官军的调动。

至于为什么要选派朱夔元做四省总督，一者他历任户部、兵部尚书，是位难得的文武之才。二者他曾在万历三十五年以父母年高为由辞官归里侍奉双亲十载，大孝之人必是大忠之臣。三者他曾在四川任职三年，了解当地的风土人情和地理状况。

朱夔元大权在握，加上秦良玉、马祥麟、杨嗣昌、袁崇焕等贤臣良将的协助，对改土归流志在必得，一方面组织新军和辽东兵带领当地百姓铺路架桥、兴修水利、开垦荒地、划分耕田，另一方面根据小皇帝的要求调遣各地土司到京师整编。

这个计划是很周密的，不但是釜底抽薪，还能扬汤止沸，可是他低估了酋长们的仇恨。这个仇恨的种子早在朱元璋时期就发芽了，当时马皇后的侄子马晔任贵州都指挥使，执大汉族主义偏见，视奢香为“鬼方蛮女”，竟然将奢香夫人扣押在贵阳，叱壮士裸香衣而笞其背。

好在当时朱元璋用出色的政治手段化解了这场危机，但明帝国派出的官吏公然用彝族最忌讳的侮辱人格的手段裸笞他们的政治及精神领袖，无疑在各地土司心中烙下了耻辱的印记。

如今朝廷推行改土归流，新仇旧怨终于爆发了著名的奢安之乱。永宁土司奢崇明接到调令后佯装顺从，趁着朱夔元的军队都在各州县的机会，大军到达重庆后立即举兵反叛，杀死巡抚徐可求及其他官员二十余人，然后分兵攻占了合江、纳溪、遵义等重镇，建立大梁国，自称大梁王。

此时朱夔元正在贵阳部署改土归流的细节，听闻奢崇明反叛急忙调集各路人马准备镇压，但是为时已晚。奢崇明一路势如破竹，兵分四路直逼成都，沿途收编人马，到达成都时将近有七万部众。一时间成都城外杀生震天，漫山遍野都是贼兵贼将的营帐。

望江楼上蜀王朱至澍自斟自饮的喝着闷酒，无心观赏锦江两岸的景致，他埋怨小皇帝刚愎自用，非要搞什么改土归流，暗骂朱夔元是个笨蛋，竟然分兵驻守。

年初他就提醒过朱夔元，当地民风彪悍，永宁、水西又是联姻之亲，一定要派重兵提防。如今奢崇明已经兵临城下，朱夔元的大军还没有集结完毕，眼见就要城破人亡，太祖高皇帝的热血在他身体内膨胀，他决定散尽家财发动全场百姓守城。

蜀王这一枝是明朝有名的富贵王爷，当年朱椿善黄白之术，坐拥天府沿着锦江修建了筹边楼、望江楼、散花楼。此人还有蜀秀才之称，博综典籍，容止都雅，可谓风流倜傥。朱至澍虽然不及祖上辉煌，但仍富可敌国。

川人本就是忠勇之士，一听王爷亲自披挂上阵，纷纷拎着自制的砍刀、竹枪追随左右。他们虽然不及土司兵装备精良，但依托城墙倒也不落下风。双方你来我往，竟然纠缠了两个多月。

日落黄昏，阴雨绵绵，奢崇明下令鸣金收兵，准备来日再战。远处的山丘上，锦衣卫千户戚兴国侧立马上，指着下面的一处哨卡说道：

“秦总兵，那里便是贼将罗乾象的营帐，我已买通他的小妾，此时他们正在行苟且之事，戒备松弛。子时一刻你我举灯为号，一同冲杀进去活捉此人。”

秦良玉本在黎州安抚司和天全六番招讨司那里主持改土归流的工作，接到奢崇明叛乱的消息后迅速驰援成都，沿途也只收编了不到四千川兵，心里一直七上八下的。见到锦衣卫和虎贲健儿的那一刻，她更多的是震撼，难以想象小皇帝竟然料敌先机，早就布下天罗地网，真可谓神人也。

在戚兴国的指挥下，两军连夜突袭了罗乾象的大营。当时罗乾象正靠在美人玉臂上呼呼大睡，突然被一群人五花大绑的抬到帐内，到也不怎么慌乱，静静的打量着坐在上面的一男一女。闻听是川中巾帼女将秦良玉和威震关东的虎贲统领戚兴国，罗乾象当即跪地说道：

“末将早就听闻两位将军的大名，今日一见请受我一拜，能死在有万夫不当之勇的虎贲健儿手中，罪臣一点也不觉得冤屈。”

戚兴国早就摸清了他的底细，原来今夜在他帐内的那名女子叫小倩，二人本是青梅竹马，可惜可惜罗乾象家境过于贫寒终没能走到一起。小倩也是个烈女子，一怒之下便在峨眉山出家做了十年的尼姑。前些日子在戚兴国的帮助下打听到了罗乾象的消息，知道他至今未娶，便还俗下山寻找自己的爱人。

身为“红娘”的戚兴国知道他俩感情笃厚，不忍心拆散这对苦命的鸳鸯，厉声说道：

“罗乾象，本千户看你也是条汉子，念你对小倩一片痴情，决定网开一面。你若向官军投诚，戴罪立功，将来得个一官半职与爱人共度余生岂不美哉？”

小倩早已将来龙去脉讲给罗乾象，他心中感念戚兴国的成全之恩，当即表示向官军投诚，亲自带头烧了叛军数十座军营，贼兵立时大乱，奢崇明父子连夜仓惶出逃。

等到朱夔元率主力赶到成都时，听闻奢崇明已逃回永宁，其子奢寅留在重庆，当即下令秦良玉夺取二郎关，总兵杜文涣攻打佛图关，自己亲率大军围困重庆，准备活捉这些乱臣贼子就地正法。