自泥盆纪后，降临者开始将目光放到了陆上，3.5亿-2.9亿年前石炭纪正式登场。石炭纪早期陆地面积不断增加，陆生生物空前发展。当时气候温暖、湿润，沼泽遍布。大陆上出现了大规模的蕨类森林，给煤的形成创造了有利条件。大规模的森林释放出大量氧气，导致当时的氧气含量超过了45%。这一现象导致了陆上的个体都向着巨型化发展，体长三米的马陆，翅展两米的蜻蜓在蕨类森林中随处可见。

然而这时发生了一件让降临者始料未及的事情。自从泥盆纪开始，各种植物在陆地上繁育已经超过一亿年了，无数植物遗留下来的枝叶在地面上形成了超过30米厚的煤炭层。某天，地底的熔岩烧穿了地壳引燃了煤层，一场席卷全大陆的超级大火开始蔓延。这场浩劫足足持续了近40年，随后大火造成的有毒气体和烟尘扩散开来，遮住了阳光，未在火灾中死去的物种再次大批死亡。。。

距煤炭层燃烧过去了5万年，灭绝事件基本结束。在这场灾难中，两栖动物受到重创，而引螈奇迹般的存活了下来。节肢动物可就没那么好运了，巨马陆、巨脉蜻蜓、巨独角仙、巨蜚蠊等动物都灭绝了，巨型昆虫的时代结束了。在这场灾难中，受益最大的就是哺乳动物、鸟类、爬行动物的直系祖先——原蜥。它们的种群在这次灾难中发展壮大，在接下来的数百万年进化出许多不同的物种。海洋动物中，三叶虫受到了重创，并在下一次物种大灭绝事件中消亡。这就是造成46%物种灭绝的物种大灭绝——石炭纪燃煤事件。

古生代最后一个纪元是二叠纪，开始于2.9亿年前，结束于2.5亿年前。经过四千万年的发展，地球生物早已恢复了元气。降临者在石炭纪燃煤事件中看中了爬行动物的潜力，然而占据当时生物链顶级地位的霸主是哺乳动物的祖先，如丽齿兽丽，齿兽身长约3.5米，体重约300千克。丽齿兽第一种长出犬齿的动物，它的犬齿长达9厘米，锋利异常，且带有锯齿，奔跑时速达到100千米。而且它们的脑容量很大，成群活动。

为了给他们看好的爬行动物腾出生存空间，降临者在西伯利亚地区引爆了地壳。一个直径五十公里的直通地幔的巨大缺口出现在地球上，这个超级火山一直喷发了数万年之久。流动着的岩浆覆盖了整个欧亚板块，并煮沸了海洋。这一时间内空气的湿度一直保持在80%以上。而随着熔岩一起喷发出来的火山灰再次遮蔽了太阳，使地球陷入了40万年的漫漫长夜。

二叠纪末发生的有史以来最严重的大灭绝事件，估计地球上有96%的物种灭绝，其中95%的海洋生物和75%的陆地脊椎动物灭绝。三叶虫、海蝎以及重要珊瑚类群全部消失。陆栖的单弓类群动物和许多爬行类群也灭绝了。这次大灭绝使得占领海洋近3亿年的主要生物从此衰败并消失，让位于新生物种类，生态系统也获得了一次最彻底的更新，为恐龙类等爬行类动物的进化铺平了道路。