司马元显把自己的想法对桓修一一道明，桓修也是聪明人，心领神会，这是要瓦解荆州军阵营，各个击破。
两人经过一番密议，由司马元显执笔，上了一道奏章，里面高度赞扬了龙亢桓氏和弘农杨氏曾经为大晋立下了汗马功劳，赦免其反叛之罪。
召郗恢回京任五兵尚书，举荐杨佺期为雍州刺史，都督梁、雍、秦三州诸军事，桓玄为江州刺史，桓修为荆州刺史。
造反头子殷仲堪也可赦免，不过要调往岭南蛮荒之地的广州任刺史。
写完后，二人拿着奏章就去了太极殿的龙案上，看也不看那个傻子皇帝司马德宗，拿起玉玺就盖了个章，走完了合法程序。
然后两人再商量了一番，由谁去宣诏，桓修提议最合适的人选莫过于殷仲堪的叔父，太常殷茂。
司马元显急忙召来了殷茂，命他去荆州军中宣诏。
当天，殷茂坐着官船进了荆州水军的前军大寨。
前军大寨中的桓玄、杨佺期在战船甲板上设香案，跪听诏书。
因为他们名义上还是“清君侧”，并没有公开造反朝廷。
两人本以为这是司马道子父子俩借助傻子皇帝的嘴来申饬他们造反，然后限多少时日，勒令退兵的诏书。
当听着殷茂抑扬顿挫地宣读完诏书，两人跪在地上久久回不过神来，简直不敢相信自己的耳朵。
皇帝陛下不但赦免了自己的造反罪责，还封了梦寐以求的刺史官职。
在殷茂的再三提醒下，二人如梦方醒，连连叩首谢恩，当即表态请皇帝陛下放心，我们这就退兵，前去各自州上任去。
于是殷茂又到荆州水军的后军营寨给侄子殷仲堪颁诏。
殷仲堪一听，把自己调往广州，不禁勃然大怒。
当场撕毁了诏书，破口大骂司马道子父子俩，骂完之后再大骂桓玄和杨佺期，最后把他的叔父殷茂赶了出去，派人前往前军营寨，责令桓玄、杨佺期三日内必须拿下建康！
但此时的桓玄、杨佺期心态已经完全和以前不一样了。
一个是从平民老百姓（桓玄此时就像当年在鸡笼山为父守孝的陈望，只有个广陵公爵位），一个是从小郡太守，直升一州刺史，朝廷给他们的官职来了个质的飞跃。
现在我们还听你殷仲堪的去打朝廷，况且其他两路已经败亡，我们脑子还没病到那种程度。
于是两人开始犹豫了起来，接到殷仲堪的命令后，谁也没挪窝。
殷仲堪在后军营寨中看见前军一直没动地方，彻底发飙了。
心道，你们俩也要学刘牢之反水是吧，好！我遂了你们心愿！
于是下令后军五万水师拔锚开船，返回江陵，同时命人传信给桓玄和杨佺期以及所有前军将领，等我一回到江陵，先杀了你们俩的全家老小！
多年在兖州任督邮，掌管司法、刑名、审讯的殷仲堪心肠又毒又硬，这些大家伙儿都多有领教。
他们所有人的家属都在江陵，决不能因为朝廷一个虚头巴脑的职位而葬送了自己全家。
于是桓玄、杨佺期急忙下令起锚开船，跟着殷仲堪后军舰队的背影就狂追了起来。
经过几天几夜的追赶，终于在浔阳郡（今江西九江市附近）追上了殷仲堪，二人这才松了一口气，心道好险啊，差点全家被灭了门。
于是二人一起来到中军大帐向殷仲堪请罪，表示自己并非不想进军，只是想看看司马道子父子俩还有其他什么花招，并发誓今后要紧紧团结在以殷仲堪为领导核心的周围。
殷仲堪一见，也就顺坡下驴，表示只是试探一下二人的诚心，并非真要杀其全家。
三人言归于好。
表面上来看，三人联盟又牢不可破了，但局势却变得越发微妙了起来。
司马元显虽然没有达到预期目的，但他的离间计还是有了较大的成效，荆州三人联盟已经不再互相信任，产生了不可弥补的裂痕。
当然他们也不会完全相信朝廷，各自有了各自的小算盘。
桓玄勇略过人，能打仗，但手里没兵。
杨佺期有野心，更有万夫不当之勇，但在荆州没有威望，也没有兵。
殷仲堪手里有兵，但不会打仗，如果战事一起还得需要他俩，又不敢轻易把兵权放出去。
于是殷仲堪想出一个办法来，那就是他稍稍退一步，提议三个人互相交换儿子做人质。
桓玄和杨佺期也不敢不答应，毕竟自己的家人都捏在殷仲堪手里。
九月二十三日，他们决定一致拒绝接受朝廷的任命和指挥，并且联名向朝廷上了一道奏章，为王恭申辩说理，要求为他平反，恢复名声，装殓棺椁，送葬于鸡笼山陵园。
再请求朝廷诛杀刘牢之以及谯王司马尚之，以告慰王恭等英烈在天之灵。
最后质问朝廷，殷仲堪没有罪过，为什么独独被降职贬黜到岭南的广州。
奏章到了司马道子、司马元显父子手里，两人非常惧怕，他们俩以为荆州三人联盟没有被瓦解，急召众文武大臣来到太极殿上商讨。
最终在大家的商议下，决定罢免了桓修的官职，把荆州又还给殷仲堪管辖，并对他特别下诏，好言相慰，希望以此求得和解。
殷仲堪等人这才接受诏书。
由庾楷主导的王恭、殷仲堪这场“清君侧”事件经历了一个多月，告一段落。
司马元显大获全胜，不但摆平了庾楷和王恭，还给荆州三角联盟埋下了一颗随时会爆炸的雷。
身为高门士族出身，擅长清谈，少年时在建康的殷仲堪就曾说过一句话，“三日不读《道德经》舌根僵硬”，而闻名于世。
但是他除了不擅长统兵作战之外，在政治上也缺乏手腕和远见。
十月初，殷仲堪、桓玄、杨佺期三人在浔阳郡正式缔结盟约，登坛歃血。
殷仲堪感觉在荆州，桓玄声望最高，自他爹桓温一直到桓豁、桓冲、桓石民，龙亢桓氏盘踞荆州四十余载，盘根错节，群众基础雄厚。
决定推举桓玄为盟主。