孔有德兵变的情况让山东各地陷入了极大的恐慌，然而山东各地的明军严重缺乏训练和粮饷，战斗经验更是几乎没有，结果面对孔有德叛军毫无还手之力，在这种情况下他们只能指望登莱巡抚孙元化招抚叛军，而孔有德则顺势声称要去登州受抚，这就让孙元化放松了戒备。结果孔有德在约束军纪后畅通无阻的抵达了登州城下，之后他趁守军不备的时候发动突袭，发现情况不妙的孙元化赶紧派出军队应战，结果仓促集结的守军不是孔有德麾下登莱精锐的对手，很快就被孔有德的兵马杀的大败而归，孙元化见状赶紧收缩兵力准备守城，同时他开始向山东各地和辽南各岛的明朝驻军请求支援。

然而在关键时刻耿仲明出手了，孔有德身为东江宿将在登莱军中威望高，而且由于朝廷多年的轻视导致这些东江军官早就怨声载道，事已至此耿仲明果断出手打开了登州城门，孔有德立刻率领叛军进入登州，很快登州就被孔有德占领，孙元化和其他登州官员全部被孔有德俘虏。而穆里尼奥则在破城后第一时间进入城中，他去劝说那些葡萄牙教官加入叛军，最开始葡萄牙教官还不愿意，但是在穆里尼奥抛出了叛军提出的优厚条件，以及孔有德原意接收洗礼皈依天主教后，这些葡萄牙教官纷纷投降，穆里尼奥不费一枪一弹就收编了孙元化重金培养的西式炮兵部队，孔有德得到消息后让穆里尼奥统领登州的炮兵部队，毕竟孔有德一介武夫喜欢讲究义气，心里没什么花花肠子想要吞并所有部队唯我独尊，而这虽然可能在日后埋下隐患，但是现在他的这种豪爽性格可以团结那些东江军同僚。

孔有德占领登州后顿时声势大振，孙元化苦心集结的东江旧部和重金购买的西式火炮全部被孔有德接收，在李九成，耿仲明和穆里尼奥等人的拥戴下孔有德自称都元帅，孔有德等人还希望让孙元化担任他们的领袖，但是却被孙元化严词拒绝，孔有德顾及昔日情分也没有为难孙元化。除此之外在穆里尼奥的软磨硬泡下，孔有德终于答应皈依天主教，反正他这个不识字的老矿工对宗教毫无概念，而那些信仰天主教的欧洲教官跟他关系好，就这样穆里尼奥找来了被俘虏的传教士让他给孔有德受洗，一同皈依天主教的还有十几个军官，之后穆里尼奥立刻表示孔有德是要在远东传播天主的福音，要建立东方的天主教王国，然后以此为理由开始向罗马教廷和太平洋上的各个欧洲据点请求支援。

结果很快就来了将近两百欧洲佣兵，其中包括仰慕穆里尼奥本人的士兵，毕竟穆里尼奥在葡萄牙军队和远东混迹多年还是很有人脉的，当然这些佣兵其实不是冲着保卫天主教来的，他们大多其实是想趁机进入大明抢夺财富的探险家，要知道大明长期处于闭关锁国探险家很难进来，这些欧洲佣兵虽然目前人少，但都是久经沙场的亡命徒，而且精通各种武器，除此之外还有骑兵加入，孔有德对他们的战斗力非常满意。于是孔有德让穆里尼奥也统领欧洲佣兵，孔有德则拉来了大量库存的火绳枪给他的士兵装备，欧洲佣兵基本上都自带武器，所以孔有德主要给他麾下的上千炮兵和临时召集的山东民兵装备火绳枪，并且他还让欧洲佣兵负责训练民兵使用火绳枪和长矛进行作战，叛军通过掠夺各地的粮仓暂时不缺军饷，穆里尼奥本人思维传统而且做事稳重，他开始大力训练士兵列阵和防守。

此前南渡辽人和山东本地人有非常多的冲突，孔有德掌权后想要趁机对本地人展开报复，但是穆里尼奥对此却表示坚决反对，他建议孔有德善待本地百姓，因为这些百姓将来都要为孔有德生产粮食提供兵员，需要对他们恩威并施，与其这样不如针对那些煽动百姓的本地大族和官吏。孔有德经过思考后认为，本地百姓基本上已经穷困潦倒，根本就没有什么油水了，自己想要钱粮不如干掉那些大人物，于是很快孔有德带着叛军拿下了十几个大族和地主，叛军把这些人的钱财粮食一扫而空，还把他们的土地分给本地的百百姓，这些士兵基本上全是孑然一身不需要土地，但是这些土地对于当地百姓来说可是活命的机会，一时间叛军在登州的威望更加高涨，就这样孔有德算是在登州扎下脚跟。