李定国率领各路农民军疯狂的去围攻馆陶城，城内的天主教民兵和近卫军残余展开了拼死抵抗，但是面对人数过多的农民军和李定国的精锐部队，馆陶城很快就被他们打得是摇摇欲坠，“苍天啊，难道我孔有德就要命丧于此了吗！”，鲁王孔有德望着城墙下如同潮水般的农民军感到了万籁俱灰，他不甘心自己就要死在农民军受伤，此时的他已经做好城破后自焚的准备。

然而关键时刻鲁伊上校率领三千葡萄牙军队赶到馆陶城，他之前就打算率领葡萄牙军队跟孔有德直辖的近卫军会和，他在得知孔有德遇袭立刻率部前去增援，一路上之前被打散的近卫军骑兵也纷纷前来加入他的军队，很快鲁伊上校就集结了五六千精锐部队，鲁伊上校于是率领军队连夜发动奇袭，并且在研究了农民军的情况后，他专门盯着追随李定国的普通农民军暴打，结果很快这些滥竽充数的乌合之众就被打崩，然后他们还直接冲散了李定国率领的精锐部队。

李定国看到这种情况顿时悲愤交加，这些队友作战只会抢人头不说，关键时刻成天搁这掉链子，要知道明明夜袭的鲁军和葡萄牙军队人数并不多，但是这些只会抱大腿的农民军别部直接自乱阵脚，而孔有德则趁机集结城内部队主动出击，结果农民军很快就直接陷入了混乱，李定国见状也就意识到这个计划已经功亏一篑，于是他只能无奈的下令撤军保存实力。

这一战之后李定国对这些农民军队友的发挥感到非常的失望，而这些农民军各部则认为李定国只是想让他们消耗实力为自己牟利，这导致他们之后也没有组织大规模联合行动的想法了，而在此之后农民军各部只能像没头苍蝇那样到处乱窜，他们继续跟各地的鲁国民兵展开小规模战斗，农民军各部也曾尝试在徐州府和兖州府发动进攻，但是都被耿仲明和王子登的鲁军主力挡住。

而孔有德被解救出来后鲁伊上校反复告诉他此次死里逃生的上帝的旨意，上帝要他肩负起在东方大陆传播福音并且打击异教徒的使命，之前孔有德其实并不太相信天主教，他此前皈依天主教主要也是看重葡萄牙对他的援助，但是自从皈依天主教后他所向披靡开疆封国，这次他又成功的死里逃生，在这种情况下他开始相信上帝的旨意。

于是孔有德开始大力的推广天主教信仰，而欧洲传教士和山东天主教教会也把他塑造成了圣人，他们号召鲁国全体民众皈依天主教并且在孔有德的带领下战斗，换之前这种情况基本上肯定会被当地文人乡绅们嗤之以鼻，但是农民军的入侵让他们必须要全力支持孔有德，加上农民军四处攻击教堂，孔有德以此为理由宣布对农民军展开圣战，以此号召天主教教徒组建山东十字军西征河南的异教徒。