在农民军被关宁军和鲁军联手赶出直隶和山东的同时，关宁军和满清的战事也迅速进入了尾声，此时明军镇压和清军在各条战线都陷入了僵局，在辽南新葡萄牙总督穆里尼奥中将和鲁军总兵尚可喜指挥的葡鲁联军在盖州跟多铎统帅的清军展开了拉锯战，虽然多铎统帅的清军里有大量战斗力很强的满清汉军和八旗军骑兵，但是葡鲁联军凭借着火力优势和舰队通过防守打得清军寸步难行。

与此同时穆里尼奥还出动龙骑兵大肆骚扰辽南，虽然这些殖民军龙骑兵在正面打不过八旗骑兵，但是这些葡萄牙骑兵成功的焚毁了大量农田，这就让已经在辽南成家立业的汉军人心惶惶，多铎因此再也无力主动发动进攻，而且穆里尼奥的行动直接导致满清损失大量的粮食和人口，要知道满清境内的粮田主要就集中在辽南，因此这就意味着穆里尼奥几乎瘫痪了满清的农业，继续再这么打下去满清将会面临断粮的风险。

在这种情况下满清内部也开始有了议和停战的想法和声音，但是这种极其动摇皇太极权威的思想自然会受到皇太极的严厉打压，皇太极还在希望围攻锦州的济尔哈郎，多尔衮和阿济格等八旗军主力能尽快取得突破，皇太极还下令投入了火炮部队参与进攻，而锦州防线在关宁军兵变后受到了重视，毕竟坐镇于此的祖大寿就是关宁军的领袖，所以关宁军此后开始大力修缮关宁防线，他们除此之外还部署了很多炮台和西式的棱堡去环绕四周，所以祖大寿就凭借着要塞多次挡住清军的猛烈进攻。

很快山海关总兵祖大弼统帅保安总兵张韬和天津总兵王洪抵达锦州来支援祖大寿，这下祖大寿就拥有了更多的机动兵力来跟清军作战，于是他很快就集结明军对清军展开反扑，此外水师提督周文郁也统帅引进了盖伦帆船的新式舰队提供火力支援，结果就这样明军多次出击成功挫败了清军的进攻，于是很快清军在锦州战线也陷入僵局之中，而且由于葡萄牙军队不断侵扰辽南，这让清军的补给无法支撑他们跟明军打消耗战。

至于此前撤回塞外的阿济格的远征军，由于辽南战局的情况不断的恶化，皇太极也无法继续去让阿济格率部在塞外维持战线，于是他不得不下令把阿济格的远征军撤了回来，而明军这边虽然也有心出兵趁机北伐塞外蒙古各部，但是由于农民军入侵直隶导致他们的计划取消，但是神机营提督陆澄和其他关宁军将领还是对北伐蒙古念念不忘，在他们的劝说下主事的兵部尚书吴襄开始组织大量夜不收进入蒙古去跟察哈尔，乌梁海，朵颜卫等部进行秘密联络，关宁军本来就跟这些蒙古部族交情不错，他们见现在关宁军势力蒸蒸日上就也有归附的想法，所以很快他们的关系就越来越紧密。

不过旷日持久的消耗战对明军和葡萄牙人也没有好处，明军在直隶的农田也遭到了农民军袭扰，而且这让关宁军意识到跟清军和农民军两线作战非常困难，虽然吴襄意图利用战争去扩大自己威望，但是关宁军将领久经沙场非常清楚利害得失，他们很清楚继续这么打下去，自己这边虽然防守可以，不过以他们的实力也无法进军辽东。