而葡萄牙人则认为跟满清作战实在捞不到什么好处，所以他们就派出传教士前往盛京进行斡旋，葡萄牙知道大明和满清之间的深仇大恨，所以他们希望能够成为大明和满清的中间人，毕竟这样他们就能同时增加大明和满清的关系，这对于葡萄牙人开拓贸易市场非常重要，穆里尼奥认为在他们取得战争胜利的情况下完全可以提出这个要求。

此时皇太极也意识到自己继续打下去已经没有好处了，所以对于葡萄牙方面的求和他就坡下驴，他对葡萄牙传教士表示善意并且表示愿意和谈，葡萄牙传教士立刻明白皇太极的意思，于是他们回去后立刻告知穆里尼奥说和谈有望，而穆里尼奥也立刻联系上祖大寿表示可以进行和谈，关宁军其实对跟满清和谈本身也并不抵触，毕竟死要面子活受罪的也只有崇祯罢了。

而祖大寿的关宁军政权见满清方面态度软化就派人沟通，就这样最终三方在经过众多拉扯后最终在盖州达成了和平协议，大明和满清双方约定继续以锦州宁远为边境线，同时在关宁军的要求之下，皇太极答应满清不在渤海去设置海军，但是作为回报大明要给满清提供大量的粮草，此外在葡萄牙的斡旋下他们宣布在宁远和锦州进行长期停战。

穆里尼奥则答应葡萄牙归还满清他们所占领的辽南领土，但是作为回报葡萄牙可以派传教士前往满清传播天主教，同时满清还要对葡萄牙方面开放贸易，并且葡萄牙还从满清获得旅顺作为租借地，而祖大寿为了感谢葡萄牙的帮助给了葡萄牙治外法权和天津塘沽作为租借，就这样葡萄牙获得了很大的贸易利益并且拓展了他们的贸易路线。

除此之外鲁国公孔有德也在战后获得了很多利益，关宁军给他提供了很多钱粮和物资进行奖赏，而更重要的是这次尚可喜率领鲁军跟随穆里尼奥屡破清军，这个战绩极大的鼓舞了鲁军上下的士气，毕竟此前他们出身东江军跟清军作战很少能讨到便宜，而在此之后鲁军则把目光放到中原，孔有德想之后打着讨伐农民军的旗号向中原扩张，为此他开始跟孙可望等农民军别部联系。

至此大明和满清的战争算是告一段落，祖大寿和吴襄声称关宁军取得巨大的胜利，当然他这么说也没有任何人敢于质疑，毕竟事实就是关宁军击退了清军的入侵，为此关宁军的威望算是达到顶点，祖大寿也算是以此堵住了朝廷内部对他的质疑，从此朝廷内部基本上再也没有推翻关宁军的可能性，而在经历了直隶遇袭的情况后，关宁军意识到他们必须确保河南的稳定。