就在曹变蛟和贺人龙两路明军在漠南和安多全线告捷的时候，西域提督刘钰也率军进入了南疆，此前他和甘肃提督马科联手打通了河西走廊直抵肃州，河西走廊虽然之前由于战乱脱离了明朝控制，但是当地的势力大多是明朝散兵游勇和本地羁縻土司，这些官员出身的本地势力并不抗拒归顺明军，这些势力只要能够获得官职他们甚至就乐于重归大明。

因此刘钰和马科基本上很快就兵不血刃的收复了甘肃西部各地，可以说洪承畴平定河西走廊其实根本不需要两个提督的大军压境，关键在于河西走廊的地理位置对于明军非常重要，南边就是安多，北边就是蒙古，而西边就是南疆，因此在洪承畴眼里河西走廊会是明军西征的基地，因此他任命老成持重的马科为甘肃提督，而马科的主要任务是迅速稳定甘肃局势，然后去策应其他几路明军的行动。

经验丰富的马科很快就不负众望的稳定了甘肃局势，虽然明军在甘肃大力推行儒教和吐蕃佛教，他们有意的针对回教，但是此时甘肃的回教化并不算大，而且上层的蒙古贵族大多信都仰吐蕃佛教，因此他们很快就纷纷向成为护教法王的洪承畴宣誓效忠，然后很快大量的汉人移民就纷纷进入甘肃，洪承畴计划在这些新占领区分散人口压力，而这就让明军在甘肃的情况变得更加的稳定。

然而奉命进军西域刘钰的情况可就没这么乐观了，南疆这边的回教发展数百年已经是根深蒂固，而且这些当地的回教徒大多都是从事农业的定居居民，因此他们的组织能力比游牧部族要强非常多，这就让刘钰很难在当地大规模推广吐蕃佛教以及儒教，而且回教的宗教高层还把宣传儒教和吐蕃佛教的明军视为异教徒而多次煽动信徒去对抗。

而目前南疆的统治者是由信奉回教的察合台王子建立的叶尔羌汗国，叶尔羌汗国的整体情况也和早就是昨日黄花的察合台汗国差不多，他们两个都是在采用蒙古体制的回教国家，而此时叶尔羌汗国已经国力衰微实力下滑，事到如今叶尔羌汗国基本上已经沦为准噶尔部的傀儡了，这也是刘钰之所以敢过来远征西域的原因。

在这种情况下刘钰很快就率领他麾下的明军对叶尔羌汗国发动了进攻，明军首先就把目标放在了位于叶尔羌汗国东部的古城哈密，哈密这里不但水草丰美物产丰富，而且是叶尔羌汗国的东部重镇，刘钰麾下的总兵李成栋，杨承祖，刘文秀全员上阵，他们这些明军的边缘人都想着在西域建功立业，结果很快哈密就被士气高昂的明军给轻松的拿下了。

李成栋等部进入哈密后就开始大肆推倒清真寺，然后他们表示自己将要以护教法王的名义在南疆大力的去推广吐蕃佛教，结果当地信仰黑山派和白山派的回教徒全都不干，他们纷纷开始反抗明军，结果很快他们就遭到了明军的血腥镇压，毕竟这些收编的农民军降兵已经在中原横行霸道了十几年，他们的凶残程度已经远超这些中亚人的想象了，结果很快明军就用大刀和火绳枪粉碎了当地的反抗。