西域提督刘钰在残酷镇压了哈密的反抗之后，他就又派总兵刘文秀攻打敦煌，当地的叶尔羌守军听说明军非常残酷就直接溜号，而当地的回教徒在听说明军的残暴后就也跑光了，不过敦煌里有常年居住的汉人居民以及蒙古贵族，他们全部都非常支持明军前来，因此刘文秀兵不血刃的拿下了敦煌，至此刘钰基本上占领了叶尔羌汗国的东部。

接下来刘钰集结麾下总兵李成栋，杨承祖和刘文秀等部向西去进攻吐鲁番，刘钰认为夺下吐鲁番这个南疆大城就能决定整个战争胜负，而此时明军的暴行已经向西传遍了中亚，各地的回教阿訇以及和卓全都纷纷号召民众前去抵抗明军，在这种情况下信奉回教的畏兀尔人纷纷加入叶尔羌汗国军队，他们表示要为了自己的信仰跟东方来的异教徒决一死战。

在这种情况下叶尔羌汗国的阿卜杜拉汗认为自己完全能拼，他认为目前的士气对自己非常有利，于是他以圣战的名义展开全面动员，结果很快大量回教徒涌入叶尔羌军营，这让他的军队人数很快就迅速的膨胀了好几倍，在这种情况下阿卜杜拉汗决定要率领军队主动出击，他在吐鲁番集结了自己的主力部队准备去作战，打算在此迎战前来进攻的明军部队。

很快明军总兵李成栋就率领军队向吐鲁番杀了过来，阿卜杜拉汗见状立刻集结全部军队去出击，他深知首战必须要全力取胜，这样才能去稳住自己这边的士气，叶尔羌军队是李成栋部明军的十倍，而且他们在圣战的感召下非常狂热，于是很快叶尔羌主力就打得李成栋节节败退，阿卜杜拉汗很清楚自己的主力军全靠人数和士气，所以他命令军队持续进攻明军，结果很快李成栋就被追着打。

就这样阿卜杜拉汗率领叶尔羌军队连续追击了十几公里，结果就在此时突然就传来了隆隆炮声，原来是刘钰亲自率领明军前来接应李成栋，李成栋见状立刻率领麾下明军掉头再战，阿卜杜拉汗见状顿时开始冷汗直冒，他知道这明显意味着明军对此还有后手，很明显明军并没有直接被他给打崩溃，那么接下来他的这支徒有其表的大军就不好打了。

然而很快明军总兵杨承祖和刘文秀就各自率部从两翼杀了过来，而此时叶尔羌军队连续追击已经体力下降阵型散乱，结果很快他们就被有备而来的明军冲散了，在这种情况下圣战的鸡血也不灵了，这些缺乏战斗素质的军队瞬间就陷入了混乱，大量被煽动投入战斗的平民开始四处逃窜，阿卜杜拉汗命令身边的卫兵维持秩序也完全没有了效果。

而刘钰和李成栋又趁机率领明军在正面发动了进攻，常年跟农民军作战的明军对此非常的了解，在这种情况下叶尔羌军队几乎在瞬间就彻底崩盘，意识到大事不妙的阿卜杜拉汗立刻带兵先逃跑了，而那些被忽悠上战场的畏兀儿回教徒则沦为待宰羔羊，这些没有经验的平民甚至连逃跑都搞不明白，他们只能等着被三面包抄的明军屠戮殆尽。