元子攸只能眼睁睁看着亲属和重臣惨死的样子又急又气，但无能为力的他也只能不断恳求尔朱荣停手，但尔朱荣哪里肯听？于是北魏最后的精锐也在此次事件中消灭殆尽，史称“河阴之变”。
之后高欢劝尔朱荣早日称帝，遭到贺拔岳的强烈反对，认为他们已经触犯众怒，此举只会召来天下更多的唾骂和讨伐。尔朱荣也逐渐醒悟，反应过来自己犯下弥天大错。贺拔岳认为是高欢在暗中怂恿的屠杀，建议杀掉他来给天下人一个交代，尔朱荣没有同意。
此时洛阳城中的百官大多被尔朱荣所杀，宫中没有护卫，各部也空无一人，以至想要举办朝会都做不到。百姓人心惶惶，都害怕尔朱荣还会继续杀人，很多富户都逃走了，就连尔朱荣手下的士兵也因杀孽太重而不敢进城。尔朱荣只得下诏罪己，表示宁愿粉身碎骨也想弥补过错，并下令追封那些被杀之人，这才安定了人心，躲藏起来的朝臣们也逐渐开始露面。
不久，尔朱荣入宫拜见元子攸，一时欢喜喝得烂醉。元子攸本想趁机将他诛杀，遭到左右苦劝方才作罢，就用床把他抬到了别处过夜。尔朱荣醒来后也是一惊，恼怒于自己的松懈，此后不再于夜间前往宫中。
尔朱荣继承了胡人举止轻佻、放荡不羁的特点，尤爱骑马射箭，每次入宫都会给大家表演骑马的绝活，还喜欢强迫元子攸和自己比赛射箭，每当看到元子攸射中时，尔朱荣都会自顾自地又是呐喊又是起舞，还命令宫中妃嫔也得跟着自己一起跳。等到喝了酒，又会邀请左右和自己一起牵着手、踏着地，来吟唱胡人的歌谣——这是他浪漫随性的一面。然而性情也是极度暴戾，喜怒无常，动辄对左右喊打喊杀，甚至为了取乐强行命令两个和尚相互撞击，直到一方死亡才善罢甘休，所以在身边侍奉他的人往往也做好了随时丧命的准备。尔朱荣还喜欢外出打猎，不分寒暑，还下令左右见到猛兽都不得躲避，致使每次都有人死于非命。
北魏历经动乱之后，国库空虚，于是元子攸下诏：“凡能捐献粮谷八千石的封侯，五百石的授予做官的资格。”可见在乱世政治体系崩溃的情况下，当官不是一件难事。
叛军主将葛荣趁着朝廷内乱之机，集结了上百万乱民，在黄河以北横行霸道。尔朱荣仅带领七千骑兵前去讨伐，以侯景为先锋。他将军队埋伏于山谷，每处大约安排上百骑兵，命令他们故意扬起灰尘好让敌人无法知道己方人数多少。又考虑到近战，刀剑不如棍棒，便让将士们全都携带短棒，并要求他们不要急于斩首，只需尽快挫伤敌人即可。之后尔朱荣亲自冲锋，绕到敌人背后，与部署好的骑兵里外夹击，最终大败了这百万叛军，成功擒获了葛荣。尔朱荣从葛荣的队伍中挑选了一些有才能的人才为自己所用，这其中就包括了日后“北周”的开国皇帝宇文泰。尔朱荣非常欣赏他的才华，将他任命为统军。
北魏太守羊侃素来骁勇善战，一直忠心耿耿地协助朝廷平叛，但由于他的祖父曾经跟随宋高祖刘裕，所以经常怀有南归之心。等到尔朱荣把持朝政，屠杀朝臣，羊侃便派遣使者向梁朝请降。他知道很多将士不愿离开故土，便任由他们自己选择，最终丧失了大量的部队，但仍坚定地返回了南梁。
之前，有很多北魏的元氏宗亲也因为国乱而逃往南方，萧衍对每个人都礼遇有加。等到元子攸帝位稳固，这些人又借口想念亲族，恳求返回北方。萧衍虽然爱惜他们的才华，心中不舍，但往往仍会答应他们的请求，还会派人护送，真是一个大大的好人！而这其中就包括了护送北海王元颢的陈庆之，然而萧衍绝不会想到，这么一个普通的护卫工作，陈庆之却差点灭了北魏。
之后陈庆之仅用手中的七千兵马四十七战四十七胜，接连攻克魏国三十二座城池，所向无敌地一直打到了洛阳附近。尔朱荣赶忙派遣自己的心腹率领七万人前去抵挡，陈庆之眼见敌军人多势众，便向将士们打气道：“我们深入敌境没少攻城略地，杀死恪很多魏国人的父兄，早已与他们结下血海深仇。如今敌军十倍于我，只有抱着必死的决心才有可能活下来！敌军骑兵众多，不可与之野战，必须尽快攻下城池据守。大家还请不要犹豫，否则就会自取灭亡！”于是击鼓进兵大败魏军，兵不血刃地攻陷了荥阳城（河南），又向前攻克了虎牢关，仅仅折损五百人，但诸将仍然觉得比起之前死伤太多。
此役过后，元子攸不得不逃离京城来躲避陈庆之，元颢也得以顺利进入洛阳，黄河以南的州郡大多前来归顺。元颢认为自己是天命所归，逐渐有了骄傲怠慢之心，开始日夜纵酒，不理朝政，心腹重臣以及从南方跟随而来的士兵也都欺凌百姓，使得朝野失望。
尔朱荣得知后暴跳如雷，赶忙大肆集结士兵、辎重和粮草，派遣心腹再次进攻虎牢，然而众将已被陈庆之吓破了胆，只敢驻扎于黄河两岸。眼见形势大好，陈庆之和元颢距离一统北方，创造奇迹仅剩一步之遥，可惜表面和睦的二人，其实早已暗流涌动。元颢早就想要背叛梁国自立，陈庆之也一直暗中提防他。之后陈庆之屡次请求朝廷增兵前来支援，元颢担心陈庆之兵马太多会难以控制，于是上表诈称北方已基本平定，太多士卒前来反而会增加刚刚归降的百姓困扰。而早已醉心于吃斋礼佛的萧衍也没有多想，便下令各军全都驻扎在边境上不再前进，错过了这个千载难逢的良机。当时洛阳城中汉人士兵不足万人，可是羌人和胡人却有十倍之多，有人劝谏陈庆之尽快除掉元颢，再占据洛阳自立，可惜陈庆之没有听从。
不久，尔朱荣率军亲来，与元颢隔着黄河对峙。元颢占据南岸，陈庆之则于北边驻守，互为犄角。刚开始陈庆之依然勇猛，杀伤敌人甚多。但之后有位名不见经传的谋士看出陈庆之兵马稀少，于是灵光一现，给尔朱荣献上妙策：“我们兵马多，敌军兵马少，所以不能和他们的精锐正面对抗，而应将战线拉长。可以把将士们平均分布在黄河两岸这数百里中，再从民间调集木材做成船筏，让他们能从每一个地方登岸，这样敌人将防不胜防。”
尔朱荣采纳了他的建议，果然大败元颢，元颢也不敢多做反抗，仅仅输了这一次便带领部下南逃，最终在途中被士卒所杀。陈庆之没有办法只得下令撤退，返程时正巧赶上水位暴涨，渡河的军士死伤殆尽，后面还有紧追不舍的尔朱荣。多亏陈庆之机智，及时剃去了胡须和头发扮做和尚，这才顺利返回建康，而之前好不容易攻取的各个城池也全都投降了北魏。
之后尔朱荣派遣贺拔岳进军关陇地区，贺拔岳私下对贺拔胜说：“关中敌人十分强劲，倘若不胜则有罪，胜了就会遭人嫉妒，不如选择尔朱氏的亲族作为统帅。”于是推荐了尔朱荣的侄子尔朱天光作为主将，成功平定了叛乱，尔朱天光果然也因为进军迟缓而遭到尔朱荣杖责一百的处罚。此时的关陇地区民生凋敝，跟随贺拔岳一同前来的宇文泰尽力抚慰百姓，对他们诚心相待，因而收获了不少人心，稳定住了局势。
529年9月，萧衍驾临同泰寺举办僧、尼、善男、信女的四部无遮大会，有多达五万人参加。他脱掉御服，改穿法衣，每日睡在简陋的僧床上，出行只乘坐小车，用的也都是瓦器。还命令群臣进奉过亿的香钱来赎回自己以返回俗世处理政务。
萧衍还十分重视耕作，经常亲自下场屯田以鼓励百姓勤于农事。
尔朱荣虽然没有久居宫中，但却遥控朝政，将亲信党羽全都安排在元子攸左右。而元子攸也是一个志向远大的人，他可不愿担当傀儡，多次驳斥尔朱荣不合理的请求，于是双方的关系越来越紧张。之前尔朱荣为了联姻，将女儿嫁给了元子攸，经常数落他说：“你这个天子是我们家册立的，现在居然忘恩负义，当年我父亲要是真想自己做天子，现在什么要求不能达成？”尔朱荣的族弟也经常抱怨说：“我哥哥就是一时糊涂，没有自己登基，不然我现在也封王了！”
元子攸在外受到尔朱荣的压力，回宫又要受到尔朱皇后的指责，经常怏怏不乐，内心希望外面的叛乱不要太早平定，能够一直和尔朱荣僵持。所以等到关、陇捷报传来，满朝文武都很高兴，唯独元子攸笑不出来。
尔朱荣时常希望得到特殊礼遇，上书暗示给自己加封九锡，元子攸假装没有领会他的意思，始终不愿赐予。