最后有九个人跟着皇上从鬼门跑了出来，岸边正好有条小船，神乐观的道士王升一看皇上来了，那是赶紧磕头称万岁，说：“我就知道皇上您会来，昨天晚上高皇帝还托梦给我了呢！”然后皇上他们就坐着小船到了太平门，王升带着他们到了神乐观，这时候已经是傍晚了。不一会儿，杨应能、叶希贤等十三个人也来了，一共二十四个人。皇上说：“今后咱就以师弟相称吧，别整那些君臣礼数了。”
然后皇上就选了三个人时刻跟着自己，杨应能、叶希贤都成了和尚，程济成了道士。还有六个人负责给他们送吃的穿的，分别是冯凗、郭节、宋和、赵天泰、王之臣、牛景先。剩下的人都在远处给他们打掩护。天一亮，他们就从溧阳那条路跑了。
咱这位建文帝啊，在位四年，那是又孝顺又宽厚，仁慈节俭，尊重贤能的人，那时候的社会风气那是真的好，老百姓都爱戴他。可惜啊，这人太死板，非得守着那些老规矩，还擅自改动祖宗的制度，结果把自己给玩进去了。哎，这都是命啊！
建文帝当初逃跑的时候，那兵部侍郎廖永可是帮了大忙。他把建文帝藏在了文煃家里，然后送到了黎平土司曾长官家，建文帝还改姓了曾。后来，他又娶了曾长官的小妹妹，再后来，他又改回了朱姓，这后代也是越来越多。
建文帝这一跑，那是先去了四川，没多久又跑到了云南。他啊，那是走南闯北，浙东、天台、广西、云贵这些地方的寺庙都留下了他的足迹。到了正统五年，他从云南跑出来，跟寺里的和尚说：“我就是建文皇帝。”那和尚一听，吓得魂飞魄散，赶紧报告了思恩州的州官。州官一听，那还了得，赶紧把建文帝接到了藩司堂，建文帝往那儿一坐，说出了自己的真名实姓。然后，就把他送到了京城。
朝廷一看，这可是大事儿，赶紧派了当时的太监吴亮去辨认。吴亮一到，建文帝就认出了他：“你不是吴亮吗？”吴亮说：“不是啊。”建文帝说：“我当年在便殿吃子鹅，赐给你肉，你手里拿着壶，我把肉扔地上，你趴在地上，像狗一样舔，这你都忘了？”吴亮一听，吓得趴在地上哭。建文帝一看他左脚上的黑痣，又拉起他的脚哭，吴亮吓得都不敢抬头，回去就自杀了。
然后，建文帝就被接到了西内，宫里的人都叫他老佛。程济一听建文帝回来了，那就赶紧散了。您知道吗，建文帝逃跑的时候才二十六岁，回来的时候已经六十四岁了，后来也是寿终正寝，葬在了西山。
当然，针对以上建文帝一把火烧了宫殿后的去向，历史有很大的争议和猜测，以上也只是猜测的一种，到底建文帝后来是咋样了，只能是历史的一大谜团了。
再说京城那边，城破了以后，诸王和文武大臣都跑到燕王那里劝他登基。燕王先去了孝陵祭拜了一番，然后才进城。七月初一，他在南郊祭了天地，然后就去了奉天殿登基，成了太宗文皇帝（嘉靖时改为成祖）。他还说，这一年还是洪武三十五年，明年才是永乐元年。他还恢复了周王、齐王的爵位，清了三天的宫，杀了不少宫人、女官和内官，只有那些得罪过建文帝的人才得以幸免。
燕王啊，还审问了宫人和内侍，问建文帝的下落，他们都指着皇后的尸体说是建文帝。燕王就把尸体从灰烬里拉出来，哭着说：“这小子怎么这么不懂事，跑到这儿来了。”他还召了翰林侍读王景来问葬礼该怎么办，王景说：“应该用天子之礼。”燕王就同意了。他还把吕太后迁到了懿文陵，把懿文太子的儿子们都降了爵位，后来还都死了。他还把建文帝的小儿子幽禁在广安宫，后来也不知道跑哪儿去了。
他还下了榜文，捉拿奸臣齐泰、黄子澄等一百多人，给告发和擒获他们的人赏钱。这一来，告发和捉拿他们的人可多了，趁机报仇的也不少。燕王还召了徐辉祖来审问，徐辉祖只写了他父亲有开国功劳，子孙应该免死。燕王一听，大怒，把他赶回了家，还停了他的俸禄。
当初道衍还秘密向燕王推荐了方孝孺。燕王登基以后，就把方孝孺召来了。方孝孺穿着丧服，在宫门前大哭。燕王想让他写即位诏书，方孝孺拿起笔来，大书特书：“死就死吧，诏书可不能写。”然后把笔一扔，又哭又骂。燕王一听，大怒，就把他全家都杀了。这一来，因为方孝孺被杀的，有八百七十多人呢。
还有兵部尚书铁铉，他被抓到京城以后，也是大骂不屈。燕王就让人用大锅熬油，，那铁铉被扔进油锅里，油都溅起丈多高，把旁边的太监手都给烫烂了，太监们扔下铁棒就跑。可那铁铉的尸体还是背对着燕王，怎么都不转过来。燕王一看，大惊失色，赶紧让人把他葬了。
再说那户部侍郎卓敬、礼部侍郎陈迪、刑部尚书暴昭、右副都御史练子宁、礼部侍郎黄观、大理寺丞邹瑾、佥都御史司中、大理寺少卿胡闰、刑部尚书侯泰，还有监察御史高翔、王度、董镛、巨敬，宗人府经历宋征等人，那都是铁骨铮铮的汉子，宁死不屈，结果都被燕王给杀了，还灭了他们的族。
黄子澄和齐泰被抓到京城，也是难逃一死，同样被灭了族。那时候啊，那些大臣的妻女，稍微有点不坚定的，不是被配给大象奴隶，就是被发配到教坊司做妓女，或者被军人们轮流侮辱，最后发配为娼妓，死了还要被裸体示众。还有那些与妻妾奴仆全家自杀的，或者痛哭自杀的，或者不屈被杀的，或者逃跑保命的，那真是不计其数。
那佥都御史景清，他知道建文帝逃跑了，还想着复兴大明。他就假装投降了燕王。那时候啊，有个灵台官上奏说，文曲星冲撞了帝座，颜色还红红的。八月十五那天早朝，景清就穿着红衣服进宫，燕王一看就起了疑心。朝会结束以后，景清就奋不顾身地往前冲，想要刺杀燕王。燕王一看不好，赶紧让人把他给抓了，从他衣服里搜出了佩剑。景清一看事情败露，就站起来大骂。燕王让人把他的牙齿给拔了，他含着血就喷到了燕王的龙袍上。燕王大怒，下令剥了他的皮，用草填满，挂在长安门上，还把他骨肉给剁碎了。
那天晚上啊，长安门上那是阴风阵阵，鬼影憧憧。燕王的车驾路过长安门的时候，那拴着景清皮囊的锁链突然断了，皮囊还往前走了几步，好像又要刺杀燕王一样。燕王一看，吓得魂飞魄散，赶紧让人把皮囊给烧了。结果啊，燕王白天睡觉的时候，还梦见景清拿着剑追着他绕圈子。燕王惊醒以后，就说：“这家伙难道还在作祟吗？”于是下令把他的族人也都给杀了，整个村子都变成了废墟。
不过啊，燕王也不是光杀人，他也封赏了那些靖难功臣。邱福、朱能、张武、郑亨、顾成、王聪、陈圭、孟善、郑亮、王忠、徐忠、张信、李远、张辅、谭忠等人，那都是跟着燕王南征北战的大将，都按照功劳大小给封了赏。燕王还立了他的妃子徐氏为皇后，那可是皆大欢喜的事儿啊！