在佐助离开木叶村后，小樱拜第五代火影纲手为师，学习医疗忍术。到第二部时，她展现超群的医疗技术，及得纲手真传的怪力、性格。卡卡西中鼬的月读之后进入了由大和队长原名天藏带领的新第七班春野樱，漩涡鸣人，佐井。我爱罗被“晓”抓去，第七班被派往增援砂忍。连千代婆婆等高手也无法处理的勘九郎的伤，小樱却很快作出诊断，为他成功除毒，并迅速配制出解毒剂。
后来春野樱与千代婆婆联手对抗“晓”的赤砂之蝎，千代指出春野樱的缺点是缺乏实战经验。对战初期，由千代控制春野樱与蝎对峙。赤砂之蝎的傀儡的攻击围困住樱，并放出毒气，小樱以起爆符摆脱攻击和毒气。樱也开始熟悉战斗，接下来开始可以不受千代帮忙，自行躲避及攻击。她打破蝎的傀儡，逼蝎露出真身。蝎以“第三代风影”傀儡迎战，春野樱把第三代风影的砂铁时雨术一一以怪力飞踢开。但不幸她和千代也中了毒，春野樱拿出替勘九郎治疗时，多调配出的两份解毒剂。其中一份交给千代，自己吃下同样却只能维持三分钟的解毒剂，独自攻击蝎。那是连蝎也需要对着药方才能调出的解药，但樱却能即场调出，她的能力令蝎吃惊，可见小樱在鸣人去旅行后在医疗方面做了很大的努力。最后，千代与春野樱合作，樱以怪力击破蝎的傀儡身体。蝎虽然马上更换身体，因千代把他的再生核刺穿而死亡。春野樱最后从蝎口中得知，十天后草忍村的天地桥，晓安排在大蛇丸身边的卧底会出现。小樱回木叶向纲手报告关于蝎提供的情报，第七班重组并派往执行救出宇智波佐助的任务。樱与新队长大和、新队员佐井、鸣人一起出发。在路上，佐井说佐助坏话，鸣人怒不可遏想打他，被小樱一面阻止，另一面却冷不防地打飞佐井，并说：“你不必原谅我。”，更指如果他再说佐助坏话，便不会手下留情。
其后来到天地桥，他们等人与大蛇丸和兜对峙。漩涡鸣人被大蛇丸刺激而激发九尾之力，樱想唤醒漩涡鸣人但反被失去理性的漩涡鸣人所伤。小樱一度担心鸣人而落泪，因为自己没有帮到鸣人而感到很内疚，大和安慰她不是这样的，并且告诉她：“重要的是你是否关心”，最后大和一言：“小樱，其实你对鸣人……”鸣人恰好苏醒，大和的话中断。
为免鸣人难过，小樱隐瞒了自己被鸣人所伤的事实。到大蛇丸基地后，佐井被认定三番四次背叛他们。春野樱在找到佐井后，马上冲上前大骂，但佐助的呼唤令她停下来。相隔三年，宇智波佐助称斩断所有感情，除了怨恨，并与鸣人等发生战斗。春野樱对佐助的成长大为惊讶，不顾一切冲向前攻击宇智波佐助。但攻击未至，大和先行替她挡住。小樱是第七班中惟一没有跟佐助交手的人。最后，佐助跟大蛇丸离开。由于佐助的离开鸣人痛哭，小樱流泪安慰鸣人：“就算你在这里哭，也不会把佐助哭回来。还有我在，我也会跟你一起变强！”为了变的更强的鸣人在卡卡西的指导下开始了忍术修炼，可到了第二阶段鸣人一直完成不了。深夜，鸣人和春野樱在不同的地方由于对佐助的思念而不能入睡，樱还看着以前第七班的合照直留泪。小樱为鸣人制作兵粮丸，并在雨中默默看着鸣人训练支持他。这些形成鸣人的进步的动力，使鸣人在深夜里完成了第二阶段的修炼。
往后第十班与不死二人组交手，丁次、井野、卡卡西三人对付角都，鹿丸一个对付飞段。陷入危机的卡卡西等人在危急关头被第七班四人所救，鸣人对付角都获胜，小樱和佐井前往支援但赶到之时鹿丸已收拾对手。事后鸣人因为使用“风遁螺旋手里剑”导致手部受了较严重的创伤，小樱为他治疗时候关心地叮嘱他不要乱用此术，鸣人说看到她就感觉和佐助更近了，让人感觉到三人友谊的温暖。第七班与第八班的牙、雏田及志乃和卡卡西队长出发追捕宇智波鼬，以求找到同样追捕宇智波鼬的佐助与他新成立的“蛇”小队，还有得到“晓”的情报。
春野樱与卡卡西的两只忍犬一组，曾发现佐助的气味。但与香磷擦身而过后，气味便消失。随后听到爆炸声，便赶往爆炸现场，牙发觉佐助微弱的气味，众人跟随牙去找。但香磷使计攘乱他的嗅觉，鸣人便以无数影分身去找佐助。众人被宇智波带土阻挡去路，小樱等人更从绝口中得知佐助杀了鼬并重伤。他们追赶宇智波带土去找佐助和鼬，但被宇智波带土先一步把佐助带走。
由于找不到佐助，众人返回木叶。六道佩恩攻入木叶，木叶的忍者与其进行残酷的战斗。其中一个佩恩用通灵之术召唤了一只大蜈蚣，蜈蚣追杀着平民及一部分穿着马甲的忍者。正在危机关头小樱赶到并将其秒杀。
木叶被佩恩夷为平地，心痛欲绝而又无助的小樱第一时间想到鸣人，并大喊：“鸣人快回来啊！”话音刚落，本在妙木山修炼仙术的鸣人发觉异样，同蛤蟆文太等通灵兽急赶回木叶，并与佩恩激战。后雏田被佩恩重伤，小樱对其进行了治疗，雏田逐渐康复。回来的鸣人受到了大家的欢迎，小樱上前先是说：“总是这样胡来！”然后打了一拳后抱住他说：“谢谢你。”樱跟着卡卡西所属的第三部队前进战场，再次遇上桃地再不斩与白。小樱根据以往和第七小队在波之国对抗再不斩的经验，提醒小李别让再不斩有机可趁。然而就在小樱待在医疗部执行治疗伤患的期间，医疗部却发生了医疗上忍遭人暗杀的事件。在针对暗杀上忍的凶手作出实力分析后，小樱识破伪装成宁次的白绝并将其打回原形，得到情报后，便将白绝的分身交给身旁的医疗忍者，并独自前往总部。小樱后赶往鸣人战场，鸣人为保护众人消耗了大量九尾查克拉，小樱了解情况后，为鸣人治疗恢复体力。再听见鸣人慷慨激昂的陈词后，小樱明白鸣人把大家从心底当成伙伴，便鼓励战友们全力战斗。
被大蛇丸复活的历代火影赶到战场对抗十尾，战局暂缓，波风水门看到小樱为鸣人疗伤后问他是不是鸣人的女朋友，鸣人回答”我们差不多就是那样的“，引来小樱一顿暴打的场面让水门想起玖辛奈，佐助来到战场，第七班复活，小樱回忆起曾经鸣人和佐助为了保护她而努力的种种，以及自己要赶去为两人施救的时候，受到鸣人感动的佐助向小樱表达了对自己一直以来所作所为的歉意。