几十万农民军入侵山东对于鲁国公孔有德来说也是非常危急的情况，要知道统帅他麾下野战军的六大总兵里，陈光福和李应元已经出兵增援朝廷，穆里尼奥和尚可喜还在远征辽南，耿仲明奉命率部镇守徐州府，他手头上只剩下王子登部鲁军和自己的近卫军能够出击，其余的都是不能野战的民兵。

在这种情况下耿仲明还得在徐州府和凤阳府去对抗以革左五营为主的十几万农民军，而穆里尼奥远征辽南靠的是他自己生产的粮食，因此他在短时间内根本无法回来，不过留守殖民地的上万葡萄牙军队表示可以协助鲁军作战，这些葡萄牙军队虽然号称是葡萄牙正规军，但是实际上也是穆里尼奥他自己招揽的人马，其中大部分也都是由当地人组成的新兵，指挥这只军队的葡萄牙上校德科还靠穆里尼奥的举荐在鲁军里面担任参将，要知道他也是穆里尼奥在明鲁战争中召集的旧部，而此外济南还有三千多葡萄牙士兵在鲁伊科斯塔上校的指挥下表示愿意随同鲁军出击。

孔有德于是立刻命令已经到京师的陈光福和李应元立刻率领鲁军返回山东，同时他还命令王子登率部前去镇守兖州府，此时兖州府已经遭遇了十几万农民军侵扰，而且兖州府地理位置非常的重要，因此孔有德让威望十足而且经验丰富的老将王子登率部前去驻守，他希望能够靠耿仲明和王子登两路鲁军先遏制住农民军的东侵。

做完这些布置后孔有德又想要带着近卫军前往东昌府作为机动部队作战，不过他的这个想法自然遭到了鲁国官员反对，鲁国官员里有很多都是商业家和天主教徒，在战后孔有德虽然也开办了科举，但是他考核的内容以军政实务为主，这也是因为鲁国本质上就是务实的军人政权，这些官员纷纷建议孔有德应该亲自坐镇济南府去指挥，但是孔有德认为既然自己当年能横扫华北明军，那么他现在率领精锐骑兵打徒有其表的农民军肯定毫无压力。

而与此同时农民军在山东的行动却遭遇了很大的阻力，此前孔有德开始在山东大力推广天主教，天主教进入中原这么多年已经发生巨变，比如说他们已经正式承认儒家思想，而且孔有德虽然表面上在口头上效忠罗马教廷，但是山东都全是他亲自打下来的土地，因此当地的天主教教会基本上全是由孔有德的鲁军直接掌控，关于这点远在欧洲的罗马教廷只能默许，孔有德趁机掺杂私货去神化自己。

由于山东连年战乱饥荒，而天主教会提供基础的救济补助，因此天主教迅速在山东各地传开了，很快几乎各个山东县城都有了自己的天主教教会，要不是山东各地百废待兴那应该已经遍地教堂了，结果等到现在农民军前来进犯山东的时候，山东各地的天主教会纷纷以天主的名义号召民众去战斗，结果很快各地的民兵纷纷武装起来去抵抗，他们给农民军造成了极大的阻碍。